一张完美的免疫组化的片子，该如何分析？最传统的办法，简单定义阳性组，阴性组，但假如只是这样，显然不是我今天所介绍的重点，向大家推荐一个软件：Image pro-Plus（IPP）。
图像分析前要准备的东西
1. 能拍照的显微镜：这个当然需要实验室的支持，一般拍照的软件也会配套有，无需自己准备。
2. IPP 的安装软件，下面我将介绍安装，文末我也会提供破解版的软件链接安装好后进入如下界面。
选择 Complete 点 OK。
进入软件后的界面。
File – open 打开一张图片（我这里打开了一张软件自带的图片）软件分为上面菜单栏，和第二行工具栏。
我们这里以分析免疫组化图片为例讲解（假设粉红色未阳性表达区域）。
第一步：处理图像
我们分析的是免疫组化的图片，所以先要把图像 intensity 格式。在默认的 intensity 格式中，是图片灰度，越黑数值越小，越白数值越大。而实际上我们测量的染色强度是光密度，染色越深，光密度值越大。如果不进行光密度单位的转换，测量的数值将完全相反的。
方法：measure - calibration - intensity，然后在窗口中点 new 按纽，再点一下下面的 std optical density 选项，这时可以看到窗口中的直线变成了反向的曲线。
然后点 system - close（IPP 功能多，建议每次都检查，如果中途不在进行别的功能，打开软件后只要操作一次就行，不用每张图片都操作）
第二步：颜色选取
明确一个概念 AOI（area of interest），即感兴趣的区域，也是我们观察的重点，也就是我们说的免疫组化阳性表达区域。这里我只介绍入门级的 2 中选择方法：吸管工具和 HIS 颜色选择系统。
先介绍吸管工具：
点击 measure---count/size，跳出如下界面。
点击 Select Colors，显示如下。
点击吸管工具，在图片上选取 AOI（可以反复点击，直到你觉得所有阳性表达都被选中，当然吸管工具右侧，有撤销，橡皮擦等修改工具）。
经过多次点击，假设现在所有阳性表达都已经被选中，那么 AOI 选取结束。
下面介绍 HIS 系统选取颜色：
在 HSI 颜色格式中，H 为色调，就是我们眼睛所看到的红橙黄绿青蓝紫等。S 为色饱和度，I 为强度。在选择 AOI 时，首先保持 S、I 为最大范围，从 H 中选择粉色部分。使用这个颜色格式的好处是，选择的颜色能包括这种颜色的不同深浅及亮度。
颜色选择好了后，就可以分析了。
强烈推荐一个功能：点击左下角 File – save file 将此颜色信息保存，下一张图片可以调用此文件，从而减少操作误差，也简化了步骤。
第三步：分析
选择分析参数：免疫组化常见的几个参数（意义不多解释，百度一下）
area 面积
density（mean）平均光密度
diameter 直径
IOD（integrated optical density）累积光密度
颜色选好后回到先前界面，点击 Measure-select Measurements 进入选择测量参数，最常用的四个参数已如上述。
这里再介绍一点，可设置范围（上图中间靠下）：每一个阳性表达区域都是有大小的，如图可以将小于 10 的阳性表达区域舍弃不计算，这个可以根据自己实际情况调整，但一般取默认值。点击 OK，回到原先界面点击 Count，得出结果得出结果（View - Statistics）：
第四步：整理数据
File - Export Data 整理
