生物信息学技术

肿瘤外泌体RNA通过激活肺泡上皮TLR3招募嗜中性粒细胞促进肺预转移微环境形成研究背景 1889年，Stephen Paget通过对大量肿瘤的解剖学研究发现，特定的肿瘤细胞总是倾向于转移到特定的组织器官。假说认为肿瘤细胞只能在适宜的组织器官环境中才能形成转移灶。尽管该发现意义重大，此种现象产生的原因却直到2015年才最终得到解答。Nature杂志在2015年在线刊登了M.D. Anderson癌症中心的Dihua Yu等 ...

国际知名衰老期刊《Aging》近日发表了名为「 Bacopaside I 通过免疫调节的清除作用改善 APP/PS1 小鼠的认知损伤「的文章，该研究由第二军医大学药学院张卫东教授课题组完成 (Bacopaside I ameliorates cognitive impairment in APP/PS1 mice via immune‐mediated clearance of β‐amyloid )。目前 阿尔茨海默症（AD）是世界范围内最常见的神经退行性疾病之一。该疾病的发病机理极为 ...

Uhrf1（或者被称为 Np95）是一个 DNA 甲基化和组蛋白泛素化的调控因子，在胚胎发育（embryogenesis）以及肿瘤发生（tumorigenesis）过程中有着重要作用。近日，上海中科院生化细胞所刘小龙课题组联合上海科技大学以及中国科学与技术大学在国际权威期刊 Cell 子刊 Cell Reports 上发表题为 Uhrf1 Controls iNKT Cell Survival and Differentiation through the Akt-mTOR Axis ...

非编码 RNA 是近年来转录组学研究的热点，其中，long non-coding RNA（lncRNA），microRNA,circularRNA 是大家研究的非常多的非编码。其实，在 small non-coding RNAs 世界，除了我们熟知的 microRNA 之外，还包括 piwi-interacting RNAs（piRNAs），small nucleolar RNAs（snoRNAs） 和 transfer RNAs（tRNAs）。由于血液供应不足引起的缺血损伤会引起缺血组 ...

上海大学的研究人员通过对 Opaque2 的酵母双杂交（Yeast two-hybrid screening）技术对其互作蛋白进行筛选以及功能分析，从而对 Opaque2 调控下游基因的表达的理论模型做出了进一步的解释和完善。该研究成果已经被国际着名学术期刊杂志 PLOS Genetics 接收，即将在线发表。该研究是上海大学通信学院的博士研究生乔祯逸在宋任涛教授和生命学院青年教师祁巍巍博士的指导下完成的。该研究中 RNA-Seq 服务由上海伯豪生 ...

结直肠癌（colorectal cancer,CRC）是消化系统常见的恶性肿瘤，严重危及人们的生命健康，尤其在西方国家地区。虽然这些国家在肿瘤筛查、手术治疗及化疗方面都具备较高水平，但结直肠癌在这些发达地区仍是导致肿瘤相关死亡的主要原因。当前研究发现，接近 50% 的结直肠癌确诊患者会发生肿瘤转，且 90% 的结直肠癌相关死亡与肿瘤的转移有关，但这一过程的相关机制仍未明确。随着社会经济的发展，近年来亚洲地区结直肠癌的发病率日益升高， ...

大鼠是常用的疾病研究模型，通过该模型，我们能理解很多在人体内无法直接去研究的疾病。低体重儿，一种常见的由于孕妇缺乏足够蛋白摄入而引起的常见疾病。来自苏州大学儿童医院的研究发现低体重儿的肾脏 lncRNA 表达模式会发生变化。研究背景低体重儿是一种常见的疾病，由于宫内生长受限（IUGR）而导致的低出生体重对孩子成年后的高血压和肾脏疾病关系密切。IUGR 通常会引起低体重儿的肾元不足，对孩子的成长造成不良影响。低体重儿和肾元 ...

玉米（Zea mays）原产于墨西哥和中美洲地区，是一种由古印第安人（Indians）在数千年前利用野生墨西哥类蜀黍（Euchlaenamexicana）（现存在于墨西哥和尼加拉瓜）杂交而来的品种。但是，作为一类重要的粮食作物，天然玉米籽粒在其营养价值上却有着重要的缺陷。根据已有的文献报道，玉米籽粒中，含量最大的储藏性蛋白——醇溶蛋白中，赖氨酸和色氨酸这两种人类必需的氨基酸含量严重缺乏，导致玉米籽粒整体营养价值不佳。因此 ...

RNA 沉默是真核生物中调控基因表达的一种保守机制，它在植物生长发育和抗病毒中发挥着重要的作用。RNA 病毒进入寄主植物细胞后，其复制中间复合体和单链基因组 RNA 的高级结构形成的双链 RNA 可以被寄主植物 DCL 蛋白识别，加工产生 21-24-nt 的初级来源于病毒的 siRNA（vsiRNA）。初级 vsiRNA 装载到特异 AGO 蛋白中形成 RISC 复合体，根据碱基互补配对的原则识别其靶标并主要以切割的方式降解靶标。病毒基因组是 vsiRNA 最主要的靶标，被切割后的 ...

背景介绍RNA 沉默是真核生物中调控基因表达的一种保守机制，它在植物生长发育和抗病毒中发挥着重要的作用。RNA 病毒进入寄主植物细胞后，其复制中间复合体和单链基因组 RNA 的高级结构形成的双链 RNA 可以被寄主植物 DCL 蛋白识别，加工产生 21-24-nt 的初级来源于病毒的 siRNA（vsiRNA）。初级 vsiRNA 装载到特异 AGO 蛋白中形成 RISC 复合体，根据碱基互补配对的原则识别其靶标并主要以切割的方式降解靶标。病毒基因组是 vsiRNA 最主要的靶标，被 ...

2016年1月19日，国际着名医学期刊《Annals of the Rheumatic Diseases》（影响因子10.377,风湿病领域排名第1）发表中南大学湘雅二医院陆前进教授研究团队对系统性红斑狼疮的研究成果。陆教授团队经过3年的艰苦努力，研究开发出一种特异性高、敏感性强系统性红斑狼疮新型诊断标志物，在国际上首次将对该疾病的诊断提升到基因水平。伯豪生物华南区销售技术团队在研究过程中的通力合作也得到了陆教授团队的认可， ...

在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。Oligo 5.0的初始界面是两个图：Tm图和ΔG图；Oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq图。“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于 能风靡全世界。oligo的下载和安装我就不多说了，打开oligo相信也无需多讲。打开oligo的页面如下：单击file ...

二、出国留学博士生的学习体会要在高起点上开展学术研究，阅读英文原文是不可或缺的环节。英文文献阅读的重要性不需赘述，国内多数理工科院校的研究已经实现了和国际的接轨，管理和经济学科相对滞后，但是部分团队已经走在前列。中 文文献看多了之后就会发现很多内容似曾相识，英文文献在内容的广度和深度方面更胜一筹。阅读英文文献的目的不是为了论文增加几个参考文献而看上去好看，当 然国内有些人是这么做的，更有甚者为了增加英文参考文献而引 ...

（三）如何进行文献阅读其实做科研，不 看文献要做好科研，可以说一点可能都没有。只有广看论文，深入学习，才能厚积薄发，写出响当当的文章出来。读文献一定不要心浮气躁，或者就是想着混个毕 业。相反我们要沉下心来，大量阅读文献，在读的过程中有的文献看懂了，但是看不懂的文献也可能会居多。看懂的认真学习借鉴，看不懂的 深入探索，实在不行就暂时放下，过一段时间，随着知识和能力的提高慢慢也就弄明白了一些。即使还是看不懂，但是心里知道有那么回事， ...

（二）如何快速而准确地获得最新的科研信息如何快速准确地从浩如烟海的信息海洋中获取所需的信息，并学会分析、利用信息资源已经成为人们立足于信息社会的一个重要技能.提高自己在当今复杂的信息世界中准确、快速地获取信息的能力, 对我们科研人员是至关重要的. 我们要时时刻刻了解最新的科研成果,最主要的途径还是要了解最新的科研文献, 但是对于我们常用的数据库, 我们又不可能每天都去访问一次数据库来查看是否有最新的文献出来, 而对于许多国外的 ...

现如今新药、生物技术、仿制药公司都面临着前所未有的挑战，提高产品质量、生产率、投资回报率和法规依从性。这些挑战随着未来医药产品专利过期，在新兴市场企业面临更大的压力的情况下将持续增长。为此，企业组织机构重新评估从研发到商品生产整个产品生命周期，从信息技术（IT）系统着眼，以应对不断变化的新供应链商业生态环境。也就是说，寻求行业内 IT 系统发展提供的综合解决方案以提高生产率，大大降低成本，提高基础设施动力。那么，这种挑战主 ...

搞生物、基础医学同学如果对生命科学领域所有软件都了如指掌，那做事情必然会事半功倍。如果你对着些不了，那就听师兄给你一一道来。下面的内容比较多，平常可以作为目录收藏起来，权当做工具辞典来用。1. 三维分子类RASMOL：观看生物分子 3D 微观立体结构RasTop：为 RasMol 2.7.1 的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看 3D 分子MolMol：将 pdb 等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：ras ...

老帖子，请指教。 个人浅见,且作引玉之砖。 “公欲善其事，必先利其器”，得到外文期刊全文后，选择一个称心的词典工具不可或缺。目前流行的的几个医学翻译词典，包括网际金典－全医药学大词典（robword,最新版本为v3.2 professional）、金山词霸2002、朗道电脑字典&翻译系统Ver 5.0，还有一些人用东方快车。个人用过前面3个词典，谈点个人看法，仅作参考，欢迎讨论。 robword3.2 pro 优点： 1、即指即译适应范围广，对一般的txt、doc、htm、rtf和医学全文常用的pdf格式均能很好支持。 2、即指即译翻译结果较为专业，大多数医学专业词汇，均可通过即指即译的方式显示在翻译窗口。 3、医学专业词汇较多较新。号称词汇量达100万（医学加公共，单词加词组）。 4、用户自定义词库方法简单，可自己用excel建立csv格式导入用户词库。可随意设定词库优先等级。 缺点： 1、对系统要求较高，因即指即译词库较大，占用cpu资源也较大，在配置较低的机器上，出现翻译延迟的现象尤其明显。但在配置较高的机器上表现不明显。

【嘉美生物】随着免疫荧光技术的不断发展，荧光染料及其标记的抗体偶联物也被广泛的应用于生物学实验中。目前，市场上抗体及蛋白标记的荧光染料主要有CFTM系列(BIOTIUM, USA); Alexa Fluor®系列(Life technology, USA); DyLight系列; Cy系列; IR Dye系列等等。使用最多的为Alexa Fluor®系列和CFTM系列。一、CFTM系列染料的核心对比Alexa Fluor®系列具有以下几点优势：1、新型罗丹明核心 ...

今天在应助以为战友的问题时觉得有必要把自己在人类基因缺陷疾病基因诊断过程中积累的经验跟大家分享和交流。撰写此贴，以便大家互相学习、讨论。就以白仁战友应助的CCR9基因为例。（一）如何寻找基因信息首先，打开NCBI网页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/，选择"gene"，输入您要的基因名称（可简写），如CCR9，搜索；然后，选择种属，如homo sapiens，点击进入，http://www.ncbi ...