siRNA制备实验

sgRNA设计网站介绍sgRNA的在线设计网站有：1、http://crispr.mit.edu/；2、http://www.e‐crisp.org/E‐CRISP/；等网站。这些网站虽然一定程度上满足了部分研究者的需要，但仍然存在很多不足和缺陷。例如：1、数据分析周期长；2、无具体的脱靶数据；3、可供选择物种十分有限。极大的影响了科研工作者的工作效率。鉴于此Biomics及时推出了本地化运行sgRNA软件设计服务，2个工作日内 ...

1. 对每个基因设计并检测两到四个siRNA序列 为了找到潜在靶位点，扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA 3’端19个核苷酸作为潜在siRNA靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析，去除那些与其它基因明显同源的靶位点。如果可能，siRNA应根据mRNA低二级结构的区域设计。 2. 选择低GC含量的siRNA Ambion公司研究发现GC含量在40-55%的si ...

1.NCBIshRNA资源库 http://cgap.nci.nih.gov/RNAi About RNAi on CGAPThe NCBI is part of the consortium supporting the preparation of human and mouse libraries containing RNAi constructs that target cancer-r ...

编者按：不同生物中RNA 结构和功能多样性与生命多样性的关系等问题是当前生命科学重大基础研究的前沿，特别随着基因组、蛋白质组计划相继提出后，RNA 组学研究已经成为分子生物学研究的新的生长点。本期RNA 专题由王恩多院士牵头，共组织了八篇与RNA 研究相关的高质量文章。在此，向王恩多院士及各位专家对本刊的大力支持表示衷心的感谢！张筱晨， 周 惠， 屈良鹄~A中山大学生物工程研究中心，广州51027 ...

siRNA Database Searchable database of Silencer ™ Validated and Pre-designed siRNAs to 34000 human mouse and rat targets. All siRNAs in the database have been designed for maximum potency and specifici ...

The use of small interfering RNAs (siRNAs) to induce targeted gene silencing in mammalian cells offers researchers a powerful tool for analyzing gene function. Ideally one would like to work with indi ...

Mike W. Byrom Angie M. Cheng and Lance P. Forundefined Ambion Inc. 2130 Woodward Street Austin TX 78744-1832 *Corresponding author email: lford@ambion.com AbstractSmall interfering RNA (siRNA) is an extremel ...

肽核酸(PNA, peptide nucleic acid)是一种全新的DNA类似物，于1991年由Dr.Nielsen, Dr.Egholm,Dr.Berg,和Dr.Buchardt发明。该分子的特点是以中性的肽链酰胺2-氨基乙基甘氨酸键取代了DNA中的戊糖磷酸二酯键骨架，其余的与DNA相同。PNA可以通过Watson-Crick碱基配对的形式识别并结合DNA或RNA序列，形成稳定的双螺旋结构。

尽管现在人们可以越来越准确地预测microRNA的沉默效果，但还是需要高通量而且准确的直接验证技术来验证microRNA的沉默效果。microRNA这个在生物科学史上具有重要意义的小分子，在2008年又一次成为了世人瞩目的焦点。microRNA通过与目标mRNA的3’UTR区域结合来阻止其翻译，具体作用机制可分为两种：一种是降解目标mRNA从而达到阻止其翻译的目的，另一种则是直接抑制mRNA的翻译过程。

在活体RNAi关键点：类似药物属性的引入，如稳定性、细胞内的传送、组织的生物可溶性进入合成的siRNA。

1. 对每个基因设计并检测两到四个siRNA 序列 为了找到潜在靶位点，扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA 3’端19个核苷酸作为潜在siRNA 靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析，去除那些与其它基因明显同源的靶位点。如果可能，siRNA 应根据mRNA 低二级结构的区域设计。美国著名RNA 产品公司Ambion提供网上在线设计工具，帮助您更快地完成这项工作 ...

siRNA Design RNAi target selection rules : Targeted regions on the cDNA sequence of a targeted gene should be located 50-100 nt downstream of the start codon (ATG). Search for sequence motif AA ...

1． 希望软件可以在 web 上使用。 即用户可以访问我们的网站， 输入基因代码， 即可自行在网上设计 siRNA Oligo 。 2． 可参照的软件形式： 见如下网站： www.dharmacon.com www.ambion.com www.qiagen.com 3． 希望能就每一个所指定的基因找到至少四对以上可合成的双 ...

Using siRNA for gene silencing is a rapidly evolving tool in molecular biology. There are several methods for preparing siRNA such as chemical synthesis in vitro transcription siRNA expression vectors ...

越来越多的研究人员开始采用小分子干扰RNA（small interfering RNAs，siRNAs)来抑制特定的哺乳动物基因表达。siRNA是一种短片断双链RNA分子，能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的mRNA，这个过程就是RNA干扰途径（RNA interference pathway）。RNAi的应用包括功能基因组学，药物靶筛选，细胞信号传导通路分析等等。 目前为止较为常用的5 ...

体外制备 1.化学合成 许多国外公司都可以根据用户要求提供高质量的化学合成siRNA。主要的缺点包括价格高，定制周期长，特别是有特殊需求的。由于价格比其他方法高，为一个基因合成3―4对siRNAs 的成本就更高了，比较常见的做法是用其他方法筛选出最有效的序列再进行化学合成。 最适用于：已经找到最有效的siRNA的情况下，需要大量siRNA进行研究 不适用于：筛选siRNA等长时间的研究，主要原因 ...

A．普通阴性对照 1.siRNA实验应该有阴性对照； 2.通用阴性对照为与目的基因的序列无同源性的普通阴性对照； 3．Scrambled阴性对照和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性； 4．阴性对照需要确定和目的靶细胞中其它基因同源性很低。 B．荧光标记阴性对照 1. RNAi negative control与哺乳动物基因无同源 ...

RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”，但越来越多的证据清楚的表明，RNA在生命的进程中扮演的角色远比RNA我们早前设想的更为重要。RNA干扰（RNA interference）的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识，更因为可以简化替代基因敲除而成为研究基因功能的有力工具，因此格外引人注意，在2002年度Science评选的10大科 ...

The siRNA user guide (revised May 6 2004) Selection of siRNA duplexes from the target mRNA sequence Using Drosophila melanogaster lysates (Tuschl et al. 1999) we have systematically ...

将制备好的siRNA，siRNA表达载体或表达框架转导至真核细胞 中的方法主要有以下几种： 1.磷酸钙共沉淀 将氯化钙，RNA(或DNA )和磷酸缓冲液混合，沉淀形成包含DNA 且极小的不溶的磷酸钙颗粒。磷酸钙-DNA 复合物粘附到细胞 膜并通过胞饮进入目的细胞 的细胞 质。沉淀物的大小和质量对于磷酸钙转染的成功至关重要。在实验中使用的每种试剂都必须小心校准，保证质量，因为甚至偏离最优条件十分之 ...