PCR引物设计

The RT-PCR method can be used not only to detect specific mRNAs but also to semi-quantitate their levels. Thus one can compare levels of transcripts in different samples. This can be done in two diffe ...

SummaryQuantitative PCR is a method used to detect relative or absolute gene expression level. All qPCR involves the use of fluorescence to detect the threshold cycle (Ct) during PCR when the level of ...

Why PrimerBank?PrimerBank is a public resource for PCR primers. These primers are designed for gene expression detection or quantification (real-time PCR). There are several ways to search for primers ...

Quantitative real time PCR (QRT-PCR) has become one of the most widely used methods of assessing gene expression owing to its sensitivity and reduced run time compared with traditional methods such as ...

Adapted from TaqMan® One-Step RT-PCR Master Mix Reagents Kit InstructionDesign of Probes Keep the G-C content in the 20 to 80% range. Avoid runs of an identical nucleotide. This is especially true fo ...

Steps for Standard PCR ReactionDesign primers. In general primers should have the following properties: Length of 18-24 bases 40-60% G/C content Start and end with 1-2 G/C pairs Melting temperature (T ...

Comparison of normalisation methods There is an ongoing debate what is the best way to normalise qPCR data. Reference genes are the most common method although single unverified reference genes invali ...

利用实时定量PCR和2－△△CT法分析基因相对表达量　　 METHODS 25 402�408 (2001)Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-Time Quantitative PCR and the 2－△△CT MethodKenneth J. Livaundefined and Thomas D. Schmittgen¶undefinedAppli ...

RT-PCR PROTOCOL材料与方法………………………………………………………… 1．材料 ………………………………………………………1.1 供试用组织(细胞)…………………………………1.2 主要仪器设备………………………………………1.3 主要试剂……………………………………………1.4 工具酶及试剂盒…………………………………… 2.实验方法…………………………………………… ...

摘要：基因以及microRNA（miRNA）的研究离不开定量PCR技术。许多实验室都尝试采用各种液体处理工具以自动化qPCR应用中的某些或全部步骤。然而，由于qPCR应用在对包括液体处理，实验流程以及个性化设置等方面诸多的要求，市场上商业化的解决方案要么过于死板，无法实现特定应用的需求；要么过于复杂，令普通研究人员无法对其进行适当的修改来匹配自己的独特应用要求。为了解决这个难题，西班牙马德里的国立 ...

【摘要】 目的建立抗草甘膦转基因大豆的快速检测方法。方法：针对转基因大豆基因组中被导入的35S启动子、NOS终止子和CP4-EPSPS抗草甘膦基因等外源基因，自行设计了两对引物，采用双重PCR同时扩增上述基因，用8g/L羟丙基甲基纤维素为筛分介质，在50cm×100μm i．d．涂壁毛细管中，于一10kV电压下用激光诱导荧光-毛细管电泳检测转基因大豆的PCR扩增产物。结果在优化的PCR反应和毛细管 ...

我最近合成了几十对引物，，在实战中多多少少有些心得，拿出来给大家分享。我感觉想把引物合成的比较好，除了前引物和后引物的Tm不能相差太大，我们还要重点考虑以下因素：一、GC% GC含量对于PCR反应来说GC含量在40%—60%，一般50%左右比较合适；而对于测序引物和杂交探针来说GC含量至少应为50%。产物中GC含量最好大于引物中的GC含量。二、Degeneracy 多义性当设计多义引物 ...

总的说来，荧光检测技术可大致分为两大类：通用型的荧光染料检测法和高特异性的荧光探针 法。前者主要是利用荧光染料(如SYBR Green I)与双链DNA分子结合发光的特性来指示扩增产物的增加，优点是：无需另外设计荧光探针 ，无需特别优化条件，简便易行，成本较低，能适用于任何一款定量PCR仪，缺点是专一性不如探针法；而后者则利用荧光标记的特异性探针或者引物来识别模版，优点是特异性更高，适用于扩增序 ...

简并引物常用于从已知蛋白到相关核酸分子的研究及用于一组引物扩增一类分子。 简并引物设计方法 （1）利用NCBI搜索不同物种中同一目的基因的蛋白质或cDNA编码的氨基酸序列 因为密码子的关系，不同的核苷酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的Entrez检索系统，查找到一条相关序列即可。随后利用这一序列使用BLASTP（通过蛋 ...

PCR-引物设计原则 1. 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2. 引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度（primerlength）常用的是18-27bp， ...

PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。因此，引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。 要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。如这一段不能形成二级结构，那就可以在这一区域设计引物。 现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基，扩增 ...

1. 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2. 引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度（primer l ...

引物（primers) 引物是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。 引物的重要性 在整个PCR体系中 引物占有十分重要的地位。PCR的特异性要求引物与靶DNA特异结合，不与其他非目的DNA结合，PCR的灵敏性要求DNA聚合酶能对引物进行有效的延伸，可见引物设计好坏与PCR结果密切相关。 & ...

PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。因此，引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。 要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。如这一段不能形成二级结构，那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱 ...

引物设计有3 条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应。 引物设计应注意如下要点： 1. 引物的长度一般为15~30 bp，常用的是18~27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。 2. 引物序列在模板内 ...