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        【原创】如何搜索用于检测表达的RT-PCR引物?

        丁香园论坛

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        近段时间在“PCR技术讨论板”有不少关于RT-PCR引物设计的求助,所求助的引物有相当部分都是用于检测某一基因的表达的。

        其实,对于很多基因而言,用于检测其表达的RT-PCR引物已早有文献报道,我们完全可以利用这些已有的资源。我们所需要做的只是找到这些已发表的引物序列,通过Blast验证其是否正确、确定其特异性,用软件分析引物的好坏后直接使用就可以了。

        下面介绍2种搜索引物序列的方法,希望对大家有用。

        1. 通过搜索基因来找到所需引物序列

         a. 打开“Entrez-PubMed”后,将“Search”框选择为“Gene”,输入要搜索的基因名称及物种进行搜索。

         b. 从搜索的结果中找到需要的基因,如人的tyrosinase,打开后就可以看到如下的结果:

          结果中提供了基因的名称、GeneID、物种、相关序列等。需要注意的就是看看有没有“Markers (Sequence Tagged Sites/STS)”,因为“Markers (Sequence Tagged Sites/STS)”下面的后面有“(e-PCR)”的就是引物序列的链接,链接里不仅提供了引物序列还提供了引物在各基因序列中的位置、PCR产物的大小等。例如,下面的链接是人tyrosinase的其中一对引物(RH69108)。

        2. 通过搜索文献来找到所需引物序列

         a. 打开“Entrez-PubMed”后,将“Search”框选择为“PubMed”,输入要搜索的基因名称、物种和“PCR”进行搜索。

         b. 大致浏览文章的题目及摘要,从而可大概知道其是否用了PCR的方法来检测基因的表达。

         c. 选择需要的文章,一一打开,看是否提供了RT-PCR引物序列。

        用第2种方法要相对麻烦些且很费时间,但同时也能搜索到更多的引物序列,能搜索到用第1种方法搜索不到的引物序列,而且还有可能找到利用此引物的PCR条件。

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