生物信息学技术

科技文献的标题大多很长，不适合做文件名，那应该如何命名才能一目了然让自己知道是哪篇文献呢？ 孙尉翔，高分子 胶体 软凝聚态 基本原则：你要有意识地形成一个比较高效的工作流程（workflow） 也就是说，从在网上看到一篇paper，到你日后某天要找到一篇paper的PDF，整个的流程要固定，不能一会儿这样一会儿那样；也要高效，不能把太多时间就花在整这个上面。也许这是理工科思维，先花 ...

简介:在利用gene-finding 软件预测基因编码区的同时，就尝试着用生物信息学方法对ncRNA 进行鉴定；但由于ncRNA缺少编码蛋白质的基因所具有的典型特征，如启动子和终止子、开放阅读框、特异的剪切位点、多聚腺苷酸化位点和CG 岛等，且ncRNA 基因较小，用于gene-finding 软件的基序(motif)变动较大等，因此，到目前为止，还没有高效且通用的ncRNA 基因的预测算法。现在 ...

Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。比对过程中，先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值，然后根据相似性分数值将它们分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分数值。根据相似性分数值继续分组比对，直到得到最终比对结果。比对过程中，相似性程度较高的序列先进行比对，而距离较远的序列添加在后面。作为程序的一部分，Clusal可以输出用于构建进化树的数据。Clus ...

1.RNA Ontology Consortium简介RNA本体联盟(RNA Ontology ConsortiumROC)是用来搭建一个整合的概念架构-RNA本体( OntologyRO)-用它来理解RNA在生物学上的功能用它进行RNA生物学、化学以及基因组学前沿研究。确切的目标就是创建一套有关RNA兼容的结构、具有动态形式的控制字汇和分类系统，这些都是以RNA序列、次级结构以及三维结构为基础。 ...

1. Functional_RNAsa. Non-Coding RNA databaseNon-translatable RNA transcripts that appear to work at the RNA level. b. RfamDatabase of structure-annotated multiple sequence alignments covariance models ...

最近在要看N多文献，要写报告，还得准备小论文，必须得把效率提高，找到适合自己的看文献的最好方法。 牛人一 （从 Ph.D到现在工作半年发了12 篇paper 7 篇first author.）我现在每天还保持读至少2-3 篇的文献的习惯.读文献有不同的读法.但最重要的自己总结概括这篇文献到底说了什么否则就是白读读的时候好像什么都明白一合上就什么都不知道这是 读文献的大忌既浪费时间最重要的是没有 ...

什么是研究？为什么读研？ 研究就是to solve problem，读研究生就是学习“solve problem ”的本事，也就是培养找到和解决问题的能力。 书架or 货架？ 也就是理论与应用的问题，一个是基础理论的研究最终转为教科书摆放书架，一种为能解决实际问题有实际指导意义的研究最终摆放到货架上。中间的是名利和荣誉，无论你做的是理论还是应用，5年后也许发了几篇文章， ...

其实这种很强烈的感觉是从帮导师审稿开始的，自己并未投过稿。 最近帮老板审一篇论文，被投杂志档次较高，我看到期刊名时心里一乐，这种高档次文章应该比较好审吧，一般来说投稿的文章质量较高，否则也不会投到这样的杂志上。但是扫了一眼电镜图，拍得一堆一堆的，什么纳米粒子全聚在一起，连形貌都很难分清楚，顿生厌恶，对文章的整体印象也大打折扣。再扫一遍全文，OMG，这么长，图文共50多页，虽然因为排 ...

COBALT is a multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived from conserved domain database protein motif database and sequence similarity using RPS-Blast BLAST ...

蛋白质结构预测 一、蛋白质结构及其数据库 一般情况下，蛋白质的结构分为4个层次：初级结构–蛋白质序列；二级结构–а－螺旋和β－折叠片(β-sheets)模式；三级结构–残基在空间的布局；四级结构–蛋白质之间的互作。近年来，另一个介于二级和三级结构之间的蛋白质结构层次–所谓蛋白质折叠(fold)已被证明非常有用。”fold”描述的是二级结构元素的混合组合方式。 根据序列或多序 ...

蛋白质功能预测 一、根据序列预测功能的一般过程如果序列重叠群(contig)包含有蛋白质编码区，则接下来的分析任务是确定表达产物–蛋白质的功能。蛋白质的许多特性可直接从序列上分析获得，如疏水性，它可以用于预测序列是否跨膜螺旋(transmenbrane helix)或是前导序列(leader sequence)。但是，总的来说，我们根据序列预测蛋白质功能的唯一方法是通过数据库搜寻，比较该蛋白是 ...

多序列比对的数据库多序列比对的意义在于它能够把不同种属的相关序列的比对结果按照特定的格式输出，并且在一定程度上反映它们之间的相似性。多序列比对结果所提供的信息对于提高数据库搜索灵敏度也具有很大帮助。因此，方便实用的多序列比对数据库也就应运而生。目前，互联网上可用的多序列比对数据库已经不少。其中一些利用计算机程序将一次数据库按家族分类；另外一些则是通过手工或自动方法根据基因家族构建二次数据库。 ...

多序列比对 简介：双序列比对是序列分析的基础。然而，对于构成基因家族的成组的序列来说，我们要建立多个序列之间的关系，这样才能揭示整个基因家族的特征。多序列比对在阐明一组相关序列的重要生物学模式方面起着相当重要的作用。多序列比对有时用来区分一组序列之间的差异，但其主要用于描述一组序列之间的相似性关系，以便对一个基因家族的特征有一个简明扼要的了解。与双序列比对一样，多序列比对的方法建立在某个数学或生物 ...

比对方法 1.手工比对方法手工比对方法在文献中经常看到。因为难免加入一些主观因素，手工比对通常被认为有很大的随意性。其实，即使用计算机程序进行自动比对，所得结果中的片面性也不能予以忽视。在运行经过测试并具有比较高的可信度的计算机程序基础上，结合实验结果或文献资料，对多序列比对结果进行手工修饰，应该说是非常必要的多序列比对的软件已经有许多，其中一些带有编辑程序。最好的办法是将自动比对程序和编 ...

核酸与蛋白质结构和功能的预测分析人们获得各种核酸和蛋白质序列的目的是了解这个序列在生物体中充当了怎样的角色。例如，DNA序列中重复片段、编码区、启动子、内含子/外显子、转录调控因子结合位点等信息；蛋白质的分子量、等电点、二级结构、三级结构、四级结构、膜蛋白的跨膜区段、酶的活性位点、以及蛋白质之间相互作用等结构和功能信息。虽然用实验的方法是多年以来解决这类问题的主要途径，但新的思路是利用已有的对生物 ...

生物信息数据库与查询近年来大量生物学实验的数据积累，形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、数据处理的服务。随着因特网的普及，这些数据库大多可以通过网络来访问，或者通过网络下载。一般而言，这些生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数据库的数据都直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释；二级数据库是在一级数据 ...

概述当前人类基因组研究已进入一个重要时期，2000年将获得人类基因组的全部序列，这是基因组研究的转折点和关键时刻，意味着人类基因组的研究将全面进入信息提取和数据分析阶段，即生物信息学发挥重要作用的阶段。到1999年12月15日发布的第115版为止，GenBank中的DNA碱基数目已达46亿5千万，DNA序列数目达到535万；其中EST序列超过339万条； UniGene的数目已达到7万个；已有25 ...

Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知 ...

我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN（LINUX）。在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树，英文名叫“Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴ 要对所分析的多序列目标进行排列（To ali ...

COBALT是一个蛋白的多序列比对工具，也用到RPS-Blast BLASTP 和PHI-BLAST等工具，并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。关于在线COBALT的用法看另一篇文章” COBALT：NCBI在线蛋白多序列比对（比ClustalW还强大的工具） ...