数据库

周六的时候我们介绍了UALCAN这个网站（TCGA数据库挖掘分析，这个网站好用到爆！），群里面有小伙伴问是否有网站可以查miRNA和患者预后的关系，其实我们前面介绍过两个：KM plotter（生存分析，这个网站还不错！）和Oncolnc（懒人怎么做肿瘤病人的生存分析？），不过两个网站的功能不够强大（KM plotter只能分析乳腺癌miRNA的数据，收录的结果是TCGA和部分GEO的数据，Oncolnc则不仅有miRNA ...

基因定点突变：为了研究某一基因的功能，我们通常不仅需要研究其野生型基因的功能，也需要进一步去挖掘它发挥作用时是哪一个结构域，甚至是哪一个氨基酸发挥了作用。而这里面就涉及到了如何设计定点突变引物的问题，今天为大家介绍一个在线网址--quickchange primer design，可以非常方便快捷为我们设计出合适的引物。你可以直接百度搜索quickchange或者输入https://www.agilent.com/sto ...

基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis, GSEA），根据名称我们就可以知道这是一种对基因进行富集的工具和方法。其基本思想是使用预设定的基因集（通常是基因组注释信息或者来自前人、牛人的实验结果），即将基因富集，把功能相似或者相同的基因进行组合，并最终以基因集的形式进行封装；然后将 case 和 control 组中差异表达的基因进行排序，之后检验两组中差异表达的基因是否在预先设定的基因集合的顶端或者尾端富集。 ...

二、出国留学博士生的学习体会要在高起点上开展学术研究，阅读英文原文是不可或缺的环节。英文文献阅读的重要性不需赘述，国内多数理工科院校的研究已经实现了和国际的接轨，管理和经济学科相对滞后，但是部分团队已经走在前列。中 文文献看多了之后就会发现很多内容似曾相识，英文文献在内容的广度和深度方面更胜一筹。阅读英文文献的目的不是为了论文增加几个参考文献而看上去好看，当 然国内有些人是这么做的，更有甚者为了增加英文参考文献而引 ...

（三）如何进行文献阅读其实做科研，不 看文献要做好科研，可以说一点可能都没有。只有广看论文，深入学习，才能厚积薄发，写出响当当的文章出来。读文献一定不要心浮气躁，或者就是想着混个毕 业。相反我们要沉下心来，大量阅读文献，在读的过程中有的文献看懂了，但是看不懂的文献也可能会居多。看懂的认真学习借鉴，看不懂的 深入探索，实在不行就暂时放下，过一段时间，随着知识和能力的提高慢慢也就弄明白了一些。即使还是看不懂，但是心里知道有那么回事， ...

（二）如何快速而准确地获得最新的科研信息如何快速准确地从浩如烟海的信息海洋中获取所需的信息，并学会分析、利用信息资源已经成为人们立足于信息社会的一个重要技能.提高自己在当今复杂的信息世界中准确、快速地获取信息的能力, 对我们科研人员是至关重要的. 我们要时时刻刻了解最新的科研成果,最主要的途径还是要了解最新的科研文献, 但是对于我们常用的数据库, 我们又不可能每天都去访问一次数据库来查看是否有最新的文献出来, 而对于许多国外的 ...

现如今新药、生物技术、仿制药公司都面临着前所未有的挑战，提高产品质量、生产率、投资回报率和法规依从性。这些挑战随着未来医药产品专利过期，在新兴市场企业面临更大的压力的情况下将持续增长。为此，企业组织机构重新评估从研发到商品生产整个产品生命周期，从信息技术（IT）系统着眼，以应对不断变化的新供应链商业生态环境。也就是说，寻求行业内 IT 系统发展提供的综合解决方案以提高生产率，大大降低成本，提高基础设施动力。那么，这种挑战主 ...

搞生物、基础医学同学如果对生命科学领域所有软件都了如指掌，那做事情必然会事半功倍。如果你对着些不了，那就听师兄给你一一道来。下面的内容比较多，平常可以作为目录收藏起来，权当做工具辞典来用。1. 三维分子类RASMOL：观看生物分子 3D 微观立体结构RasTop：为 RasMol 2.7.1 的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看 3D 分子MolMol：将 pdb 等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：ras ...

老帖子，请指教。 个人浅见,且作引玉之砖。 “公欲善其事，必先利其器”，得到外文期刊全文后，选择一个称心的词典工具不可或缺。目前流行的的几个医学翻译词典，包括网际金典－全医药学大词典（robword,最新版本为v3.2 professional）、金山词霸2002、朗道电脑字典&翻译系统Ver 5.0，还有一些人用东方快车。个人用过前面3个词典，谈点个人看法，仅作参考，欢迎讨论。 robword3.2 pro 优点： 1、即指即译适应范围广，对一般的txt、doc、htm、rtf和医学全文常用的pdf格式均能很好支持。 2、即指即译翻译结果较为专业，大多数医学专业词汇，均可通过即指即译的方式显示在翻译窗口。 3、医学专业词汇较多较新。号称词汇量达100万（医学加公共，单词加词组）。 4、用户自定义词库方法简单，可自己用excel建立csv格式导入用户词库。可随意设定词库优先等级。 缺点： 1、对系统要求较高，因即指即译词库较大，占用cpu资源也较大，在配置较低的机器上，出现翻译延迟的现象尤其明显。但在配置较高的机器上表现不明显。

今天在应助以为战友的问题时觉得有必要把自己在人类基因缺陷疾病基因诊断过程中积累的经验跟大家分享和交流。撰写此贴，以便大家互相学习、讨论。就以白仁战友应助的CCR9基因为例。（一）如何寻找基因信息首先，打开NCBI网页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/，选择"gene"，输入您要的基因名称（可简写），如CCR9，搜索；然后，选择种属，如homo sapiens，点击进入，http://www.ncbi ...

国家最高科技奖得主、著名化学家徐光宪院士多年探索科研如何创新，并通过讲座等形式传递给学生后辈徐光宪●知识创新都有前因后果，来龙去脉。故而勤奋学习，建立知识框架，积累深厚基础；加上追根到底，万事逼问为什么的好奇心，就是创新的源泉。前者是学，后者是问。学而不问则殆，问而不学则茫。学而问，问而思，思而行，行而果，这就是创新。●如果你梦想要做一个科学家，那么勤奋学习就是实现你的梦想之“舟”。但舟有快如宇航飞机，慢如蜗牛。所以勤奋必 ...

一、5R笔记法5R笔记法，又叫做康乃笔记法，是用产生这种笔记法的大学校名命名的。这一方法几乎适用于一切讲授或阅读课，特别是对于听课笔记，5R笔记法应是最佳首选。这种方法是记与学，思考与运用相结合的有效方法。具体包括以下几个步骤：1.记录（Record）。在听讲或阅读过程中，在主栏（将笔记本的一页分为左大右小两部分，左侧为主栏，右侧为副栏）内尽量多记有意义的论据、概念等讲课内容。2.简化（Reduce）。下课以后，尽可能及早 ...

文献检索是科研的基本功，阅读文献是科研人员获取科研信息的重要途径。评价文献检索质量的两个最重要的指标是查全率和查准率。查全率指的是检出的相关文献 量与系统文献库中相关文献总量的比率，它反映该系统文献库中实有的相关文献量在多大程度上被检索出来。查全率 = 检出相关文献量 / 文献库内相关文献总量× 100% 。查准率指的是是指检出的相关文献量与检出文献总量的比率，是衡量信息检索系统检出文献准确度的尺度。查全率 = 检出的相关文献篇数/检出的全部 ...

Meta分析的选题是一个很重要的问题。选题不当，容易导致研究缺乏价值、研究困难或无法完成。其注意事项如下：1. 重要性只有具有比较重要的临床意义的问题才适合作meta分析。Meta分析并不是一件很简单的事情，写一篇高质量的至少也要两个月以上的时间。如果分析的问题无关紧要，则得不偿失，也难以发表。2. 争议性一般而言，具有争议性的问题最适合做meta分析。通过汇总多个研究结果，得到总的更可靠的结论。怎样才知道哪些具有争议性呢 ...

公式复制，是每个excel用户天天都要进行的操作。也许你会认为公式复制还不简单吗，复制粘贴，或拖动复制。可兰色想说，遇到下面的公式复制，你还在用你那老笨的方法吗？1、成千上万行的公式复制。把光标放在右下角，当变成黑十字时，左键双击。2、跨空行复制公式如果旁边列有空行，双击复制就无法复制到最下面，这时可以选取最下一个单元格，按ctrl+shift+向上箭头，可以选取上面包括公式的区域。最后按ctrl+d即可完成公式的整列 ...

EndNote 通过将不同来源的文献信息资料下载到本地，建立本地数据，可以方便地实现对文献信息的管理和使用。是一种很好的文献管理工具。在和revman5.0软件 的文献互动方面，和战友们交流一下我的经验。即通过截图来说明，如何很好的将endnote库中的文献轻松的导入revman5.0软件中，不在为参考文 献输入发愁，做到方便快捷、省时省力。希望对从事于循证的战友们有所帮助。1. 首先将endnote中已建立的文献数据库（关于此 ...

最近有同学问师兄，“最近我要做生存分析，可是我不太会，也不太懂，师兄能不能教教我”，好吧，今天开一贴，讲讲这个。有同样的问题的同学可以一起来看看，毕竟在临床、科研上，这方面知识还是很受用的。有什么想跟师兄讨论的，可以加师兄微信号：shixiongcoming，加我时，注意注明申请理由，如果申请理由是你的名字话，那你就会被师兄忽略掉。就这样吧。让我们开始征程。一、生存分析基本概念1、事件（Event）指研究中规定的生存研究的 ...

一、概述非参数检验对于总体分布没有要求，因而使用范围更广泛。对于两配对样本的非参数检验，首选Wilcoxon符号秩检验。它与配对样本t检验相对应。二、问题为了研究某放松方法（如听音乐）对于入睡时间的影响，选择了10名志愿者，分别记录未进行放松时的入睡时间及放松后的入睡时间（单位为分钟），数据如下笔。请问该放松方法对入睡时间有无影响。本例可以采用配对样本t检验，但由于样本量少，数据可能不符合正太分布，所以考虑用非参数 ...

1,T检验和F检验的由来一般而言，为了确定从样本(sample)统计结果推论至总体时所犯错的概率，我们会利用统计学家所开发的一些统计方法，进行统计检定。通 过把所得到的统计检定值，与统计学家建立了一些随机变量的概率分布(probability distribution)进行比较，我们可以知道在多少%的机会下会得到目前的结果。倘若经比较后发现，出现这结果的机率很少，亦即是说，是在机会很 少、很罕有的情况下才出现；那我们便可以有信 ...

想做一篇治疗方面的meta分析，都说做系统评价最重要的就是查全、查准文献，在做之前，首先面临的就是查文献这一关。鉴于此，首先师兄将从循证医学基于临床方法学(methodology-based retrieval)的文献检索特点说起。一、传统的基于内容的文献检索方法(content-based retrieval)　　医学信息最常用的是MEDLINE和 EMBASE两大数据库，人们在使用这两个数据库时，通常是根据主题，也就是以内容为 ...