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        【求助】染色体步移法(基因位移法)测质粒全序列

        丁香园论坛

        1801
        最近分配到一个课题,但是刚开始学习,不知怎么做,请各位给点提示,谢谢!

        课题大致意思:已知一个质粒的目的基因序列,却不知道质粒序列,导师要求测出质粒的序列,有提示用染色体步移的方法。

        Ps:1,这个质粒很大,估计又20-30kb;2,目前市场上有测未知序列的试剂盒,但是最多测到3kb,我不知道用什么办法使其连续测下去;3,我的酶切位点都不知道;

        谢谢各位支持~
        这么小的基因组,用高通量测序,很容易搞定的。20Kb的话,给他1千倍的覆盖率,也就是20M,按现在测序行情价,1G也才3-5千块钱。你的20M么,掺在人家的样品里,花不了太多钱的。
        我做过一个噬菌体的160Kb的基因组,数据有点多,做了1G,结果拼接效果非常好,正好拼接成一条contig,中间有一些N,用PCR法加sanger测序补一下,成本5K,当然,不知道你的预算是多高了。
        【求助】染色体步移法(基因位移法)测质粒全序列还不是很懂~还请各位高手多多帮忙!
        可以采用不同的酶对质粒进行酶切,然后将酶切片段分离并插入到已知的载体中,已知载体的序列进行测序,然后拼接!
        如有疑问,请联系liuguanshui@163.com

        本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

        师兄微信号:shixiongcoming

        【求助】染色体步移法(基因位移法)测质粒全序列

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