PCR技术

CELL杂志04年11月份的一篇paper介绍了单个SNP的功能学研究的方法。 点击下面链接下载 A Single Nucleotide Polymorphism in the MDM2 Promoter Attenuates the p53 Tumor Suppressor Pathway and Accelerates Tumor Formation in Humans ...

聚合酶链式反应（polymerase chain reaction PCR）自诞生之日起就决定了它不仅是一种高敏感、高特异的检测核酸分子的定性方法，而且也是一个能对核酸分子进行精确定量的有力工具。随着分子生物学技术研究的不断进展，定量PCR技术取得了突飞猛进的发展，不仅建立了一系列的方法，而且也诞生了许多与这些方法相匹配的新型热循环仪和实验材料。实时定量PCR(real-time quantita ...

背景：生物科学和有关技术的发展为恶性肿瘤的诊断和治疗提供了分子学依据。当前，外科病理学主要依据肿瘤的解剖特点（如：转移瘤）和组织病理学对恶性肿瘤分类。微阵列连同聚类分析揭示了肿瘤分子的差异多样性，靠这一点有望建立一个新的与预后有关的分类方法，更重要的是，对疗效有重要的意义。病理学上的挑战将成为常规临床应用分子学分类的发展和补充。 方法：本文重点放在临床实验室中用以DNA为基础的PCR技术来了解实体 ...

在论坛上看到不停地有人在问RT-PCR的问题，实际上在以前的帖子中各位香主和eeflying（我为什么总是提他们？因为还是很佩服的哦，生怕自己说错了，被他们指出来哦）都谈到了很多，鄙人也充大头答了一些问题，但是还是有各种问题，由于的基因表达还有点实战经验（但也技止此而），所以想些点东西给大家参考，计划把包括RNA酶保护分析，northernblot，原位杂交，半定量RT-PCR和定量RT-PCR都 ...

0 128);"丁香园网友atcg 0 128);"提到：1 、把蛋白序列对应的核酸序列找到。2 、根据核酸序列做BLAST （对dbSNP数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snpblastByChr.html）。3 、结果中，可以得到你的序列上所以已知的SNP。 0 128);"丁香园网友 0 128);"freedegree 0 128);"提到：以编码5 ...

1、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74°C，不适于Taq DNA聚合酶进行反应。 2、引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加。 3、引物3’端的末位碱基对Taq 酶的 ...

以检索NAT2的不同SNP的基因序列为例： 1、Genbank里的dbSNP数据库中有详细的信息，方法如下： （1）进入NCBI的主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/，然后，Search下拉菜单中选“ SNP”，搜索for “NAT2” （2）搜索了一下，人类的NAT2SNP数据库记录有279条，如我贴图所示，每一条你都可以 ...

1，如果是检测基因的所有以知的SNP，那么你首先要去了解并查询到这些SNP位点吧，SNP位点可以通过查询dbSNP数据库（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/）和TSC（The SNP Consortium）数据库（http://snp.cshl.org/），可以获知基因及上下游邻近序列的SNP位点。 2，至于挑选的原则，可以介绍一下Hap Map的正规化标准： SNP ...

关于snp位点的命名其实并不统一，大家在文献中一般用的都是习惯或者说惯用名称。具体表现在以下几种形式： 一、突变信息之间加上位置信息： 主要有三种方式：比如说突变信息之间加上cDNA的位置，如C188T；突变信息之间加上DNA的位置，如A2546G；突变氨基酸信息之间加上氨基酸位置，如Glu145Lys. 二、按发现顺序或频率顺序拟定的惯用名称 也有几种形式，如CYP2Dundefined10CYP2Cundefined3等 ...

基因芯片技术作为一种新兴的生物技术，近年来得到迅速发展，其应用具有巨大的潜力。单核苷酸多态性（SNP）作为新的遗传标记对基因定位及相关疾病研究的意义亦非常重大。本文主要介绍了DNA 芯片技术的原理和分类、单核苷酸多态性检测方法及DNA 芯片技术在单核苷酸多态性检测方面的应用。 生物芯片技术是90 年代初发展起来的，集分子生物学、微电子技术、高分子化学合成技术和计算机科学等于一身的一门新型技术。目 ...

SNP产生功能的机制目前罕有这方面的综述，但是做SNP的功能性研究的文献和方法层出不穷，NAT GENITIC 上几乎每期都有相关方法学的报道。但是对于具体产生机制我提一下本人的看法，希望大家补充。 1.对大多数SNP而言，都由于位于一些非编码区域而不产生明显的功能性影响，此时做SNP功能意义不大。 2.启动子SNP研究是做的人最多的，相关实验技术都比较成熟，其产生功能的机制主要是影响TF与启动子 ...

问：什么是QPCR？答：QPCR的英文全名是Real-time Quantitative PCR Detecting System。即实时荧光定量核酸扩增检测系统，也叫实时定量基因扩增荧光检测系统，简称QPCR。问：QPCR、DNA检测、PCR之间的关系？答：聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction简称PCR）原理凭借敏感、特异、快速的特点荣获93年诺贝尔化学奖。因其在病 ...

一、实时荧光Taqman 探针设计总原则：探针选择要保守，引物选择要保守，因此必须找一段100-200bp相对要保守的片段来设计引物与探针。即real-time PCR的扩增片段是50bp----150bp。当找不到150bp的保守片段时，必须确保探针的片段是保守的。在设计探针和引物时，要同时考虑在两条链上设计引物与探针。但要注意的是：在那条链上设计探针时，就应靠近在同一条链上设计的引物(即上游引 ...

无论是从一个胚胎细胞分化为不同的组织器官，或者是从正常的组织突变为肿瘤组织，都可能涉及在同一基因组背景下不同基因的差异性表达。寻找差异表达的基因就有可能揭示细胞分化的机制或者肿瘤的成因，因而也就成为一项热门的技术。 寻找差异表达的基因有不少方法，抑制消减杂交（SSH）是比较有效的一种方法。以Clontech的PCR-Select cDNA Subtraction Kit为例：将样品（tester） ...

来自上海某研究所的易博士的研究课题是寻找导致某种疾病的相关基因，最近他获得了这一疾病的微卫星家族标记图谱，但是这种串联重复的微卫星位点并不能完全满足他的分析要求，因此他决定转向作单核苷酸多态性SNPs（single nucleotide polymorphism，发音为“snips”）基因分型。 确实，如果你的研究课题也是寻找易感基因，那么SNPs是一种比较而言可行而且高效 ...

一、引物设计 细心地进行引物设计是PCR中最重要的一步。理想的引物对只同目的序列两侧的单一序列而非其他序列退火。设计糟糕的引物可能会同扩增其他的非目的序列。下面的指导描述了一个可以增加特异性的引物所具有的令人满意的特点： 1.典型的引物18到24个核苷长。引物需要足够长，保证序列独特性，并降低序列存在于非目的序列位点的可能性。但是长度大于24核苷的引物并不意味着更高的特异性。较长的序列可能会与错误 ...

一、仪器设备 英国Thermo Hybaid原位PCR仪。 二、操作流程 （一）原位PCR步骤 1、预处理：　　（1）切片常规脱蜡；　　（2）0.2mol/L HCl处理10min；　　（3）5μg/ml蛋白酶K消化组织37℃10min；　　（4）Nase消化组织37℃ 30min；　　（5）梯度酒精脱水，室温干燥。 2、原位扩增：　　（1）切片滴加特异性序列引物30μLPCR扩增反 ...

PCR技术必须有人工合成的合理引物和提取的样品DNA，然后才进行自动热循环，最后进行产物鉴定与分析。引物设计与合成目前只能在少数技术力量较强的研究院、所进行，临床应用只需购买PCR检测试剂盒就可开展工作，PCR自动热循环中影响因素很多，对不同的DNA样品，PCR反应中各种成份加入量和温度循环参数均不一致。现将几种主要影响因素介绍如下。 一、温度循环参数 在PCR自动热循环中，最关键的因素是变性与退 ...

ABSTRACT Use of PCR in the field of molecular diagnostics has increased to the point where it is now accepted as the standard method for detecting nucleic acids from a number of sample and microbial types. However, conventional PCR was already an essential tool in the research laboratory. Real-time PCR has catalysed wider acceptance of PCR because it is more rapid, sensitive and reproducible, while the risk of carryover contamination is minimised. There is an increasing number of chemistrie

荧光定量PCR（也称TaqMan PCR以下简称FQ-PCR）是美国PE（Perkin Elmer）公司1995年研制出来的一种新的核酸定量技术，该技术是在常规PCR基础上加入荧光标记探针来实现其定量功能的，与变通PCR相比，FQ-PCR具有许多优点。本文拟就该技术的特点、原理和方法以及应用作一简要叙述。 一、特点 FQ-PCR不仅具有普通PCR的高灵敏性，而且由于荧光探针的应用，可以通过光电传导 ...