【共享】三大miRNA表达谱平台的比较

摘要：生物通 www.ebiotrade.com
　　对于富含miRNA的样品，如大部分组织样品，TaqMan和miRCURY平台都很有可能产生好的结果。然而，在对低丰度miRNA样品（如血浆样品）进行图谱分析时，miRCURY平台的高灵敏度和线性似乎更胜一筹。
生物通报道 为准确评估血浆中的miRNA水平，来自丹麦的研究人员对市场上常用的三个miRNA表达谱平台进行了比较。该研究成果发表在近期的《BMC Genomics》上。
近几年来，microRNA（miRNA）的研究持续升温。在临床上，miRNA有潜力成为癌症的生物标志物。尽管miRNA在组织中很丰富，但它们在血浆中还是很稀少的。据报道，血浆中的总RNA水平大约在6-300 ng/ml，而miRNA只占了极小的一部分。因此，对于血浆中的miRNA定量，我们需要一个高灵敏度且在低浓度范围内有着线性表现的平台。
基于这一目的，丹麦Aarhus University Hospital-Skejby的研究人员评估了三个常用的miRNA定量平台的性能。这三个平台分别为：Affymetrix的GeneChip miRNA 2.0 Array，Exiqon的miRCURY Ready-to-Use PCR, Human panel I+II V1.M以及ABI的TaqMan Human MicroRNA Array v3.0。利用加标有不同比例的174个合成miRNA的血浆样品，研究小组评估了三个平台的特异性、准确性、灵敏度和线性。
他们发现，基于qRT-PCR的平台足够灵敏，能重复检测以人类血浆中丰度水平存在的miRNA，而芯片平台则不行。于是他们继续评估了这两个qRT-PCR平台的性能。结果表明，对于高水平的miRNA，两个qRT-PCR平台在特异性、重复性和回收率上都表现不错。而对于低水平的miRNA，miRCURY平台则表现出比TaqMan平台更好的灵敏度和线性。
在TaqMan分析过程中，他们为改善灵敏度，还增加了预扩增步骤，但让人奇怪的是，TaqMan的灵敏度仍不敌miRCURY，这可能说明预扩增步骤在提高灵敏度的作用不如想象中的好。生物通 www.ebiotrade.com
作者认为，对于富含miRNA的样品，如大部分组织样品，TaqMan和miRCURY平台都很有可能产生好的结果。然而，在对低丰度miRNA样品（如血浆样品）进行图谱分析时，miRCURY平台的高灵敏度和线性似乎更胜一筹。（生物通 薄荷）
原文检索生物通 http://www.ebiotrade.com/newsf/2011-9/2011921174930908.htm
Evaluation of two commercial global miRNA expression profiling platforms for detection of less abundant miRNAs
BMC Genomics 2011, 12:435 doi:10.1186/1471-2164-12-435