染色质免疫沉淀分析（CHiP）

基因枪法一直被认为是最直接、应用范围最广的外源基因导入技术。但由于传统基因枪技术需要靠高压气体驱动，这就带来一个问题：被轰击的中心区域由于气体冲击力过大，会导致被轰击区域大量靶细胞死亡，大量的投递被浪费掉，严重制约了基因枪法投递的转化效率。实践中，利用传统高压手持基因枪尝试将potato virus A (PVA; Puurand et al. 1996)病毒转染到烟草中时，发现氦气压力调节至 150 或 200 psi，距离样本 0 cm 时，可以 100% 转染成功，但是 ...

本文摘自丁香园论坛：http://www.dxy.cn/bbs/thread/21866348#21866348问题：最近要做CHIP，有一点疑惑：如果超声过程正好把目的基因断开，PCR时应该就检测不到目的基因了啊！有这样的情况吗？解答：1. 超声要摸条件，使DNA 片段大都控制在300-500bp（其实200-800bp也可以的），太小了基本都打断了，没法PCR。2. 设计PCR引物时，产物的长度不要太长100多就可以，产物太长不容易 ...

问题：各位大虾，大家有没有做这个的啊？我是个新手，想向各位请教一下超声波破碎的条件摸索，从哪几个方面入手，因为它要求片断要破碎到200-1000bp，我怎么破都在200-1500左右，请不吝赐教！回答：1、固定超声的功率，调个中等的，然后摸时间，这个比较简单可以从1min开始摸起，然后步长1min，步长指的是：比如从1分钟开始，步长为0.5分钟，那么就会有如下的组，1 1.5 2 2.5 3....分钟

小弟是新手，刚开始做实验，向诸位请教一个问题。我要做一个蛋白的 IP,520个AA，58/55kDa，查文献都是用标签FLAG的抗体做的，但现在没有这个标签的真核表达载体，想直接转染后用目的蛋白的抗体做，不知 道可不可以？还有就是，什么时候用标签，什么时候可以不用？标签的选择有没有要求？请大家不吝指教，*！ps：小弟新虫，金币不多，大家见谅啊！问题：看的文献上都是用含标签的目的蛋白基因的载体转染细胞，然后做IP，我想，是不是目的 ...

ChIP是一种强大的确定蛋白或者组蛋白修饰在基因组上定位的实验方法。染色质被分离出来后采用抗体与抗原的结合来判定目的蛋白是否结合在特定的DNA序列上或者判定目的蛋白结合位点在全基因组范围的分布（微阵列或DNA序列）。这种方法具有空间性与时效性。该实验设计为如何在细胞中进行ChIP实验提供了详细的步骤。1. 交联和细胞收获甲醛可以将蛋白质交联到DNA上。交联结果的好坏决定于交联时间的把握。我们建议样品交联的时间 ...

最近有不少战友在做ChIP实验，希望我的一点经验对大家有帮助（本贴不谈实验步骤，最后我会附件一份说明书，有详细步骤，另外建议像我一样的新手用试剂盒，避免不必要的麻烦）一、原理转录从基因的启动子区开始，由一系列的转录因子结合到基因的启动子区，通用转录因子结合在基本启动子区起始转录，而这个过程对基因的转录是必需的，但不是充分的，通常需要一些特异的转录因子结合在上游调节序列，使基因特异表达并维持的合适水平，ChIP主 ...

一、原理 G显带机制有许多学说，但尚无定论。目前比较倾向于多因素决定论，即带型的形成主要取决于DNA、核酸结合蛋白及染料三者的相互作用，主要是指DNA的碱基组成以其与结合蛋白形成的特定结构对染料分子的作用。Summer（1974）的实验表明，DNA分子的螺旋及折叠非组蛋白蛋白质的分布在染色体上呈区域性差异，这些差异导致二硫键与硫氢键分布不同，深染区由许多二硫键交联，因为它易与染料结合；而浅染区则 ...

一、原理 染色体标本经强碱（NaOH或Ba(OH)2）热处理后，在着丝粒周围区域和异染色质区经Giemsa染成深色，而染色体两臂的常染色质部分仅有浅淡轮廓。这是一种染色体上不显示带纹的特殊显带法，主要显示着丝粒区和异染色质区的变化。 这种技术称为着丝粒区异染色质法，故简称C带。常用的为CBG法（C-band by Barium hydroxide using Giemsa），即用Ba(OH)2 ...

一、原理 R显带的机理目前并不完全了解，在高温（80~90℃）的处理下诱发了染色体蛋白质的变化。Comings（1978）认为在高温下G带的中AT丰富区变性而显出特别亲染，但在R带中正恰相反，AT丰富区却并不显出亲染作用，故而显出浅染带区，电镜的观察进一步表明了这些带和间带区域的差异主要在于电子密度的不同，R带所显示之深浅带纹区域正同G带之带纹区域相反，即G带深染区R带为浅染区，反之亦然。 由 ...

一、原理 Q显带技术早在1970年为Caspersson及其同事们首先用荧光染料染制染色体标本，在荧光显微镜下这些染色体呈现暗亮不同的条纹，为此有些学者（Coming等，1975，1978；Miller等，1973）认为主要是由于染色体中DNA内的AT丰富区对喹吖因荧光有增强作用，故显出亮带；反之，其DNA内CG丰富区对喹吖因荧光有减弱作用，故而出现暗带。 此外亦有一些学者（Pachman和R ...

一、原理 一般常作的G带技术在人类染色体的单倍体中仅能观察到320条带纹，这对于一些染色体细微结构异常的识别是不够的。近年来，用氨甲蝶呤等药物使细胞同步化，另加某些药物如胸腺嘧啶核苷、BrdU等阻止染色体收缩，并用有丝分裂抑制剂秋水仙素或秋水酰胺低浓度短时间处理，结果就能得大量晚前期、前中期和早中期的有丝分裂图象。这样在人类染色体的单倍体带纹数可增加到400条、550条和850条，甚至可达120 ...

真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。因此，研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay CHIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉 ...

免疫沉淀（Immunoprecipitation, IP）基本实验步骤：（1）收获细胞，加入适量细胞IP裂解缓冲液（含蛋白酶抑制剂），冰上或者4℃裂解30min, 12,000g离心30 min后取上清；（2） 取少量裂解液以备Western blot分析，剩余裂解液将1μg相应的抗体和10-50 μl protein A/G-beads加入到细胞裂解液，4°C缓慢摇晃孵育过夜；（3）免疫沉淀反应后，在4°C 以3,000 g速度离心5 min,将protein A/G-beads离心至管底；将上清小心吸去，protein A/G-beads用1ml裂解缓冲液洗3-4次；最后加入15μl的2×SDS 加样缓冲液，沸水煮10分钟；（4）SDS-PAGE, Western blotting或进行质谱分析。

对于Western Blotting实验而言，样品处理是关键步骤之一，获得的蛋白样品必须均质、可溶，并解离成单个多肽亚基，且尽量减少相互间的聚集，使其最终仅依赖本身的分子量大小进行分离。当目标蛋白的含量很低时，需要选取目标蛋白含量较高的组织或细胞器（如核抽提物），或者通过免疫沉淀等方式进行富集。通常样品有重组蛋白、细胞和组织等。

This protocol is based upon protocols from Mark Biggin Dave Allis and Richard Treisman plus a fair amount of trial and error. We have successfully used this protocol with livers spleens colons and who ...

Chromatin IP Method Day 1 1. Start 5 ml o/n cultures of strains to be tested Day 2 1. Inoculate 50 ml of the desired media with a volume of a saturated o/n culture and grow o/n with shaking at 200 ...

Many methods have been developed to identify genomic targets of DNA-binding factors. Here we outline and discuss our adaptation of the chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay to a high-throughput m ...

染色质免疫沉淀后，多种PCR方法可分析共沉淀下来的DNA。定时定量PCR、二重PCR、hot-stop和SSCP是4种有效方法。

染色质免疫沉淀法（Chromatin immunoprecitation，ChIP）是研究体内DNA与蛋白质相互作用的重要工具。它可以灵敏地检测目标蛋白与特异DNA片段的结合情况，还可以用来研究组蛋白与基因表达的关系。核小体组蛋白可以发生多种翻译后的共价修饰，如乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化等，这些共价修饰与真核基因的表达密切相关。根据“组蛋白密码”假说，组蛋白的各种共价修 ...

INTRODUCTION Phosphoproteins and peptides can be bound with high specificity to immobilized metal ions such as Fe3+ Ni2+ and Ga3+. This technique can be used with either on-line or off-line MS analysi ...