RNA试验基础

监测手段：对脱靶效应的监测一般通过基因芯片来监测。Gene expression profiling对脱靶效应。脱靶效应的特性：转录物表达模式有序列特异性和靶特异性两种大部分脱靶效应具有siRNA序列特异性低浓度也可能产生脱靶效应，不仅仅是高浓度能产生脱靶效应的假象。脱靶效应在蛋白和mRNA水平同时考虑进行分析，要缜密分析和确定分析的时间点。特别是要确定脱靶效应是否是蛋白被knock－down的次 ...

1.miRNA Map 是一个整合的数据，被开发用来存储已知miRNA 基因，假定的miRNA基因，已知的miRNA targets和假定的miRNA target.(Hsu et al 2006).2.已知的miRNA基因，来自人，小鼠，大鼠以及狗的miRNA基因，可以从miRNAase获得，试验已经证实的miRNA targets在文献中可以获得。3.假定的miroRNA precursors ...

DEPC有致癌性，不能处理Tris溶液等这些事项大家都知道，所以不谈。谈一些实验室中的操作误区。误区一：重复使用含DEPC的水处理枪头、离心管等。由于DEPC较贵，而且书上说DEPC要用高压灭菌处理去除，于是有些人就萌发了重复使用DEPC的想法，即对含有DEPC的水不进行高压灭菌，从而重复使用含DEPC的水处理枪头、离心管等。节约本是好事，但这样的节约是无效的。为什么不能重复使用含DEPC的水，因 ...

与rRNA和tRNA不同的是，哺乳动物细胞的绝大部分mRNA在其3'端均有一poly(A)尾，因此可以用oligo(dT)－纤维素亲和层析法从大量的细胞RNA中分离mRNAdmonds等，1971;At Leder，1972）。在构建cDNA文库时， 必须经上述纯化步骤制备mRNA模板。进行Northern杂交或Sl 核酸酶作用图分析时，与总RNA相比，采用poly(A)+ RNA能获得更为满意的 ...

帮助将抑制因子tRNA交付到核糖体的翻译因子eIF2利用GTP水解的能量来发挥功能。另一个因子eIF5已知在当eIF2与抑制因子tRNA和核糖体结合时会加快eIF2的GTP酶活性。在这项研究中，研究人员确定了eIF5的另外两个作用。

新的研究首次显示了MicroRNA的能够沉默基因，从而保护基因组免于致癌突变。此项研究由俄亥俄州立大学综合癌症中心－Arthur G. James肿瘤医院和Richard J. Solove研究所研究人员所主持，结果表明，MicroRNA - 155（miR- 155）能够抑制某些基因的活性，这些基因通常能修复错误DNA配对所致的损伤。

初级microRNA（pri-miRNA）是长链非编码RNA转录本，至少有一个（更常见的是多个）约65 nt茎环结构的前体microRNA（pre-miRNA），这些前体microRNA中含有成熟的microRNA（miRNA）序列。TaqMan Pri-miRNA Assays让这种新“基因”种类的转录能够轻松方便地定量，其灵敏度和特异性足够分辨多个miRNA位点。

miRNA在细胞的发育、分化、增殖、凋亡，每个过程都有miRNA的调控，在许多人类肿瘤病例中，都发现miRNA表达异常，于是，miRNA表达谱分析成为miRNA研究中必不可少的一环。

当RNA自琼糖凝胶转移至NC膜之前，EB的染色时间不宜过长，被染料饱和的核酸分子转移效率会降低。用EB作短暂染色，可以对核酸转移过程产生可以察觉的掏作用，并同时检测凝胶和凝膜上的RNA的优点。 １）电泳结束后，含乙二醛－DMSO的凝胶应浸入含溴化乙锭（0.5μg/ml）的10mmo ...

2009年9月15日，Sanger microRNA序列数据库（miRBase）（http://www.mirbase.org/）升级至14.0版。新增1580条miR序列。至此，miRBase中的microRNA序列信息已超过10,000条。14.0版本共收录10,581条成熟miRNA序列信息，通过验证的microRNA发夹前体从9,539条增至10,883条，共涵盖115个物种。

miRNA这个不起眼的小分子原来是基因表达的重要调节器。它们还与多种癌症相关，也就理所当然成为药物靶点。另外一种在细菌中鉴定出的piRNA也是反式作用的小干扰RNA，虽然现在研究得较少，但也是前途无量。

长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子，它们并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。

RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。

RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。RIP这种新兴的技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析。

mRNA差异显示技术（differential display,DD）是用于研究基因的差异表达的新方法。在应用过程中不断得到改进，并产生了诸多衍生技术如RPA、GDD等。本文简要介绍在本试验室荧 光标记差异显示技术（fluorescent DD,FDD）的应用及体会。

RNA实验中实验失败的主要是RNA酶的污染。由于RNA酶广泛存在而稳定，只要存在少量的RNA酶就会引起RNA的降解。因此在实验中严格控制外源性RNA酶的污染，最大限度地抑制内源性的RNA酶显得尤为重要。

为了获得高质量的真核细胞mRNA, 必须使用RNA酶的抑制剂或采用下述的破碎细胞和灭活RNA酶同步进行的方法，最大限度地降低细胞破碎过程中所释放的RNA酶的活性。同时，避免偶然引入实验室内其他潜在的痕量RNA酶也很重要。下面列举避免RNA酶法染问题的一些注意事项。大多数有经验的研究者并不拘泥于这些注意事项，只是在遇到问题时可能采用其中的一种或几种方法加以解决。

核糖核酸与浓盐酸共热时，即发生降解，形成的核糖继而转变为糠醛，后者与3,5-二羟基甲苯（地衣酚）反应呈鲜绿色，该反应需用三氯化铁或氯化铜作催化剂，反应产物在670nm处有最大吸收。RNA在20~250μ g范围内，光吸收与RNA的浓度成正比。地衣酚反应特异性较差，凡戊糖均有此反应，DNA和其他杂质也能给出类似的颜色。因此测定RNA时可先测定DNA含量，再计算出RNA含量。

一、准备试剂：氯仿，异丙醇，75℅乙醇，无RNase的水或0.5℅SDS（溶液均需用DEPC处理过的水配制）。二、操作步骤：1. 匀浆处理：a. 组织 将组织在液氮中磨碎，每50-100mg组织加入1ml TRIzol，用匀浆仪进行匀浆处理。样品体积不应超过TRIzol体积10℅。b. 单层培养细胞 直接在培养板中加入TRIzol裂解细胞，每10cm2面积（即3.5cm直径的培养板）加1 ...

一、操作注意事项： 由于RNA酶的广泛存在与难以灭活的顽固特性。使得RNA的提取纯化和后续工作变得非常困难。为了保证RNA的研究工作成功，请仔细阅读下列注意事项，相信它能帮助您解决常见的问题。 归根究底，RNA工作的主要问题是防止RNA酶的污染。RNA酶无处不在，在实验操作的任何一步，任何偶然的疏忽或不当操作都有可能造成RNA酶污染，从而导致整个实验失败。因此，严格控制实验条件，避免任何可能的污染 ...