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        初谈载体构建:引物使用心得

        丁香园论坛

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        打算先尝试大家都赞的原核表达系统(操作简单才是上策,反正偶不打算把残存的青春继续贡献在充满毒物的环境中了),以及目前广泛应用的大名鼎鼎的Novogen公司的pET系列。

        经历了一次低级错误后,在实验时最可以信赖的范博士的帮助下,终于将引物定稿。感谢英骏公司总部在进行机器调试,才让我有机会改正两天前的错误,虽然不是我毕业用的实验。

        设计表达载体用的引物与克隆基因用的引物是两种完全不同的思路,后者需要考虑很多引物自身的性质以及所用模板区域等等。而我们要讨论的引物只有3‘端十几个碱基要与模板完全结合,而且只能选择orf的两端,所以我们不需要primer5的查找功能。大体有所了解后,就要开始了。

        1、选择一个合适的载体,并确定纯化用标签等功能结构放在目的蛋白的N端或C端。

        通常以从综述等文献资料里了解目的蛋白的信息为依据,如果实在是难以判断,就凭感觉吧,据说换载体都是经常的事情,sigh。。。

        2、考虑是否要引入proteinase切位点

        如果真考虑得足够远到成功表达纯化后的那一天,就要考虑把多余的结构切除了,选择proteinase后面的限制性内切酶,越近越好。

        3、内切酶不能识别目的基因序列

        用dnastar里的mapdraw就可以,输入目的基因的orf,只有absent site里面的酶可以用。我的低级错误就是:竟然把这一步忘了!!!!!!!

        4、尽量选择酶切反应条件一样的两种酶

        这里包括反应buffer(如果实在不能美全,差别也别太大),还有温度,我是今天才发现有些酶的反应温度不是37,有点无知者的震惊。这一步也是为了简化操作,可以直接使用双酶切,虽然有人不赞成。至于真正操作时的条件,到时再说吧。

        5、两种酶之间的距离不能太短

        这个容易理解,距离太近就像失去了保护碱基,影响酶的识别。所以越长越好,切完后电泳还能检测出来,但至于最小数,我不知道,应该和保护碱基的原理一样吧,但愿,我都只能找到相差19位的了。

        6、不可出现移码

        选定了酶就要考虑最最重要的,千万不要在N端出现移码(自身起始翻译的除外),出现移码一定要补齐,为啥就不用我说了。补的时候应该随便吧,别搞个稀有密码子就行。

        7、加入保护碱基

        按照neb网站的信息来就行了。http://www.neb-china.com/cn/tech/re/cleavage_olig.htm

        8、引物Tm问题

        范博士说引物的Tm之于配对的部分有关,颇有道理,那就只能根据所选orf部分的长度来调节了。

        9、3‘二级结构

        大家都说二级结构在这里不重要了,因为通常都是从载体上扩。这是调基因遗留的习惯,5’就不再费心去考虑它了,但是3'还是觉得利用orf部分的长度来稍微调节一下的比较放心。sigh,实验型强迫症。

        想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

        师兄微信号:shixiongcoming

        初谈载体构建:引物使用心得

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