DNA测序

霍一刀hxs 各位高手，已经知道某个基因序列的一部分，如何得知其全长基因序列？首先，该序列只有mRNA序列可知。有没有专业的网站，可以根据一段cDNA序列，预测一下它的UTR区的序列？多谢。freecell RACE霍一刀hxs 谢谢freecell.霍一刀hxs BLAT Search Genome呵呵zjubell 看你是什么物种了，如果完全是未知物种，那建议全基因组测序好了，如果是细菌的基因组，整个测下来也就1万块钱左右。拿到序列后 ...

shaoyibo 请问BLAST测序结果后，应该对比的序列是看max score 最大的那个序列，还是max ident最接近的序列?有人说是max score 最大的那个序列，可是我发现有好几个同样分值的，到底该如何看测序结果？请大侠指教，十万火急，多谢了lmnsmu 我认为首先看max score最大的序列，同样分值的好几个，说明你blast的序列可能是个保守序列，在同一类或家族的基因均有。你可以点blast的条形图，从上到下详细去了解。 ...

jiuzili123456 手里有一个说明，但是没说多序列的。说的也不是很清楚希望知道的请指教，谢谢freecell 将所有序列按FASTA格式填好，放到一个记事本文件里。例如： DNA1AGGCTTTGAAAAGGGGGGGGGGGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTTT然后在editseq中，file-import,导入这个记事本文件。然后软件就在这个记事本的存放位置，生成DNASTAR ...

chaoyueyzc 如题，在测序结果中见到完好的剪切后的某癌基因的mRNA序列，但是在样品准备过程中早已排除了mRNA的污染，请问这种现象应该怎么解释呢，那剪切完好的mRNA又怎么会反转录并插入基因组序列中呢？比较困惑，请各位高手指点，这一现象是否正常，有谁见过类似的报道。zhujoker 请问一下你是怎么排除了mRNA的污染？如果你的基因在你的肿瘤中处于高表达时，应该可能会出现这种情况。个人观点，希望大家支招！ch ...

lucy1225 急欲查询促卵泡生成素受体(follicle stimulating hormone receptor)启动子（promotor）的基因，该怎么办？zhujoker 该版块已经有很多相应的帖子， 自己要学会搜索！雪中梅 你是想要找基因的启动子序列吧，而不是启动子的基因，看看下面这个：http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法 ...

beckhamdavid 各位大侠，小弟目前想做一个抑癌基因的杂合性缺失状况，看了很多文献采用微卫星多态性位点的方法来检测，请问如何选择这些微卫星位点呢？有软件么？谢谢！beckhamdavid 续：能否选取位于这个基因上的SNP位点来确定LOH呢？就用一般SNP分型的方法可以么？如果可以，需要选取多少个SNP位点呢？不胜感激！beckhamdavid 高手们支招啊…………freecell See the reference:http:// ...

zxyshuiling 刚用16srDNA做完菌种鉴定后做了系统进化树，然后知道了这株菌的所属，怎样才能查找到它的全基因序列呢？我是要用这个菌做转基因表达蛋白的，请各位高手赐教！感激不尽！！freecell NCBI中核酸序列查找，输入菌属名称，就可以找到其基因组序列。zxyshuiling 好的，谢谢~本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号：shix ...

qazwsx2357 各位高手我在做IL-24基因克隆的时候构建了一个质粒，测序后发现在信号肽的碱基处有一个突变，对于这个很是迷惑。不知道是实验中出的问题还是PCR突变，有没有可能是实验对象本身的信号肽出现突变？出现这种情况是该继续往下做还是追究这个碱基？继续往下做这个改变会有问题吗？望各位高手给我指点一下，急求，急求！这个问题已经困扰我一段时间了，我还等这继续往下做，急求急求啊zhujoker 其实这种问题很简单，你 ...

sunshijie12345 各位大虾：我今天看文章遇到些问题想请教下：我在很多篇文章里看到 Human Muscle Phosphofructokinase Gene(PFKM)都说位于1号染色体上，但是我在NCBI里查询，该基因却在12号染色体上，请问我该怎么解决这一矛盾，应该相信文章还是该相信NCBI?freecell 写信给作者。From NCBI, we know that...However, .... in your paper.作者肯定要给你一个答复的。c ...

yu_ting 现在,急需知道MDA-231是P53野生型的还是突变型的?多谢iscience 我用“MDA-231 p53”在google里面检索了一下，初步得知该细胞株系P53突变型（The human breast cancer cell line MDA-MB-231, which has high levels of a mutant p53...）。请参考：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16785993zhujoker The cell line is an ...

海边海鸥 偶的题目大致是研究某一细菌产生ESBLs,其基因组中含有耐药基因，但是表型（药敏试验仍对该类抗生素敏感）阴性。可能存在某些机制使该耐药基因未表达。打算进行该两株的全基因组测序，想请教一下主要从哪几方面考虑未表达的可能性。谢谢大家:)海边海鸥 怎么没有建议呢？zhujoker 我来胡说2句吧，不知道细菌基因组有没有甲基化修饰，自己不做细菌，所以不能确定（但是偶刚才查一下的确好像有这个东西）。你的耐药基因存在不表达是不 ...

hj841023 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/224514928?report=genbank&log$=seqview&from=11637691&to=11820525刚开始着手实验前期工作，有很多不懂的，请教论坛里各位高手，如何看懂GenBank里的ATM基因DNA序列,以上是相关链接。谢谢各位指教了。:)freecell 请参考这个帖子：http://www.dxy.cn/bbs/pos ...

shashajiayou1124 如题，万分感谢zhao22840718 http://www.dxy.cn/bbs/thread/13828443libpku 直接登录NCBI，(http://www.ncbi.nlm.nih.gov),然后在查询的下拉菜单选择sequence,在对话框中输入“Caspase 8 promoter”即可本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄 ...

jixianxiu1982 各位大侠，有谁知道AKT1的基因序列呀，我找了好久没找到。doctormy 人类AKT1序列：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/33875493jixianxiu1982 谢谢doctormy大侠jixianxiu1982 我还想继续知道其中PH结构域的基因序列，该怎么找到？还有血清中AKT能检测出来吗？何求美人折？ 血清中的AKT可用 ELISA 试剂盒检测。houcun 何求美 ...

xiaoxiaoxiao110 怎么样从一段基因上寻找启动子呀及其-10区和-35区freecell try google: online promoter predictionso many results:http://molbiol-tools.ca/Promoters.htmxiaoxiaoxiao110 为什么我看的这个文献-10区是GCAGCG，而不包括TATAA这几个碱基呢ziyunfei punmed 找基因序列，cDNA序列，找出转录起 ...

shanshuiqing 据说金黄地鼠的基因组序列已出,可我搜索了很久均未搜到,想请问各位高人金黄地鼠的基因组序列是否真的已出,如果出来到哪里搜索.不好意思,我问的可能有点不清楚,我指的是金黄地鼠的全基因组序列,NCBI上未报道！shanshuiqing 自己顶一下!freecell http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/hkj710 你是做金黄地鼠什么方向的啊，我是做生物节律的，金黄地鼠的全基因 ...

我在这个版面看到很多贴子都是求助寻找基因序列的。觉得这是个普遍的问题。其实这个很简单，大家应该学会使用LocusLink。随着genome sequence的完成，大家研究的基因序列基本上都已经知道了。如何才能找到自己的基因序列哪? 去NCBI的LocusLink:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/1.这是个功能非常强大的搜索工具。所有NCBI有的基因基本都连到了LocusLink。 ...

总结了测序中经常遇到的问题及原因分析，希望对大家有帮助！Q:测序结果中为什么找不到引物序列?A:找不到用来测序的引物，这是正常的，因为测序的方法是荧光标记测序法，仪器通过检测 ddNTP 上的荧光来读取所测序列，而引物本身是不被标记的，所以仪器无法检测到；找不到所测片段的扩增引物，这种情况是因为您所采用的酶切位点离所用的测序引物距离太近，一般荧光燃料会干扰几十个碱基的读取，这部分碱基会损失掉，损失掉的序列很可能就包含引 ...

NA序列分析技术是现代生命科学研究的核心技术之一，而双脱氧核苷酸链终止法(Sanger法)是目前使用最普遍的DNA序列分析技术。在基于Sanger法的全自动DNA测序技术中，测序反应产生的DNA片段是荧光标记的，这些片段经过平板胶电泳或毛细管电泳得到分离，荧光分子被激发而发光，发出的光信号被检测系统检测。Sanger法的优势在于可以分析未知DNA的序列，且单向反应的读序能力较长，目前的技术可以达到1000b ...

MLPA是一种高分辨率检测基因组序列中变异重复拷贝数的新方法，能检测到新的缺失和扩增， MPLA可以检测单一外显子的拷贝数的改变，能检测50～70个核苷酸的片断，操作只需要一台基因扩增仪和序列电泳系统。在相同的操作协议下MPLA有不同的应用。MPLA可以对上达40不同的mRNA进行相对定量检测，以测定启动子甲基化状态，并可检出已知的突变和SNPs。因为探针具有非常短的识别序列MPLA可以用于局部降解的DNA，比 ...