【求助】分析关于转录因子在细胞内分布情况

我在做转录因子的入核情况，可是从IFA结果来看，有部分入核，可是还有没有入核的，那么有什么方法可以计算入核的比例吗？在一篇文献中看到有用“散点分析软件”来分析比例的。求助高人指点？

个人觉得所谓的“散点分析软件”不是很靠谱，因为毕竟免疫荧光只能做到定性，用免疫荧光来定量是有争议的，现在很多杂志都不是很承认单一的免疫荧光来定量。我建议楼主可以这样：

1. 分别提取总蛋白，核蛋白和细胞质蛋白来分析转录因子表达情况，计算这个比例可能更科学，再结合免疫荧光的结果来一起分析，这样很多杂志就会很认可；

2. 如果非得计算细胞质与细胞核内的荧光强度的差别，建议楼主可以使用IPP或者Image J等软件来分析光密度进行比较最好。

个人意见，大家共同讨论。

嗯，你的建议有道理。

可是，在提取核蛋白技术方面我一直没有很好的掌握。在核蛋白中总是有很亮的tublin条带，并且在胞浆蛋白中又有很亮的H3条带。我用的是THERMO的试剂盒。但是我增加了离心时间（40min)。不知道是不是这个原因？我看过一些你给别人的回复，有关提取核蛋白的。在这方面，能给我一些建议吗？非常感谢。