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        【分享】RT-PCR 的常见问题及分析

        丁香园论坛

        3809
        一、   原理
          硕盟TRIzol是一种快捷方便的总RNA提取试剂,可以从动物组织、各种微生物及细胞等中提取总RNA。在样品处理过程中,TRIzol可完全充分裂解样品,同时保持RNA的完整性。加入氯仿离心后,溶液形成上清层(水相)、中间层和有机相(下层)。取出上清层,可用异丙醇沉淀回收RNA;中间层用乙醇沉淀回收DNA;有机相可用异丙醇沉淀回收蛋白。

           硕盟TRIzol试剂可用于少量样品的RNA提取,也可用于大量样品的RNA提取。提取RNA 整个过程方便快速,整个操作过程可一个小时内完成,提取的RNA无蛋白和DNA的污染,纯度髙,可直接用于Northern Blotting、斑点杂交、polyA筛选、mRNA纯化、体外翻译、RNase保护分析、RT-PCR、构建cDNA文库等各种分子生物学实验。

        二 操作步骤

        RNA提取过程的关键是建立一个无RNase的实验环境,因此在整个操作过程中要防止RNase的污染,应注意以下几点:

          实验过程中经常更换新手套,使用专用超净台,在操作过程中避免讲话;
           应尽量使用无RNase的实验器材;枪头、塑料制品和玻璃制品可以用0.1%DEPC(焦碳酸二乙酯)水溶液在37℃处理过夜,然后在120℃下高压灭菌30min以去除残留的DEPC。玻璃制品也可用干热灭菌去除RNase(180℃烘烤2h);
           配制溶液应使用无RNase水(无RNase水的配制方法:双蒸水加入DEPC至终浓度0.01% V/V,放置过夜,然后120℃下高压灭菌30min,备用);
          整个实验过程中使用的试剂,实验器材和无RNase水应专用,避免交叉污染。
         

        用户自备试剂:氯仿、异丙醇、75%乙醇(用DEPC处理过的水配制)、无RNase的无菌水。

         注: 1.75%乙醇要在-20°冰箱预冷。

        2.为提高RNA纯度,加氯仿离心取上清液后,可再加一次氯仿摇匀4°冰箱15分钟,离心(12000g

        15分钟)

        3.最后75%酒精沉淀后的RNA先用DEPC水洗一两次。然后再加DEPC水溶解。(此部可不做)。

        4.另外加氯仿离心取上清液后,可不加氯仿直接同样条件离心几分钟内,也可以提高RNA的纯度。

        5.所提取的RNA为乳白色沉淀.

        样品处理
        A  贴壁培养细胞

        ①   倒净培养液;

        ②   每10cm2生长的培养细胞中加入1mL硕盟TRIzol试剂,在室温下水平放置5min,使裂解液均匀分布于细胞表面,然后用移液枪吹打细胞使细胞脱落;

        ③  将细胞裂解液转移至离心管中,并用1mL枪头反复吹打直至裂解液中无明显沉淀,在室温下放置5min,使得核酸蛋白复合物完全分离;
        B  悬浮培养细胞

        ①      直接离心收集细胞,倒净培养液;
        ②      细胞沉淀中每5~10×106细胞加入1mL硕盟TRIzol试剂;
        ③      将细胞裂解液转移至离心管中,并用1ml枪头反复吹打直至裂解液中无明显沉淀,在室温下放  置5min,使得核酸蛋白复合物完全分离;
        C  动、植物组织材料

        ①        将组织在液氮中磨碎成粉末状(应无明显颗粒);
        ②        每50~100mg的组织加1mL硕盟TRIzol试剂,样品的体积不应超过TRIzol试剂体积的10%,并用匀浆器进行匀浆,直至匀浆液呈无颗粒透明状;
        ③        将细胞裂解液转移至离心管中,在室温下放置5min,使得核酸蛋白复合物完全分离;
        ④        12,000g, 4℃离心10min,然后小心吸取上清液,移入新的离心管中;
        2.   向上述步骤1得到的裂解液中加入氯仿(每使用1mL硕盟TRIzol加0.2mL氯仿),盖紧离心管管盖,用手上下振荡15s(请勿涡漩激烈振荡),得粉红色浑浊液,无分层现象,室温静置3min;
        3.   12,000g,4℃离心15min;
        4.   取出离心管,样品分为三层:无色的上清水相、中间的白色层及粉红色的下层有机相。小心吸取无色上清水相移至另一离心管,水相的体积约为所用硕盟TRIzol试剂的60%;
        5.   向步骤4得到的上清水相加入等体积的异丙醇,轻轻混匀,室温静置10min;
        6.   12,000g,4℃离心10min;
        7.   小心去除上清,缓慢沿管壁加入1mL75%的乙醇(用DEPC处理过的水配制),轻轻混匀。每使用1mL硕盟TRIzol试剂至少加1mL 75%的乙醇;
        8.   12,000g,4℃离心10min;
        9.   小心吸尽上清;
        10.室温干燥沉淀2~5min(不可晾得太干,否则RNA将会很难溶解),加入30~50μL的无RNase水溶解RNA沉淀,待完全溶解后于-70℃保存。
        取RNA样品用1×TE Buffer(见备注)稀释样品100倍或适当的倍数,测定样品在260nm和280 nm的吸收值确定RNA的质量。
        也可用DEPC处理水稀释测吸光度.
        RNA的浓度=OD260×稀释倍数×0.04μg/μL,OD260/280 在1.8~2.1视为抽提的RNA的纯度很高。

         

        四、注意事项

        本试剂含强变性剂,应避免与皮肤接触,如接触皮肤,应立即用大量的水冲洗,根据需要情况到医院处理。本品含有酚类、巯基乙醇等成分,具有特殊气味,请于吸取试剂溶液后马上盖好瓶盖,或于通风橱中操作。

         

        五、常见问题分析

        1.  一般情况下每毫克的组织或1×106个细胞中所能提取的RNA量见下表:
          

        组织材料
        TotalRNA提取量

        上皮细胞
        约10μg

        成纤维细胞
        约6μg

        肝脏
        约5μg

        肾脏
        约3μg

        肌肉或脑
        约1.5μg


         

         

         

        2.  常见问题及解决方案
         

        常见问题
        可能原因
        建议解决方案

        产率低
        含有裂解液的样品经匀浆混匀后未在室温静置,或静置的时间不足5分钟
        严格按照说明书操作

        RNA不完全溶解
        缩短晾干时间

        三相分离时,吸取上清液不完全
        尽量回收上清液

        A260/A280<1.65
        测定OD值时用的是水溶液
        更换测定OD值时的溶液,用TE Buffer

        TRIzol加量太少,造成蛋白质变性不充分
        严格按照说明书操作

        含有裂解液的样品经匀浆混匀后未在室温静置,或静置的时间不足5分钟
        严格按照说明书操作

        RNA不完全溶解
        缩短晾干时间

        三相分离后,吸取上清液时不小心接触蛋白层造成污染
        小心吸取上清

        RNA降解
        使用的组织材料不够新鲜
        提取RNA的组织材料应采用新鲜的组织材料,或将新鲜的组织材料用液氮迅速冷冻后置于-80℃保存

        细胞用胰酶消化
        不要用胰酶消化细胞

        提取RNA时使用的试剂及器材中有RNase污染
        做好试验前的准备工作,保证无RNase污染

        提取的组织材料中含有大量的RNase
        加大TRIzol的用量

        DNA污染
        裂解组织或细胞使用的TRIzol量偏少
        加大TRIzol的用量

        使用的组织材料中含有大量的有机溶剂(如:乙醇、异丙醇等)、高浓度的Buffer、碱性溶剂等
        用DEPC 水充分洗涤组织

        多糖的污染
        多糖的理化学性质与RNA十分接近,因此很难将其从RNA中除去
        加大TRIzol的用量


         

        六、储存

        避光4℃保存

        保存期:一年

         

        七、备注

         1×TE Buffer(1L) 配制方法:

         1.21gTris(10mM),0.372gEDTA (1mM), HCl调pH 至7.4。
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