凝胶电泳常见问题分析

1、要跑琼脂糖凝胶电泳，5ng就能很清楚的跑出来，是这样吗？能够照相的清楚的条带，至少需要多少量呢？

参考见解 ： 5ng已经可以了，但是或许20ng～200ng效果好，在此范围内呈线性。

2、把210bp的PCR产物进行酶切，得到190+20bp的两个片段，请问能用琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果吗？用多大浓度的胶和多大的电压呢？

参考见解： 可以用琼脂糖凝胶电泳分开，电压不变，可用1.5%到2%的胶，20bp得片断不一定能看得到，所以应用未酶切的PCR片断作对照。

丙烯酰胺凝胶电泳更适合于分离纯化小分子量核酸（5～500bp）并且分辨率高，可以达到1个bp。所以建议进行丙烯酰胺凝胶电泳试试。

3、Marker做琼脂糖凝胶电泳，发现Marker在加样孔有一个明显的亮带，什么原因？

参考见解： marker有时会出现这样的问题,应该是时间久了。新买时跑胶在点样孔没有,过一段时间就会在点样孔出现亮点。也可能是蛋白，有时DNA提的不纯含有蛋白时就会出现上样孔有条带的现象。

4、琼脂糖凝胶电泳检测DNA时，跑出的带后面出现拖尾现象，什么原因造成的？

参考见解：

（1）DNA降解——避免核酸酶污染。

（2）DNA上样量过多——减少凝胶中DNA上样量。

（3）所用电泳条件不合适——电泳时电压不应超过20V/cm，温度＜30℃，巨大DNA链，温度应＜15℃，核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。

（4）DNA样含盐过高——电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。

（5）有蛋白污染——电泳前酚抽提去除蛋白。

（6）DNA变性——电泳前勿加热，用20mM NaCl缓冲液稀释DNA。

5、将从组织提取的DNA进琼行脂糖凝胶电泳，用的1.5%的胶加了EB，80V跑1小时，溴酚蓝已经跑到头了，在紫外灯观察什么带也没有，只见孔里面有橘红色的亮光。好像没跑出来，是怎么回事？

参考见解：

（1）根据目的条带长度来调整凝胶浓度，一般1.5%左右，也不一定。

（2）紫外灯下没见带，不一定没有出孔，而是量少看不到，可以测一下浓度看一下，或直接试跑一下PCR。

（3）最好加一个marker孔，尤其你第一次跑胶时。

（4）电泳时间可能过长，一般75v×30min左右，但是具体看溴酚蓝的离孔距离和目的条带离孔距离。