siRNA基础实验

在活体RNAi关键点：类似药物属性的引入，如稳定性、细胞内的传送、组织的生物可溶性进入合成的siRNA。

General Guidelines siRNA targeted sequence is usually 21 nt in length. Avoid regions within 50-100 bp of the start codon and the termination codon Avoid intron regions Avoid stret ...

siRNA Design RNAi target selection rules : Targeted regions on the cDNA sequence of a targeted gene should be located 50-100 nt downstream of the start codon (ATG). Search for sequence motif AA(N19 ...

Gregory Hannon Cold spring harbor lab Our overall approach is to use an RNA polymerase III promoter to drive expression of encoded short hairpin RNA (shRNA). For this purpose we use the human U6 snRNA ...

Ambion and Applied Biosystems have joined forces to provide a complete convenient solution for performing gene silencing experiments and validating the results by real-time RT-PCR. Ambion's Silencer&t ...

1. 对每个基因设计并检测两到四个siRNA 序列 为了找到潜在靶位点，扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA 3’端19个核苷酸作为潜在siRNA 靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析，去除那些与其它基因明显同源的靶位点。如果可能，siRNA 应根据mRNA 低二级结构的区域设计。美国著名RNA 产品公司Ambion提供网上在线设计工具，帮助您更快地完成这项工作 ...

A novel approach for evaluating the efficiency of siRNAs on protein levels in cultured cells. Wu W Hodges E Redelius J Hoog C. Nucleic Acids Res. 2004 Jan 22;32(2):E17. Center for Genomics and Bioinf ...

siRNA Design RNAi target selection rules : Targeted regions on the cDNA sequence of a targeted gene should be located 50-100 nt downstream of the start codon (ATG). Search for sequence motif AA ...

1． 希望软件可以在 web 上使用。 即用户可以访问我们的网站， 输入基因代码， 即可自行在网上设计 siRNA Oligo 。 2． 可参照的软件形式： 见如下网站： www.dharmacon.com www.ambion.com www.qiagen.com 3． 希望能就每一个所指定的基因找到至少四对以上可合成的双 ...

Using siRNA for gene silencing is a rapidly evolving tool in molecular biology. There are several methods for preparing siRNA such as chemical synthesis in vitro transcription siRNA expression vectors ...

越来越多的研究人员开始采用小分子干扰RNA（small interfering RNAs，siRNAs)来抑制特定的哺乳动物基因表达。siRNA是一种短片断双链RNA分子，能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的mRNA，这个过程就是RNA干扰途径（RNA interference pathway）。RNAi的应用包括功能基因组学，药物靶筛选，细胞信号传导通路分析等等。 目前为止较为常用的5 ...

体外制备 1.化学合成 许多国外公司都可以根据用户要求提供高质量的化学合成siRNA。主要的缺点包括价格高，定制周期长，特别是有特殊需求的。由于价格比其他方法高，为一个基因合成3―4对siRNAs 的成本就更高了，比较常见的做法是用其他方法筛选出最有效的序列再进行化学合成。 最适用于：已经找到最有效的siRNA的情况下，需要大量siRNA进行研究 不适用于：筛选siRNA等长时间的研究，主要原因 ...

A．普通阴性对照 1.siRNA实验应该有阴性对照； 2.通用阴性对照为与目的基因的序列无同源性的普通阴性对照； 3．Scrambled阴性对照和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性； 4．阴性对照需要确定和目的靶细胞中其它基因同源性很低。 B．荧光标记阴性对照 1. RNAi negative control与哺乳动物基因无同源 ...

RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”，但越来越多的证据清楚的表明，RNA在生命的进程中扮演的角色远比RNA我们早前设想的更为重要。RNA干扰（RNA interference）的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识，更因为可以简化替代基因敲除而成为研究基因功能的有力工具，因此格外引人注意，在2002年度Science评选的10大科 ...

The siRNA user guide (revised May 6 2004) Selection of siRNA duplexes from the target mRNA sequence Using Drosophila melanogaster lysates (Tuschl et al. 1999) we have systematically ...

将制备好的siRNA，siRNA表达载体或表达框架转导至真核细胞 中的方法主要有以下几种： 1.磷酸钙共沉淀 将氯化钙，RNA(或DNA )和磷酸缓冲液混合，沉淀形成包含DNA 且极小的不溶的磷酸钙颗粒。磷酸钙-DNA 复合物粘附到细胞 膜并通过胞饮进入目的细胞 的细胞 质。沉淀物的大小和质量对于磷酸钙转染的成功至关重要。在实验中使用的每种试剂都必须小心校准，保证质量，因为甚至偏离最优条件十分之 ...

1 前言 RNA 是生物体内最重要的物质基础之一，它与 DNA 和蛋白质一起构成生命的框架。但长久以来， RNA 分子一直被认为是小角色。它从 DNA 那儿获得自己的顺序，然后将遗传信息转化成蛋白质。然而，一系列发现表明――这些小分子 RNA 事实上操纵着许多细胞功能。它可通过互补序列的结合反作用于 DNA ，从而关闭或调节基因的表达。甚至某些小分子 RNA 可以通过指导基因的开关来调 ...

Helvetica sans-serif" size="-1"Our current strategy with siRNA is to synthesis relatively small amounts enzymatically and use these to test for efficiency by western blotting. This allows us to test ...

Supplementary information to miRNAs cloned from mouse and human An online clearinghouse for miRNA gene name assignments (http://www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/mirna/) is provided by the Rfam database ...

Here is our T7 siRNA protocol. The main idea is to design primers that begin with GG so that transcription by T7 polymerase is efficient. I) FIRST design oligos: Using sense coding sequence of any gen ...