大规模表达序列标签(EST)测定及分析

主要内容
• 什么是EST?
• EST的应用
• EST序列测定及分析过程
• 实例：家猪脑组织EST分析

ESTs的来源

上世纪80年代，对cDNA序列进行大规模测序的想法就曾提出，但对此一直存在争论，有人认为这种方法能发现成千上万的新基因；而反对者则认为cDNA序列缺少重要的基因调控区域的信息。90年代初Graig Venter 提出了EST的概念，并测定了609条人脑组织的EST，宣布了cDNA大规模测序的时代的开始 (Adams et al., 1991)。

● 93年前ESTs数据收录于GenBank， EBI和DDBJ。

● 1993年NCBI(National Center of Biotechnology Information)建立了一个专门的EST数据库dbEST来保存和收集所有的EST数据。

什么是 ESTs ？

ESTs（Expressed Sequence tags ）是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，从5’末端或3’末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序，所获得的约60500bp的一段cDNA序列。

ESTs与基因识别

ESTs已经被广泛的应用于基因识别，因为ESTs的数目比GenBank

中其它的核苷酸序列多，研究人员更容易在EST库中搜寻到新的基因(Boguski et al., 1994).

● 在同一物种中搜寻基因家族的新成员(paralogs)。

● 在不同物种间搜寻功能相同的基因(orthologs)。

● 已知基因的不同剪切模式的搜寻。【注：不过很难确定一个新的序列是由于交替剪切产生的或是由于cDNA文库中污染了基因组DNA序列(Wolfsberg et al., 1997)】