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        【原创】一步一步教你使用NCBI(DNA/cDNA/mRNA/promoter/primer/protein/SNP查找,BLAST使用 最新更新关于SNP的若干问题)

        丁香园论坛

        3867
        最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……,这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历(经验)跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己的使用心得,让我们共同进步!
        我分以下几个部分说一下NCBI的使用:
        Part one: 如何查找基因序列、mRNA、Promoter (第一页)
        Part two :如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列(第一页)
        Part three :运用STS查找已经公布的引物序列(第二页)
        Part four: 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性(第三页)
        Part Five:5.1 从SNP的序列号入手找到其对应的基因序列和该SNP在基因组中的具体位置。5.2 查找目的基因的所有已公布SNP位点(第四页)


        如果您感觉网页形式看起来太乱,请到 http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=64&id=9681760&sty=1&tpg=2&age=0 下载PDF版本(此PDF版本为我实验室的lzfist所整理,包含前四部分内容)

        特别感谢本版版主,将这个帖子置顶!
        从发帖到现在,很多战友对该帖给与了积极的关注,在此向给我投票的(以及想给我投票却暂时不能投票的)各位战友表示真诚的感谢,谢谢各位战友!
        请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充。


        First of all,还是让我们从查找基因序列开始。

        Part one: 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子(Promoter)[同一个页面即可显示基因序列和启动子]

        下面以人的IL6(白细胞介素6)为例讲述一下具体的操作步骤
        一、打开Map viewer页面,网址为:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html
        在search的下拉菜单里选择物种,for后面填写你的目的基因。
        操作完毕如图所示:
        【原创】一步一步教你使用NCBI(DNA/cDNA/mRNA/promoter/primer/protein/SNP查找,BLAST使用 最新更新关于SNP的若干问题)
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