BSP/MSP：想说爱你不容易
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甲基化研究
做了点甲基化研究，从头下来，也有一点点体会。也看了院子里不少牛人的新的体会。本人将每一个步骤的具体操作、每个操作的具体注意事项和心得进行初步总结，慢慢叙来，抛砖引玉，欢迎拍砖。
做到现在，有成功的喜悦，也有失败痛苦，且行且歌，总得来说，BSP/MSP，想说爱你不容易。
如有时间，想谈谈：BSP/MSP引物设计；基因组海量甲基化数据分析；MSP设计及操作；当前MSP的研究进展，等等吧……
1. 确定目的基因后，登陆网址：UCSC Genome Bioinformatics
2. 选网页左边的：Genome Browser后，进入基因检索界面
3. 在Assembly下拉菜单选择：Mar.2006
4. 在position or search term 输入基因名称，如APC后，submit
5. 在RefSeq 里面选择你的基因，如这里较多亚型时，最好参照您的NM_000000进行选择；如没有，调最长的isoform，点击之
6. 此时进入附图画面，在左边你可以看到标记蓝底的APC基因，点击之，进入下一界面
7. 在links to the sequence里面，选择Genomic sequence
8. 点击进入后，可在Promoter/Upstream by里面根据需要填个数值，比如500
9. submit 后进入基因系列
10. 大些字母处即为转录起始处，transcription start site，TSS
11. 从头开始，选定基因序列至完全涵盖TSS，可以长点，复制
13. 在复制框里面黏贴
14. 选择你要的引物类型，如Bisulfite Sequencing，点击submit
15. 可看到参考引物，按你感兴趣的位点选择引物即可。引物的具体信息下面会有详细介绍。
BSP：
BSP 主要目的是，通过测定亚硫酸盐修饰后的DNA序列，了解特定基因的具体CpG位点的甲基化情况。而MSP只能获得该样本是否发生甲基化的信息，BSP则可以详细了解每一个CpG位点的甲基化情况。
1. 首先，按前帖设计引物后，确定BSP反应条件。我们实验室一般都做45个cycle.提个有意思的题外话，通常BSP的退货温度，会比相应的MSP的退货温度低。
2. BSPCR后，取10ul跑PCR，如条带单一，则直接克隆，具体操作按照Invitrogen的TOPO试剂盒进行；如条带有杂带，需要进行PCR Screen，具体操作及原理以后再讲；
3. 克隆后在LB胶上，培养过夜后，后通常取8-12个克隆，LB培养过夜；
4. 过夜后LB液浑浊；按照5-Primer的Mini Plasmid DNA提取试剂盒操作说明，提取质粒DNA；
5. 半量反应后，送Genomic Core测序；
6. 测序结果报告用FinchTV软件阅读(可用GOOGLE搜索后在线注册下载安装)，寻找出目的片段后，建立每一个克隆序列的TEXT文章（后续的BiQ Analyzer用这个文件导入）。
7. 将上述文件导入BiQ Analyzer后，按研究需要质控，最后生成BSP直观图。
（因上述各个试剂盒及详细的实验操作规范都是英文的，我就不一一翻译了。而相信国内的买的试剂盒都有相应的中文说明，可以查阅）
