基因芯片

对药物进行毒性评价，是药物筛选过程中十分重要的一个环节。现在毒理学家多采用鼠为模型通过动物实验来确定药物的潜在毒性。这些方法需要使用大剂量的药物，花上几年时间，花费巨大。 DNA芯片技术可将药物毒性与基因表达特征联系起来，通过基因表达分析便可确定药物毒性，使得药物毒性或不期望出现的效应在临床实验前得以确认。用DNA芯片可以在一个实验中同时对成千上万个基因的表达情况进行分析，为研究化学或药物分子对生 ...

在过去的十几年里，随着科学的进步以及在巨大的经济利益驱使下，药物筛选技术得到了飞速的发展。在80年代中期（高通量筛选形成之初），每天只能筛选30种化合物，到90年代中期，每天可筛选1，500种化合物，而如今每天可筛选超过 100，000个化合物。高速、低成本的高通量筛选已成为当今药物筛选的主流，并逐渐向超高通量方向发展。在过去的几年中，世界上著名的制药公司纷纷与以高通量药物筛选技术为核心的中小型生 ...

药物基因组学是在基因组学的基础上研究不个体对药物反应的差异以便针对不同的基因型“量身定做”药物，从而将药物的药效充分发挥而不良反应减少到最小。其优点为：①在进入临床试验前，药物基因组学可以通过化合物对基因多态性的影响挑选先导物，从而降低由于药效的不稳定导致的失败几率。②在Ⅰ期临床试验中，个体基因型可以预见基因多态性造成的药物代谢动力学差异。③由于药物作用靶蛋白的差异反映在基 ...

1 DNA方阵的构建 选择硅片、玻璃片、瓷片或聚丙烯膜、尼龙膜等支持物，并作相应处理，然后采用光导化学合成和照相平板印刷技术可在硅片等表面合成寡核苷酸探针，或者通过液相化学合成寡核苷酸链探针，或PCR技术扩增基因序列，再纯化、定量分析，由阵列复制器（arraying and replicating device ARD），或阵列机（arrayer）及电脑控制的机器人，准确、快速地将不同探针样品定 ...

用于病毒免疫标志物的平行检测与血清学分型 目前已发现数十种病毒可引起肝炎性损害，检测其相应的免疫标志物在人体中的存在及含量，对病因诊断与治疗意义重大。最新发展的蛋白质芯片技术原理类似于常规的酶联免疫反应原理，即将特异性抗原或抗体固定于载体，待测样本按比例稀释后与其上的抗原或抗体进行反应，在加上荧光标记的抗原或抗体，用计算机软件对荧光信号进行分析，即可获得准确的定性或定量结果。一张芯片上可分布上千甚 ...

所有的生物芯片技术都包含四个基本要点：芯片的制作、杂交或反应、测定或扫描、数据处理。生物芯片的技术核心是芯片的制备及反应信号的检测。1、芯片制备技术 目前制备芯片的方法基本上可分为两大类：一类是原位合成(in situ Synthesis)；一类是合成后交联(post-synthesis attachment)。原位合成是目前制造高密度寡核苷酸芯片最为成功的方法。在制备基因芯片时要考 ...

生物芯片目前是生物学中的一项关键技术。为了开发生物芯片，科学家和工程师借鉴了计算机产业中的小型化技术、集成化技术、并行处理技术，用来开发适用于进行晶片加工的实验室设备和流程。一般来讲，这些微型芯片上的阵列是由有规则排列的cDNA、寡核苷酸、或蛋白质等样本（sample）所组成的。宏阵列排列（macroarraying）也被称作制作栅格（gridding），就是把大型尼龙过滤器上的cDNA、寡核苷酸 ...

通常的生物化学反应过程包括三步，即样品的制备，生化反应、结果的检测和分析。可将这三步不同步骤集成为不同用途的生物芯片，所以据此可将生物芯片分为不同的类型。例如用于样品制备的生物芯片，生化反应生物芯片及各种检测用生物芯片等。现在，已经有不少的研究人员试图将整个生化检测分析过程缩微到芯片上，形成所谓的"芯片实验室"(Lab-on-chip)。"芯片实验室"通过微 ...

DNA芯片技术是利用核酸杂交原理检测未知分子。它是由核酸片段如一系列用特定荧光标记的寡核苷酸探针，以预先设计排列方式固定在载玻片或尼龙膜上组成生物集成膜片，与不同标记的游离靶分子（DNA 或RNA）杂交，或生物集成膜片上的不同靶分子与游离的探针杂交，然后应用荧光信号检测器及处理器根据杂交分子或未杂交分子所发出的不同波长的光检测杂交信号。如完全杂交则发出强的荧光信号或特殊波长信号，不完全杂交信号较弱 ...

一般基因芯片按其材质和功能，基本可分为以下几类 (一)元件型微阵列芯片 1、生物电子芯片　　2、凝胶元件微阵列芯片　　3、药物控释芯片 (二) 通道型微阵列芯片 1、毛细管电泳芯片　　2、 PCR扩增芯片　　3、集成DNA分析芯片　　4、毛细管电层析芯片 (三)生物传感芯片 1、光学纤维阵列芯片　　2、白光干涉谱传感芯片　　3、小鼠基因表达谱芯片(MGEC) ...

待分析基因在与芯片结合探针杂交之前必需进行分离、扩增及标记。根据样品来源、基因含量及检测方法和分析目的不同，采用的基因分离、扩增及标记方法各异。当然，常规的基因分离、扩增及标记技术完全可以采用，但操作繁琐且费时。高度集成的微型样品处理系统如细胞分离芯片及基因扩增芯片等是实现上述目的的有效手段和发展方向。为了获得基因的杂交信号必须对目的基因进行标记，目前采用的最普遍的荧光标记方法与传统方法如体外转录 ...

杂交信号的检测是DNA芯片技术中的重要组成部分。以往的研究中已形成许多种探测分子杂交的方法，如荧光显微镜、隐逝波传感器、光散射表面共振、电化传感器、化学发光、荧光各向异性等等，但并非每种方法都适用于DNA芯片。由于DNA芯片本身的结构及性质，需要确定杂交信号在芯片上的位置，尤其是大规模DNA芯片由于其面积小，密度大，点样量很少，所以杂交信号较弱，需要使用光电倍增管或冷却的电荷偶连照相机(charg ...

正向杂交基因芯片是将待扩增的PCR产物点在芯片上，然后用多条探针（设计多个亚型）进行杂交。反向杂交基因芯片正好反过来，是将设计好的探针先点在芯片上，然后用扩增好的PCR产物来进行杂交。 前者最大的优势是通量大，适合检测大批量的样本。 而后者是适合分型较细的检测。 ...

基因芯片目前最主要的有三种：表达谱芯片，SNP检测芯片和致病菌检测芯片。 表达谱芯片主要用于研究病变（或处理过的）组织与正常组织之间的基因差异表达。得到相关的差异表达基因，从而对差异表达基因进行进一步的研究。主要应用与疾病研究，药物筛选等。这类基因芯片将一个物种（主要有人，小鼠，大鼠，小麦等）的几千甚至上万个cDNA(或一段与cDNA互补的oligo片段）点在芯片上。这些基因的选择一般都是相对随机 ...

1 PCR产物的污染。包括模板的污染和引物的污染。建议将实验室清洁分区。加荧光引物时要小心操作。 2 探针的设计。 确保探针的特异性。 3 探针之间的污染。 包括点样过程中探针的污染和装探针的板子各个孔之间探针的交叉污染。 4 杂交过程中的操作。 主意各个杂交block的杂交液和产物不要加错了。如果基片附了膜的话，膜要贴紧，不然，相临block的产物会相互渗透，导致假阳性情况发生。膜要足够厚，杂交 ...

1.单通道还是双通道。一般cDNA芯片多双通道，高密度芯片多单通道。双通道注意Cy3和Cy5换标（swap），另外要考虑试验的生物重复replicates（取消个体差异）和技术重复（取消仪器差异）。 2.样品的选择。一般使用单纯的样品，而不是将样品混合，这样将减少信息量。最后最好做一个将所有样品混合起来的样品（pooled sample），作为一个对照。 3.样品处理。一般mRNA的收率为1：10 ...

1. MANATEE is a web-based gene evaluation and genome annotation tool. Manatee can store and view annotation for prokaryotic and eukaryotic genomes. The Manatee interface allows biologists to quickly i ...

细胞标本采集操作建议规程 1. 所有样品均应有样品标签（注明样品编号），同时有一张样品登记表，写明样品名称、种类、编号、取样日期、样品处理情况等。2. 一张芯片实验一般要求细胞数在1E+08，建议设计实验和收获细胞时可考虑多收集一些。 3. 贴壁与悬浮细胞培养诱导结束后，去除培养液，保留的细胞用PBS缓冲液洗一下，除去缓冲液，加溶液undefined充分溶解细胞，放入液氮运输。样品量以实际得到的 ...

1. 基因芯片的杂交技术 基因芯片杂交要根据探针的类型、长度以及研究目的来选择优化杂交条件。当用于基因表达检测时，杂交需要高盐浓度、高样品浓度、低温和长时间(往往要求过夜)，但严谨性要求则比较低，这有利于增加检测的特异性和低拷贝基因检测的灵敏度。目前对于基因芯片的杂交影响因素研究报道不多，主要有以下几方面：１）不同杂交时间的影响：如 Sarto等研究了不同水平的探针浓度和杂交时间对基 ...

目前在中国市场上的基因芯片主要有三种。cDNA芯片，Oligo芯片，和原位合成芯片。 cDNA芯片的原理是，通过克隆的方法把获得目标序列并将其作为探针，通过芯片点样仪喷到特定的基质上。由于探针要来源于获得的cDNA克隆，因此全部实验下来周期很长，工作量很大，费用很高。更由于探针的长短大小不一，杂交条件也不同，因此由于实验体系本身导致信号强弱的变化甚至已经超过了待检测的样品，可靠性和重复性很差，目前 ...