手把手教你用软件便捷地数细胞

统计图，和科研领域里的大多数图像数据伴生，是一种大家喜闻乐见的，直观表现数据结果的形式。周围的 Lab 不管是做免疫，还是发育，或者肿瘤，都涉及到要做免疫荧光（Immunofluorescence, IF）或者免疫组化（Immunohistochemistry， IHC），而在拍完了图之后，直接给老板 show 漂亮的 images 时并不能让 TA 百分百满意，总是想要一个 bar 图，那就需要统计了。

而手动点数细胞太费时，所以向大家介绍一个有用的软件 IMARIS，可以自动数细胞。

Imaris 使用起来轻松快捷，显示信息也很全面：区域内细胞总数 A，单个通道在 A 里的数量，某个特定区域细胞数，单个细胞的直径，大小，坐标等等。而这还只是此软件最最基础的功能，一起先来看看吧。

1. 打开软件，可以看见如下界面，第一行的标题栏有 Slice，Surpass，Animation 等，Slice/Surpass 可以用来在打开的 images 上操作，Animation 可以将连续的 images 做成 moive。

2. 打开一张图片，界面就自动变成如下。如浮动窗口 Display Adjustment（可以在 Edit 里勾选 Show Display Adjustment，即显示这个节目），这个可以调节不同荧光通道的强弱。

3. 开始数细胞，比如我想要数 DAPI 通道里的细胞个数（即 total 细胞数目），点击 Plot（紫红色圈所示的 button）。

开始操作点击。

右下角的右进键（紫色箭头所指）。

进入 2/3 source channel 界面，选 DAPI 通道，填写 Estimate Diameter，（一般软件自动估测的数字比较准可以不改动，万一想要最最准确，可以利用 Slice 界面，在此界面鼠标单击可以显示细胞直径，取三个细胞求平均），继续点右进键，即进入 3/3 source channel 界面，细胞即自动数完了。

4. 点击双进键，填充色自动变成通道的伪色，即完全完成。可以在「折线」图标栏目下看见有光这个技术的各种参数：细胞总数，单个细胞的大小，直径，位置坐标等等。

注：Double check 下明场和 DAPI, 发现数的还是特别准确的 (白色小方块所示，mark 的图标外观可以改为 sphere，大小可以任意调)。如果觉得不是 100% 准确，可以按住 Shift，鼠标左键点选更改 individual 的 target。

5. 如果我还想要进一步指导 DAPI+ 里 488+ 的比例是多是，可以进一步操作 filter 界面（图标是漏斗），点击 Filter 图标，点 Add，并点选 Filter type：

哦哦，显然它只选了三个最绿的细胞，如黄色方块所示，如果只想计数强信号的细胞，那就如此变好，点击 Duplicate selection to new spots，即得到只计数这三个细胞的新界面。

如果要记所有绿色的细胞则在这个强黄色区域（用 red box 标记的）用鼠标左键拉动，拉的时候会出现一个十字，边拉边看右边的 image，到自己认为可取的位置，如下便好。

6. 看，已经数完了。28 个。可以记下数字即可，也可以 Duplicate 这个 plot，比如我还要数绿色细胞里多少是 647 通道阳性的，以此类推之。简直太方便了有木有。