大量实验表明，针对同一靶基因的不同siRNA序列具有不同的沉默效率，为了能够运用RNAi技术更有效地沉默靶基因，需要在RNAi的第一步，也是其成功与否的关键环节―siRNA序列的设计方面进行更多的改进。本文将在以下几个方面探讨siRNA序列设计方面的最新研究进展，作为应用RNAi技术时的参考。RNAi最终要通过siRNA片段与靶基因结合并使之降解，因此，确保高度同源于靶基因而绝无与其他基因同源的siRNA序 ...
siRNA Design1. Select siRNA 19-mersFirst, look around in the literature if any siRNA for your gene has been already made or have a look at siRNA Database (small though)There is a growing numbers of tools for selection of siRNA 19-mers based on a provided cDNA sequence. We use siRNA Selection Program devo ...
复旦大学生化与分子生物学实验室黄伟达所率研究小组在Biochemical Journal的九月刊上报道了如题论文。哪位大侠能下载到全文，请在DXY里共享一下，以便大家交流学习。文摘如下：http://www.biochemj.org/bj/390/bj3900675.htmBiochem. J. (2005) 390 (675–679) (Printed in Great Britain)High doses of siRNAs induce eri-1 and adar-1 gene e ...
Ambion and Applied Biosystems have joined forces to provide a complete convenient, solution for performing gene silencing experiments and validating the results by real-time RT-PCR. Ambion's Silencer™ Validated and Silencer Pre-designed siRNAs eliminate the guesswork--and t ...
siRNA DatabaseSearchable database of Silencer™ Validated and Pre-designed siRNAs to 34,000 human, mouse, and rat targets. All siRNAs in the database have been designed for maximum potency and specificity using a well-tested, proprietary algorithm. And silencing results are guaran ...
miRNA 是一类22 碱基左右的非编码RNA，能够被整合到沉默复合体（RISC）中，使碱基互补的目标mRNA 沉默或降解，以实现其调控作用，与生物正常的生长发育以及各种疾病如癌症和心血管疾病等的发生都有着密切的关系。单细胞miRNA表达解决方案 启因生物独家引进美国NanoString公司的多基因表达 计数系统nCounter assay system，它仅需100 ng的RNA即可对逾八百个特异的mRNA转录子进行准确的定量；它无 需酶 ...
A．普通阴性对照 1.siRNA实验应该有阴性对照；2.通用阴性对照为与目的基因的序列无同源性的普通阴性对照；3．Scrambled阴性对照和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性；4．阴性对照需要确定和目的靶细胞中其它基因同源性很低。B．荧光标记阴性对照 1. RNAi negative control与哺乳动物基因无同源性；2.通过标记荧光，可以方便地在荧光显微镜下观察转染情况；3.可用于优化转染条件和 ...
sgRNA设计网站介绍sgRNA的在线设计网站有：1、http://crispr.mit.edu/；2、http://www.e‐crisp.org/E‐CRISP/；等网站。这些网站虽然一定程度上满足了部分研究者的需要，但仍然存在很多不足和缺陷。例如：1、数据分析周期长；2、无具体的脱靶数据；3、可供选择物种十分有限。极大的影响了科研工作者的工作效率。鉴于此Biomics及时推出了本地化运行sgRNA软件设计服务，2个工作日内 ...
1. 对每个基因设计并检测两到四个siRNA序列 为了找到潜在靶位点，扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA 3’端19个核苷酸作为潜在siRNA靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析，去除那些与其它基因明显同源的靶位点。如果可能，siRNA应根据mRNA低二级结构的区域设计。 2. 选择低GC含量的siRNA Ambion公司研究发现GC含量在40-55%的si ...
Ambion and Applied Biosystems have joined forces to provide a complete convenient solution for performing gene silencing experiments and validating the results by real-time RT-PCR. Ambion's Silenc ...
1.NCBIshRNA资源库 http://cgap.nci.nih.gov/RNAi About RNAi on CGAPThe NCBI is part of the consortium supporting the preparation of human and mouse libraries containing RNAi constructs that target cancer-r ...
编者按：不同生物中RNA 结构和功能多样性与生命多样性的关系等问题是当前生命科学重大基础研究的前沿，特别随着基因组、蛋白质组计划相继提出后，RNA 组学研究已经成为分子生物学研究的新的生长点。本期RNA 专题由王恩多院士牵头，共组织了八篇与RNA 研究相关的高质量文章。在此，向王恩多院士及各位专家对本刊的大力支持表示衷心的感谢！张筱晨， 周 惠， 屈良鹄~A中山大学生物工程研究中心，广州51027 ...
siRNA Database Searchable database of Silencer ™ Validated and Pre-designed siRNAs to 34000 human mouse and rat targets. All siRNAs in the database have been designed for maximum potency and specifici ...
The use of small interfering RNAs (siRNAs) to induce targeted gene silencing in mammalian cells offers researchers a powerful tool for analyzing gene function. Ideally one would like to work with indi ...
Mike W. Byrom Angie M. Cheng and Lance P. Forundefined Ambion Inc. 2130 Woodward Street Austin TX 78744-1832 *Corresponding author email: lford@ambion.com AbstractSmall interfering RNA (siRNA) is an extremel ...
肽核酸(PNA, peptide nucleic acid)是一种全新的DNA类似物，于1991年由Dr.Nielsen, Dr.Egholm,Dr.Berg,和Dr.Buchardt发明。该分子的特点是以中性的肽链酰胺2-氨基乙基甘氨酸键取代了DNA中的戊糖磷酸二酯键骨架，其余的与DNA相同。PNA可以通过Watson-Crick碱基配对的形式识别并结合DNA或RNA序列，形成稳定的双螺旋结构。
尽管现在人们可以越来越准确地预测microRNA的沉默效果，但还是需要高通量而且准确的直接验证技术来验证microRNA的沉默效果。microRNA这个在生物科学史上具有重要意义的小分子，在2008年又一次成为了世人瞩目的焦点。microRNA通过与目标mRNA的3’UTR区域结合来阻止其翻译，具体作用机制可分为两种：一种是降解目标mRNA从而达到阻止其翻译的目的，另一种则是直接抑制mRNA的翻译过程。
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The use of small interfering RNAs (siRNAs) to induce targeted gene silencing in mammalian cells offers researchers a powerful tool for analyzing gene function. Ideally one would like to work with indi ...
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