生物信息学技术

分子生物信息数据库是种类繁多。归纳起来，大体可以分为4个大类，即基因组数据库、核酸和蛋白质一级结构序列数据库、生物大分子(主要是蛋白质)三维空间结构数据库、以上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。基因组数据库来自基因组作图，序列数据库来自序列测定，结构数据库来自X-衍射和核磁共振结构测定。这些数据库是分子生物信息学的基本数据资源，通常称为基本数据库，初始数据库，也称一次数据库。根据生命科 ...

正向杂交基因芯片是将待扩增的PCR产物点在芯片上，然后用多条探针（设计多个亚型）进行杂交。反向杂交基因芯片正好反过来，是将设计好的探针先点在芯片上，然后用扩增好的PCR产物来进行杂交。 前者最大的优势是通量大，适合检测大批量的样本。 而后者是适合分型较细的检测。 ...

基因芯片目前最主要的有三种：表达谱芯片，SNP检测芯片和致病菌检测芯片。 表达谱芯片主要用于研究病变（或处理过的）组织与正常组织之间的基因差异表达。得到相关的差异表达基因，从而对差异表达基因进行进一步的研究。主要应用与疾病研究，药物筛选等。这类基因芯片将一个物种（主要有人，小鼠，大鼠，小麦等）的几千甚至上万个cDNA(或一段与cDNA互补的oligo片段）点在芯片上。这些基因的选择一般都是相对随机 ...

1 PCR产物的污染。包括模板的污染和引物的污染。建议将实验室清洁分区。加荧光引物时要小心操作。 2 探针的设计。 确保探针的特异性。 3 探针之间的污染。 包括点样过程中探针的污染和装探针的板子各个孔之间探针的交叉污染。 4 杂交过程中的操作。 主意各个杂交block的杂交液和产物不要加错了。如果基片附了膜的话，膜要贴紧，不然，相临block的产物会相互渗透，导致假阳性情况发生。膜要足够厚，杂交 ...

1.单通道还是双通道。一般cDNA芯片多双通道，高密度芯片多单通道。双通道注意Cy3和Cy5换标（swap），另外要考虑试验的生物重复replicates（取消个体差异）和技术重复（取消仪器差异）。 2.样品的选择。一般使用单纯的样品，而不是将样品混合，这样将减少信息量。最后最好做一个将所有样品混合起来的样品（pooled sample），作为一个对照。 3.样品处理。一般mRNA的收率为1：10 ...

1. MANATEE is a web-based gene evaluation and genome annotation tool. Manatee can store and view annotation for prokaryotic and eukaryotic genomes. The Manatee interface allows biologists to quickly i ...

细胞标本采集操作建议规程 1. 所有样品均应有样品标签（注明样品编号），同时有一张样品登记表，写明样品名称、种类、编号、取样日期、样品处理情况等。2. 一张芯片实验一般要求细胞数在1E+08，建议设计实验和收获细胞时可考虑多收集一些。 3. 贴壁与悬浮细胞培养诱导结束后，去除培养液，保留的细胞用PBS缓冲液洗一下，除去缓冲液，加溶液undefined充分溶解细胞，放入液氮运输。样品量以实际得到的 ...

1. 基因芯片的杂交技术 基因芯片杂交要根据探针的类型、长度以及研究目的来选择优化杂交条件。当用于基因表达检测时，杂交需要高盐浓度、高样品浓度、低温和长时间(往往要求过夜)，但严谨性要求则比较低，这有利于增加检测的特异性和低拷贝基因检测的灵敏度。目前对于基因芯片的杂交影响因素研究报道不多，主要有以下几方面：１）不同杂交时间的影响：如 Sarto等研究了不同水平的探针浓度和杂交时间对基 ...

目前在中国市场上的基因芯片主要有三种。cDNA芯片，Oligo芯片，和原位合成芯片。 cDNA芯片的原理是，通过克隆的方法把获得目标序列并将其作为探针，通过芯片点样仪喷到特定的基质上。由于探针要来源于获得的cDNA克隆，因此全部实验下来周期很长，工作量很大，费用很高。更由于探针的长短大小不一，杂交条件也不同，因此由于实验体系本身导致信号强弱的变化甚至已经超过了待检测的样品，可靠性和重复性很差，目前 ...

1、基因芯片综合分析软件ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。&nb ...

一、生物芯片简介 生物芯片（biochip）是指采用光导原位合成或微量点样等方法，将大量生物大分子比如核酸片段、多肽分子甚至组织切片、细胞等等生物样品有序地固化于支持物（如玻片、硅片、聚丙烯酰胺凝胶、尼龙膜等载体）的表面，组成密集二维分子排列，然后与已标记的待测生物样品中靶分子杂交，通过特定的仪器比如激光共聚焦扫描或电荷偶联摄影像机（CCD）对杂交信号的强度进行快速、并行、高效地检测分析，从而判断 ...

基因芯片所产生的信息量非常大，其利用价值也远远超过单个实验本身，它也可以用于不同实验之间的比较。另外科研人员在用基因芯片来研究基因表达信息的时候往往也要和别人所做的实验结果进行比较，这样才能充分挖掘实验数据中所包含的生物信息。如研究酵母基因表达的科研人员可以将自己所得到的数据与别人的试验结果相对照，并进行比较分析，同时他也可以与别人共享他的芯片数据，以供别人研究。而要实现芯片数据的共享就必须有公用 ...

3.1、分别加入1/10体积3mol/l NaAc（pH4.5）和等体积5:1酸性酚氯仿溶液，冰浴20min 4℃，1100undefinedg，20min离心。 3.2、吸取上清至一50ml离心管加入等体积异丙醇，混匀后-20℃放1小时。 3.4、 4℃，110undefinedg，20min离心，弃上清。 3.5、每管加入3毫升的溶液D溶解沉淀再用等体积的酚氯仿各抽提一次。 3.6、加等体积的异丙醇，-20℃沉淀2小时。 ...

一、目的 本实验的目的是学会cDNA芯片的使用方法。了解各种基因芯片的基本原理和优缺点。 基因芯片这一技术方法在1991年的Science杂志上被首次提出，其高通量、并行检测的特点适应了分析人类基因组计划所提供的海量的基因序列信息的需要，可以说，人类基因组计划是基因芯片技术发展的原因，而对深人研究基因突变和基因表达的有效方法的需求又是促进基因芯片技术发展的动力。 由于基因芯片高速度、高通量、集约化 ...

基因芯片 生物芯片是指采用光导原位合成或微量点样等方法，将大量生物大分子比如核酸片段、多肽分子、组织切片、细胞等等生物样品有序地固化于支持物（如玻片、硅片、聚丙烯酰胺凝胶、尼龙膜等载体）的表面，组成密集二维分子排列，然后与已标记的待测生物样品中靶分子杂交，通过特定的仪器比如激光共聚焦扫描对杂交信号的强度进行快速、并行、高效地检测分析，从而判断样品中靶分子的数量。 其反应原理是碱基A-TC-G间互 ...

五、胰腺 Buchh01z等在2001年综述了基因芯片技术在胰腺疾病研究领域的应用。文章描述了基因芯片技术用于分析组织基因表达特征研究的原理及在胰腺癌相关研究中应用。Postier认为基因芯片技术对胰腺癌基因表达谱的研究，将为胰腺癌的手术治疗提供重要的参考价值。 胰腺组织中氧分压较低者与肿瘤组织中高氧分压者相比有较高的转移率，机制不祥，有学说认为低氧分压可能促进肿瘤转移相关基因的表达。Niizek ...

与整个生命科学领域一样，基因结构、表达和表达后机制也是消化病学领域的研究热点和难点。消化器官肿瘤、炎症等大多数疾病的发生发展都与组织细胞的多基因表达异常有关。然而，参与疾病发生基因数目之多、调控关系之复杂使传统分子生物学方法显得力不从心。集微加工技术和微电子技术于一体的生物芯片是解决这一难题的好方法。生物芯片的工作原理是在固相载体表面构建的微型生物化学分析系统，以实现对细胞、蛋白质、RNA和DNA ...

1　基本概念 生物芯片(b ioch ip ) 是指通过微加工技术和微电子技术在固格体芯片表面构建的微型生物化学分析系统 其分析实质是指在基片表面点阵排列了一系列可寻址的识别分子 反应在相同的条件下进行 反应结果用同位素法、化学发光法或酶标法显示 然后用精密的扫描仪或CCD 摄像技术记录 通过计算机软件分析 形成可读信息 实现对细胞、蛋白质、DNA 以及其他生物组分的准确、快速、大信息量的检测. ...

一个基因芯片的小flash ...

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