序列分析

今天教大家如何用 MEGA 构建进化树！一、序列比对常见算法:Muscle、ClustalW1、打开 MEGA 软件，这里以 7.0 版为例，依次按照箭头方向进行选择2、序列比对经以上步骤后弹出新的对话框：M7:Alignment Explorer若没有显示我们的目标 fasta 文件，请注意修改这里的文件后缀名称3、打开后的 species.fasta 文件注意：重点来啦！4、然后呢？然后就比对好了，查看一下首位是否比对齐，没有比齐的碱基就删除掉5、最后，将比 ...

肿瘤外泌体RNA通过激活肺泡上皮TLR3招募嗜中性粒细胞促进肺预转移微环境形成研究背景 1889年，Stephen Paget通过对大量肿瘤的解剖学研究发现，特定的肿瘤细胞总是倾向于转移到特定的组织器官。假说认为肿瘤细胞只能在适宜的组织器官环境中才能形成转移灶。尽管该发现意义重大，此种现象产生的原因却直到2015年才最终得到解答。Nature杂志在2015年在线刊登了M.D. Anderson癌症中心的Dihua Yu等 ...

Uhrf1（或者被称为 Np95）是一个 DNA 甲基化和组蛋白泛素化的调控因子，在胚胎发育（embryogenesis）以及肿瘤发生（tumorigenesis）过程中有着重要作用。近日，上海中科院生化细胞所刘小龙课题组联合上海科技大学以及中国科学与技术大学在国际权威期刊 Cell 子刊 Cell Reports 上发表题为 Uhrf1 Controls iNKT Cell Survival and Differentiation through the Akt-mTOR Axis ...

非编码 RNA 是近年来转录组学研究的热点，其中，long non-coding RNA（lncRNA），microRNA,circularRNA 是大家研究的非常多的非编码。其实，在 small non-coding RNAs 世界，除了我们熟知的 microRNA 之外，还包括 piwi-interacting RNAs（piRNAs），small nucleolar RNAs（snoRNAs） 和 transfer RNAs（tRNAs）。由于血液供应不足引起的缺血损伤会引起缺血组 ...

上海大学的研究人员通过对 Opaque2 的酵母双杂交（Yeast two-hybrid screening）技术对其互作蛋白进行筛选以及功能分析，从而对 Opaque2 调控下游基因的表达的理论模型做出了进一步的解释和完善。该研究成果已经被国际着名学术期刊杂志 PLOS Genetics 接收，即将在线发表。该研究是上海大学通信学院的博士研究生乔祯逸在宋任涛教授和生命学院青年教师祁巍巍博士的指导下完成的。该研究中 RNA-Seq 服务由上海伯豪生 ...

玉米（Zea mays）原产于墨西哥和中美洲地区，是一种由古印第安人（Indians）在数千年前利用野生墨西哥类蜀黍（Euchlaenamexicana）（现存在于墨西哥和尼加拉瓜）杂交而来的品种。但是，作为一类重要的粮食作物，天然玉米籽粒在其营养价值上却有着重要的缺陷。根据已有的文献报道，玉米籽粒中，含量最大的储藏性蛋白——醇溶蛋白中，赖氨酸和色氨酸这两种人类必需的氨基酸含量严重缺乏，导致玉米籽粒整体营养价值不佳。因此 ...

RNA 沉默是真核生物中调控基因表达的一种保守机制，它在植物生长发育和抗病毒中发挥着重要的作用。RNA 病毒进入寄主植物细胞后，其复制中间复合体和单链基因组 RNA 的高级结构形成的双链 RNA 可以被寄主植物 DCL 蛋白识别，加工产生 21-24-nt 的初级来源于病毒的 siRNA（vsiRNA）。初级 vsiRNA 装载到特异 AGO 蛋白中形成 RISC 复合体，根据碱基互补配对的原则识别其靶标并主要以切割的方式降解靶标。病毒基因组是 vsiRNA 最主要的靶标，被切割后的 ...

背景介绍RNA 沉默是真核生物中调控基因表达的一种保守机制，它在植物生长发育和抗病毒中发挥着重要的作用。RNA 病毒进入寄主植物细胞后，其复制中间复合体和单链基因组 RNA 的高级结构形成的双链 RNA 可以被寄主植物 DCL 蛋白识别，加工产生 21-24-nt 的初级来源于病毒的 siRNA（vsiRNA）。初级 vsiRNA 装载到特异 AGO 蛋白中形成 RISC 复合体，根据碱基互补配对的原则识别其靶标并主要以切割的方式降解靶标。病毒基因组是 vsiRNA 最主要的靶标，被 ...

在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。Oligo 5.0的初始界面是两个图：Tm图和ΔG图；Oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq图。“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于 能风靡全世界。oligo的下载和安装我就不多说了，打开oligo相信也无需多讲。打开oligo的页面如下：单击file ...

学霸精选：CRISPR 编辑技术突破者——张峰：CRISPR视频本视频来自互联网

App CG-003 肿瘤异质性与适应性进化肿瘤基因组学研究揭示肿瘤基因组自身可以发生适应性进化。我们可以根据肿瘤原发与转移组织的基因组重测序数据重构肿瘤基因组的进化距离用于判断突变进化过程是否影响到癌症的原发和转移事件的发生；如果癌症转移前后的基因组体细胞突变和结构变异具有差异性，推断究竟是哪些突变可能是原发肿瘤和转移肿瘤基因组发展起到关键作用的突变，即驱动突变基因（Drivermutation）。根据系统发生 ...

25羟基维生素D，你检测了吗？一、维生素D简介维生素D为类固醇衍生物，属脂溶性维生素。维生素D主要由人体皮肤经紫外线照射后合成，少部分从食物或补充品中摄入。现已知对人体较为重要的是维生素D2和维生素D3。研究表明，维生素D不仅仅影响钙磷代谢，而且具有广泛的生理作用，是维持人体健康、细胞生长和发育的必不可少的物质，与多种疾病密切相关。二、维生素D的生理功能：1.调节体内钙磷代谢，维持血磷和血钙浓度；2.促进生长和骨骼钙 ...

如何查找特定基因序列的心得与大家共享，下面以小鼠EDNRB基因为例子说明：1. 查找一个基因的启动子之前，最好是要对这个基因做一个初步的了解，了解方法为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/上面查找ednrb注意：在research下面选择 Gene 在for后面输入ednrb2. 这个是查找结果，由于很多哺乳类动物都有该基因，查找结果显示了很多五种的ednrb基因，我们选择其中的Mus m ...

DNAMAN 是美国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度集成化的分子生物学综合应用软件，可以用于多序列比对、PCR 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等，几乎囊括了所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。因此掌握它，是从事分子生物学工作的必备。本文系丁香园站友gxumxc整理，若有不当之处，敬请指出。图1图2图3图4图5图6图7图8图9图10图11原帖链接：http://www.dxy.cn/bbs/topic/1205 ...

一、实验原理 核型（karyotype）一词在20世纪20年代首先由苏联学者T. A. Levzky等人提出。核型分析的发展有三项技术起了很重要的促进作用，一是1952年美籍华人细胞学家徐道觉发现的低渗处理技术，使中期细胞的染色体分散良好，便于观察；二是秋水仙素的应用便于富集中期细胞分裂相；三是植物凝集素（PHA）刺激血淋巴细胞转化、分裂，使以血培养方法观察动物及人的染色体成为可能。 ...

正当许多实验室的朋友头痛于，如何从纷繁的试剂耗材管理工作中得到解脱时，使用Mr.F试剂耗材管家的朋友迎来了新版本。免费的试剂耗材管理软件Mr.F，离上个版本只有短短1个月发布了新版本V1.2版，升级速度可谓很有“激情“。但是快不代表就好，深夜拿到新版本迫不及待体验一番。按官方的说法，本次升级着重导入导出功能以及多处的用户体验优化，官方说得很朴素，用下来却发现亮点多多： & ...

The following information is an updated version of a method for using ImageJ to analyze western blots from a now-deprecated older page. Don’t use the alternate methods discussed on the old page ...

《每日科学》2010年8月21日报道 —— 由华盛顿大学的一名物理学家所率领的一个研究小组设计了一种方法，可在极小尺度上对DNA进行测序，并且测序速度更快、相对更加便宜。他们的实验表明，这一方法具有对卫生保健产生广泛影响的潜力。

Evolution argues that we share a common ancestor with chimpanzees and gorillas. And indeed, one of our chromosomes is the result of a fusion of two primate chromosomes. Our chromosome #2 was formed by the fusion of two primate chromosomes, and scientists can prove this.

比较是科学研究中最常见的方法，通过将研究对象相互比较来寻找对象可能具备的特性。在生物信息学研究中，比对是最常用和最经典的研究手段。 最常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对，通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找二者可能的分子进化关系。进一步的比对是将多个蛋白质或核酸同时进行比较，寻找这些有进化关系的序列之间共同的保守区域、位点和profile，从而探索导致它们产生共同功能的 ...