DNA基础知识

Human zinc fingers as building blocks in the construction of artificial transcription factorsKwang-Hee Bae1 4 Young Do Kwon1 2 4 Hyun-Chul Shin1 Moon-Sun Hwang1 Eun-Hyun Ryu1 Kyung-Soon Park1 Hyo-Youn ...

人工设计转录因子来调控目标基因的表达已经不是梦想，基于锌指蛋白结构域的设计已经展开。锌指蛋白结构域能够结合于特定的三个碱基配对的DNA序列上。RNA干扰和反义核酸技术能够抑制基因的表达，而人工设计转录因子能够升高目标基因的表达，从而为疾病的新治疗方法开辟了新的思路。Nature Biotechnology上新发表的两篇文章为基于锌指蛋白结构域的转录因子设计提出了新的观点。 Kim ...

一、兼并引物（Degenerate Primer）PCR　　密码子具有兼并性，如表22-4，单以氨基酸顺序推测编码的DNA序列是不精确的，但可以设计成对兼并引物，扩增所有编码已知顺序的核酸序列。用兼并引物时寡核苷酸中核苷酸序列可以改变，但核苷酸的数量应相同。兼并度越低，产物特异性越强，设计引物时应尽量选择兼并性小的氨基酸，并避免引物3’末端兼并，针对兼并的混合引物已成功地用于未知靶DNA的扩增、克 ...

聚丙烯酰胺凝胶电泳是以聚丙烯酰胺凝胶作为支持介质的电泳方法。在这种支持介质上可根据被分离物质分子大小和分子电荷多少来分离。聚丙烯酰胺凝胶有以下优点：①聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺和N，N'甲叉双丙烯酰胺聚合而成的大分子。凝胶有 格子是带有酰胺侧链的碳-碳聚合物，没有或很少带有离子的侧基，因而电渗作用比较小，不易和样品相互作用。②由于聚丙烯酰胺凝胶是一种人工合成的物质，在聚合前可调节单体的浓度比，形成 ...

为了获得高质量的真核细胞mRNA， 必须使用RNA酶的抑制剂或采用下述的破碎细胞和灭活RNA酶同步进行的方法，最大限度地降低细胞破碎过程中所释放的RNA酶的活性。同时，避免偶然引入实验室内其他潜在的痕量RNA酶也很重要。下面列举避免RNA酶法染问题的一些注意事项。大多数有经验的研究者并不拘泥于这些注意事项，只是在遇到问题时可能采用其中的一种或几种方法加以解决。实验程序RNA酶的抑制剂破碎细胞和灭 ...

外源ＤＮＡ片段和线状质粒载体的连接，也就是在双链ＤＮＡ５'磷酸和相邻的3'羟基之间 形成的新的共价链。如质粒载体的两条链都带5'磷酸，可生成４个新的磷酸二酯链。但如果质粒ＤＮＡ已去磷酸化，则吸能形成２个新的磷酸二酯链。在这种情况下产生的两个杂交体分子带有２个单链切口，当杂本导入感受态细胞后可被修复。相邻的５'磷酸和３'羟基间磷酸二酯键的形成可在体外由两种不同的ＤＮＡ连接酶催化，这两种酶就是大肠杆菌 ...

经乙二醛和二甲基亚砜变性处理后进行的RNA电泳 　　这一方法原于McMaster和Carmichael(1977)。 含有乙二醛－DMSO的凝胶比含有甲醛的凝胶更难于进行电泳， 因为前者泳动速率较慢而且需将电泳液时行循环以避免电泳过程中形成过高的H＋梯度。尽管上述两种凝胶具有近乎相等的分辨率（Miller，1987），但用含朋乙二醛－DMSO的凝胶对RNA进行分级离，通常Northern杂交所显示 ...

电泳法，是指带电荷的供试品（蛋白质、核苷酸等）在惰性支持介质（如纸、醋酸纤维素、琼脂糖凝胶、聚丙烯酰胺凝胶等）中，于电场的作用下，向其对应的电极方向按各自的速度进行泳动，使组分分离成狭窄的区带，用适宜的检测方法记录其电泳区带图谱或计算其百分含量的方法。 电泳技术的基本原理和分类　　在电场中，推动带电质点运动的力（F）等于质点所带净电荷量（Q）与电场强度（E）的乘积。F＝QE质点的前移同样要受 ...

This method was successful in our lab using prostate tissue and for our specific objectives. Investigators must be aware that they will need to tailor the following protocol for their own research obj ...

1） 用酸性酚-硫氰酸胍-氯仿提取纯化组织和细胞中的RNA1. 选取从组织细胞或细胞中提取RNA的适宜方法组织a. 分离组织并立即置于液氮中。b. 将约100 mg冰冻组织含液氮的研钵中，用研棒研磨。研磨过程中可加入液氮使组织保持冰冻状态。c. 将组织碎末移入含3 ml溶液D的管中。D溶液（变性液）4 mol/L 硫氰酸胍25 mmol/L 柠 ...

1） Poligo(dT)-纤维素层析法提取poly(A)+RNA装柱与填柱1. 取oligo(dT)-纤维素0.5～1.0 g，用0.1 mol/L NaOH重悬。2. 用oligo(dT)-纤维素（0.5～1.0 ml柱体积）灌注DEPC处理过的一次性柱子（或塞以无菌玻璃毛的巴式滴管，300℃烘烤灭菌4 h）。用3倍柱体积DEPC处理过的水洗涤柱子。3. ...

Embryo lysates Take 25 embryos and place into 1.7ml centrifuge tube. Rinse once in lysis buffer (add ~ 1ml) and remove by aspiration Add 500 µL lysis buffer per embryo and homogenize with either P1000 ...

Tissue collection storage microdissection sectioning: See separate protocol. Tissue handling: Note that all fresh tissue should be handled as BioSafety Level 2 materials (wear gloves lab coat etc.). ...

RNA Extraction from Frozen Tissue Sections ...

A novel approach for evaluating the efficiency of siRNAs on protein levels in cultured cells.Wu W Hodges E Redelius J Hoog C.Nucleic Acids Res. 2004 Jan 22;32(2):E17. Center for Genomics and Bioinform ...

聚丙酰胺凝胶电泳中性聚丙烯酰胺凝胶电泳安装电泳装置和配制凝胶溶液1. 必要时可用KOH/甲醇清洗玻璃板和间隔片。2. 用温热的去污剂溶液洗涤玻璃板和间隔片，再充分漂洗，先用自来水，再用去离子水。应拿取玻璃的边缘部分或带手套操作，以免手上的油脂残留在玻璃板的工作面上。用乙醇冲洗玻璃板，并将其置于一边晾干。3. （可做可不做）其中一块玻璃板的一面用硅化液处理（如Sigma ...

脉冲场凝胶电泳1）高分子量DNA琼脂糖凝胶块制备和加工1．收集10ml全血，加入30ml细胞裂解液。置冰浴中至少20min直至红细胞完全溶解。2．2000r/min离心10min，移去红色上清液，再次用细胞裂解液洗涤细胞，然后用PBS重悬细胞。3．稀释单细胞悬液并取一小份用Neubauer腔计数细胞。4．用PBS重悬细胞，以达到40μl PBS中含1百万个细胞比例（1百万个二倍体哺乳动物大约含有基 ...

RNAi实验原理与方法 近年来的研究表明，将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞，可以使mRNA发生特异性的降解，导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(post-transcriptional gene silencing PTGS)被称为RNA干扰（RNAi）。一、RNAi的分子机制通过生化和遗传学研究表明，RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(ini ...

第一向（等电点聚焦，IEF）1）凝胶条的准备1．以帽凝胶端（2个校准环：4mm和10mm）朝下，将4根玻璃管插入两个凝胶灌注装置的每个托架中，这样玻璃管恰好站在两个分隔室之一的“充填船”上。从玻璃管顶端到玻璃管底端拉入PP线（小心，线不易移动），否则以后将不能用它们将胶溶液拉上来。2．溶解分离胶溶液和过硫酸铵溶液。必须监控凝胶溶液的温度，因为高温下（大于25℃）聚合作用太快。3．分离胶溶液除气4分 ...

琼脂糖凝胶电泳1. 用封边带封住塑料托盘开放的两边或清洁干燥的玻璃板的边缘形成一个模具，置一个水平支架上。2. 配制足量的电泳缓冲液（1×TAE或0.5×TBE）用以灌满电泳槽和配制凝胶。 配胶和灌满电泳槽使用同一批缓冲液。3. 根据欲分离DNA片段大小用电泳缓冲液配制适宜浓度琼脂糖溶液：应准确称量琼脂糖干粉加到盛有定好量的电泳缓冲液的三角烧瓶或玻璃瓶中。缓冲液体积应 ...