DNA测序

高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deep sequencing)。自从2005年454 Life Sciences公司（2007年该公司被Roche正式收购）推出了454 FLX焦磷酸测序平台（454 FLX pyrosequencing platform）以来，曾推出过3730xl DNA测序仪（373 ...

随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列比对定位到参考基因组上。De novo基因组拼接是利用短读序列（reads）组装出一个基因组草图，然后通过自动注释标出可能的开放阅读框（open reading frame, ORF）。然而现行的测序 ...

最近两周在国内，听到议论最多的就是有关卫计委发通知叫停基因检测技术的临床应用的事：有关高通量测序产前诊断，我已经讨论过不少（参考下面的相关博文）。可是对卫计委的突然叫停，还是有些感受值得和大家分享。首先，我认为叫停是对的。既然国家有相关法律，就要按照法律程序办：公司应该按照程序报批产品。看上去这是一个很突然的决定，其实也是必然。卫计委也是无奈，他们多次交涉相关公司，两三年来一直被顶着。如果不管，一旦出事，责任就首先在 ...

测序都是从5'端进行的，正向和反向测序是指对DNA的两条互补链分别测序，通常两个方向测序结果经校读后完全一致才能认为得到可靠结果。生工测序结果一般都提供两个文档，一个是TEXT的序列文档，一个是用Chromas软件打开的ABI文档。1.寻找引物http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 比对，去除引物序列，找到目的片段。在DNAMan上进行比对，看引物能不能比对上（一个不变，一个反向互补） ...

从基因组、转录组、表观基因组、调控组、宏基因组等各个生物层面上对生物体进行信息解读，是理解复杂生命机理的关键。新一代测序技术的飞速发展，为我们从各个角度观测生命系统提供了可能。新一代测序技术又称高通量测序，是对第一代DNA测序技术颠覆性革命，以2005年454公司推出基于焦磷酸测序技术的454测序仪为标志，代表着新一代测序技术的推广和应用。随后的2006年，美国Illumina公司进军新一代DNA测序市场，研发 ...

甲状腺是人体最大的内分泌腺体，呈薄薄的一层，位于甲状软骨下紧贴在气管第三，四软骨环前面，主要功能是合成甲状腺激素 ，维持生长发育、调节机体代谢，同时也与心血管和神经系统有关。甲状腺癌（thyroid carcinoma，TC）是甲状腺的恶性肿瘤，也是我国近年来发病率增长最快的实体瘤之一，特别是沿海地区已成为甲状腺癌的高发区。江苏部分地区进行的流行病学研究发现，16 岁以上调查人群中甲状腺结节患病率为17. 9% ~22. 5%，女性患病率 ...

大规模基因分型在遗传相关性研究中起着重要作用，尤其是和高通量测序技术结合后，它为基因挖掘带来了新的机遇。大规模基因分型的有效解决方法：SLAF-seq（specific-locus amplified fragment sequencing），该技术前期利用生物信息学方法，对目标物种的参考基因组（或已知BAC序列）进行系统分析，设计标记开发方案，后期根据前期的方案，构建SLAF-seq文库，筛选 ...

由来自中国和美国的科学家们组成的研究小组，在一项研究中以中华猕猴桃（Actinidia chinensis）为材料，全面解析了首个猕猴桃全基因组序列信息，绘制了该物种的遗传图谱，并以此发现了这种水果的39040种基因与包括土豆和西红柿在内的其他植物物种之间存在的许多遗传相似性。同时，研究还揭示了数百万年前猕猴桃基因组中发生的两次重大进化事件。这项重要研究成果正式发表在了10月18日的《Natur ...

关键词：细菌基因组测序；Roche 454测序平台；HiSeq 2000测序平台 Roche 454测序平台 HiSeq 2000测序平台 测序读长 300～700bp 100bp 对样品要求 2μg ...

1、PCR 产物测序时出现重叠峰 问题图1（模板中有碱基缺失，往往是单一位点（1-1）或两个位点（1-2）碱基缺失导致测序结果移码） 图1-1 图1-2 解决方法：将PCR 产物克隆到质粒（如T 载体）中挑单克隆测序，或将PCR 产物进行PAGE纯化（至少琼脂糖充分电泳后切胶纯化）后再进行测序。问题图2（PCR 产物不纯，含部分序列一致的两种以上的片段，长度不一） 图2 ...

1. 测序所用模板DNA的量一般按下面要求加入： 模板种类/长度 模板量 200 bp（PCR产物） 16 ng（120 fmol） 3000-5000 bp（超螺旋质粒DNA） 4 mg（2 pmol） 48 ...

DNA序列测定分手工测序和自动测序，手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪，其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。【原理】 ABI ...

先进的基于焦磷酸测序（Pyrosequencing）的PSQ96 MA技术平台，能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测服务。另外，还提供短片段的测序服务（50-100 bp），适用于细菌和病毒分型等研究领域。 基于Pyrosequencing的SNP分析具有快速、高通量的特点，完成96个样品的SNP分析仅需10分钟。整个实验过程（包括PCR扩增、单链分离、 ...

肿瘤个人化治疗成功与否很大程度上取决于其肿瘤基因的突变类型。在德国一个实验室中，罗氏GS Junior测序系统被用于肿瘤个人化治疗研究中，通过对临床治疗相关的外显子DNA进行测序，鉴定肿瘤组织的基因组突变类型，为后续的抗体治疗药物提供用药指导。

遗传性耳聋是人类听力系统最常见的疾病之一，其中有一部分与X染色体相关。在American Journal of Human Genetics发表的一篇文章中[1]，德国研究人员利用一系列研究方法，包括NimbleGen定制型385K芯片进行序列捕获，从一个西班牙患病家族及一群德国患者的样本中发现了X染色体上一个疾病相关的突变。

高通量测序（High-Throughput Sequencing）又名下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS），是相对于传统的桑格测序（Sanger Sequencing）而言的。目前高通量测序的主要平台代表有罗氏公司(Roche)的454测序仪（Roch GS FLX sequencer），Illumina公司的Solexa基因组分析仪（Illumina Ge ...

在人体肠道中生活着数以万亿的共生菌群，它们的种类繁多，可达上千种，数量也很惊人，是人体细胞总量的10倍以上，迄今为止，仍有80%以上的微生物不为人知。这些肠道微生物和人体存在着互利共生的关系，对于维持人类的健康发挥着重要的作用。它们在肠道中保持着一种动态的平衡，能够合成维生素、帮助人体从食物中吸收营养、维持肠道免疫系统功能、抵挡有害微生物的侵害，但是当这种平衡因某些因素被打破致使肠道菌群发生紊乱 ...

在陆地生态系统中，在土壤中生活有数量庞大的微生物种群，包括原核微生物如细菌、蓝细菌、放线菌及超显微结构微生物 以及真核生物如真菌、藻类( 蓝藻除外) 、地衣等。它们与植物和动物有着明确的分工，主要扮演“分解者”的角色，几乎参与土壤中一切生物和生物化学反应，担负着地球C、N、P、S 等物质循环的“调节器”、土壤养分植物有效性的“转化器&r ...

焦磷酸序列分析是一种独特的序列分析技术，是基于合成的序列分析方法；无需凝胶、探针或标记物，即可获得实时定量序列分析数据。运用这一快速、灵活的序列分析方法，可实现在一台仪器上、甚至在一次运行中，同时分析多个不同类型的序列变化。焦磷酸序列分析技术适用性强，可用于多领域的探索性和测试性工作中。 此次在线讲座将为您介绍焦磷酸序列分析技术，重点涵盖该技术的应用，并介绍这种序列分析技术如何实现对序列变化、以 ...

发明者乔纳森·罗森博格手里拿着一个用在离子激流器中的半导体芯片 吉尔福特市的乔纳森·罗斯伯格发明了离子激流系统。同时，他也是致力于完成“千元解码人体基因”目标的研究者之一。由于他的机器快速改进着，乔纳森认为他能够在2013年前完成这一目标。罗斯伯格博士曾说：“戈登·莫尔攻克了所有制造半导体的难关，因此他应该是第一个用 ...