测序实验技术

在解决串联质谱图谱从头测序问题的方法中，绝大多数是基于图论的方法，但研究学者们还提出了一些其他的综合方法，包括PEAKS、NovoHMM、UniNovo、Novor等。PEAKS2003年，Ma等人提出了PEAKS。PEAKS是用于解析肽图谱的一个综合软件包，它包含从头测序，数据库搜索，PTM鉴定，同源性搜索和数据分析。在PEAKS方法中运用了一种新的从头测序模型和算法，分为四个步骤。第一步将图谱进行预处理，即图 ...

2003年，Ma等人开发了PEAKS。PEAKS是用于解析肽图谱的一种串联质谱蛋白质组学软件，可用于基于串联质谱的肽测序，蛋白质鉴定和蛋白质定量分析。他们在PEAKS方法中运用了新的从头测序模型和算法，分为四个步骤：第一步将图谱进行预处理，包括图谱噪声过滤和图谱峰聚合；第二步是在简化后的图谱中根据母离子质量列举出所有可能的候选肽段；第三步和第四步为综合打分的差异分析以及分值正则化。PEAKS蛋白质从头测序技 ...

Edman降解是蛋白质测序中一个非常重要的反应步骤，因为通过该反应可以对蛋白质有序的氨基酸组成进行分析。自动化Edman测序仪现在已得到广泛使用，他们能够对长约50个氨基酸的肽进行测序。以下概括了使用Edman降解进行蛋白质测序的步骤，随后还将对其中一些重要步骤做详细说明。1. 用2-巯基乙醇等还原剂破坏蛋白质中的任意二硫键，过程中可能需要一个保护基团（例如碘乙酸）以防止化学键重新形成；2. 果蛋白质不止一个，则需要分 ...

网上搜索“抗体从头测序”，搜索结果会展示一长串的资源和服务。关于该技术的描述太多了，有很多描述都大同小异。小编想借此文给大家说说我们为什么需要抗体从头测序以及如何进行抗体从头测序。抗体从头测序的分类抗体从头测序是根据抗体样品种类进行区分的。我们通常根据抗体的“克隆性”（clonality）来描述抗体样品。克隆性是指样品中存在的不同抗体序列或遗传系谱的数量。单克隆：样品中包含具有相同序列的抗体。单克隆性是进行抗体从 ...

1. 实验原理　小鼠骨髓细胞有高度的分裂活性，并且数量非常多，因此不必进行体外培养，可直接观察到分裂期细胞。处于分裂期的细胞经秋水仙素处理，阻断纺锤丝的形成，使细胞分裂停止于中期，此时染色体达到最大收缩，具有典型的形态。低渗处理使细胞破裂，便于染色体分散。该方法在临床上多用于白血病的研究，也可用于观察毒性物质对机体遗传物质——染色体损伤的状况。 小鼠染色体2n=40,均为端着丝粒染色体, 雄性为40，XY，雌性为40，XX。 2. 实验试剂与器材　 ...

1. 实验原理　姐妹染色单体分化染色法(Sister chromatid differentiation，SCD)是20世纪70年代中期发展起来的染色体处理技术。1973年Latt在培养的细胞中加入5-溴脱氧尿嘧啶核苷（5-Bromode Oxyurdine，BrdU），用Hoechst 33258 荧光染料染色时，发现了姐妹染色单体的色差反应和它们之间互换的现象。1974年KO Renberg和Froeed-Lender改进了这一技术，用G ...

1. 实验原理　染色单体或染色体的无着丝点断片，或因纺锤体受损而丢失的整个染色体，在细胞分裂后期，仍然遗留在细胞质中。末期之后，单独形成一个或几个规则的次核，被包含在子细胞的胞质内，因比主核小，故称为微核。大小应为主核的1/20～1/5。微核的折光率及细胞化学反应性质和主核一样。微核率是和用药的剂量或辐射累积效应呈正相关，所以可用简易的、快速、灵敏的微核计数来代替繁杂的畸变染色体计数。Matter 和Schmid建立的微核测试 ...

一、 人外周血染色体制备 1. 实验原理　人的外周血淋巴细胞培养方法是1960年由Moorhead 提出来的。正常情况下，人外周血小淋巴细胞都处在G1期（或G0期），但在体外给予一定的条件，进行培养，经72 h就可获得大量的有丝分裂细胞。这种取材简易、用血量少的培养方法已被广泛采用。 在培养液中加入植物血凝素（PHA），淋巴细胞受到刺激可转化为淋巴母细胞，进入有丝分裂。短期培养后，经秋水仙素处理，可抑制细胞分裂时纺锤丝的形成，使细胞分裂停止在中 ...

细胞内或多细胞生物组织中的多数的生物大分子的分离纯化，都需要事先将细胞和组织破碎，使生物大分子充分释放到溶液中。不同的生物体或同一生物体的不同部位的组织，使用的方法也不相同。

Introduction Luciferase can be used as a reporter gene to measure the activity of promoters and/or the transfection efficiency. Aims You will be provided with the HEK293/COS cells that you transfected ...

问：刚做克隆，遇见测序过程中 有3'端测序，5'端测序，到底是怎么回事？为什么有两个测序结果？我应该按那一个来看测序正确还是不正确？ 答：测序都是从5'端进行的，正向和反向测序是指对DNA的两条互补链分别测序，通常两个方向测序结果经校读后完全一致才能认为得到可靠结果。一点测序经验： 1、测序选择引物很重要，一般的克隆载体现在都有通用引物，如T7SP6M13-47 RVM ....但选择哪个引物测序 ...

Q:my group is involved in a national project to develop a genomic platform for cancer research. while Nimblegen has developed target enrichment chip for the Genome Sequencer 20 nothing similar has bee ...

Q:We recently completed a ChIP-seq run on the ABI SOLiD. We received the following data back for one of our samples. These data were from a quarter (1/4) of a slide. ------------------61993194 total b ...

Q:I've been getting mixed messages about the accuracy of the reads coming off the SOLiD platform. A 454 representative swore blind to me last week that only 25% of SOLiD reads are error-free (!) but t ...

Sequences for Solexa Library Preparations: Genomic DNA oligonucleotide sequences Adapters 1 5' P-GATCGGAAGAGCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG 5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT PCR Primers 1 5' AATGATACGGCG ...

Here I present a brief overview of Solexa's sequencing-by-synthesis chemistry. The sample prep methods used differ slightly from that used in ABI's SOLiD system but the basic goals are the same: gener ...

The following derives largely from an email I sent to some "fellow travelers" before I heard of this web site. Consider 3 SOLiD runs we did all genomic DNA (fragment 35mers single flowcell ...

Applied Biosystems has just launched their instrument which supports their version of high-throughput sequencing chemistry termed “SOLiD™” (little “i” please). Acquired f ...

The Solexa sequencing platform comprises all hardware software procedures and kitted reagents for DNA sequencing at the whole genome or repetitive regional scale. a) Preparation of full diversity libr ...

DNA测序原理和方法 DNA序列测定分手工测序和自动测序，手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪，其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规 ...