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In vitro transcription with yeast nuclear extract

Steve Hahn Last Modified Fri Apr 25 2003 Wear gloves throughout use RNAse free solutions (either autoclaved or sterile filtered) and clean bench and pipetmen with 95% ethanol before use to eliminate ...

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micro RNA(miRNA)

RNA 一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”,但越来越多的证据清楚的表明,RNA 在生命的进程中扮演的角色远比RNA 我们早前设想的更为重要。RNA 干扰(RNA interference)的发现使得人们对RNA 调控基因表达的功能有了全新的认识,更因为可以简化替代基因敲除而成为研究基因功能的有力工具,因此格外引人注意,在2002年度Science评选的10大科学成 ...

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小麦总RNA的提取

实验目的 从黄化小麦苗中提取总RNA ,可以为cDNA 文库的构建做好准备。我们重点是要保证RNA 的完整性、产率、防止修饰和纯度,尤其是完整性、防止修饰和纯度。RNA 是单链,2’OH是它的化学性质远比DNA 活泼。所以,提取RNA 颇为不易。加之RNA 的不均一性,要将所有的RNA (rRNA 、tRNA 、mRNA )完全提出,更加有挑战性。而Rnase是无处不在的(这种酶遇高 ...

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He Tube Mating with MSCV recipient

Chemicals needed: Glucose L-(+)-Arabinose Sigma Cat # A3256 L-Rhamnose Sigma cat # R3875 Cb (carbenicillin) Sigma cat # 1389 DL-p-Chlorophenylalanine Sigma ...

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96 Well Mating Protocol platewise

Chemicals needed:GlucoseL-(+)-Arabinose Sigma Cat # A3256L-RhamnoseSigma cat # R3875Cb (carbenicillin) Sigma cat # 1389DL-p-Chlorophen ...

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Rules of siRNA design for RNA interference

General Guidelines siRNA targeted sequence is usually 21 nt in length. Avoid regions within 50-100 bp of the start codon and the termination codon Avoid intron regions Avoid stret ...

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RNA的提取和cDNA合成原理和实验方法

第一节 概 述 从真核生物的组织或细胞中提取mRNA ,通过酶促反应逆转录合成cDNA的第一链和第二链,将双链cDNA和载体连接,然后转化扩增, 即可获得cDNA文库,构建的cDNA文库可用于真核生物基因的结构、表达和调控的分析;比较cDNA和相应基因组DNA序列差异可确定内含子存在和了解转录后加工等一系列问题。总之cDNA的合成和克隆已成为当今真核分子生物学的基本手段。自70年代中 ...

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RNAi术语表

RNA i Glossary Dicer - Dicer is a member of the RNase III family of nucleases that specifically cleave double-stranded RNA s. Dicer processes long dsRNA into siRNA of 21-23 nt. Interferon - A small ...

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shRNA 资源库及其构建方法

1.NCBIshRNA资源库 http://cgap.nci.nih.gov/RNAi About RNAi on CGAP The NCBI is part of the consortium supporting the preparation of human and mouse libraries containing RNAi constructs that target cance ...

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siRNA Design

siRNA Design RNAi target selection rules : Targeted regions on the cDNA sequence of a targeted gene should be located 50-100 nt downstream of the start codon (ATG). Search for sequence motif AA(N19 ...

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RNAi效果的测量

检测基因特异阻断的最常用的方法是进行westernblot分析,比较导入siRNA 前后蛋白表达水平的变化。在一些情况下可能使用检测报告子基因的报告子系统例如β-半乳糖苷酶。也可以应用实时PCR(例如通过使用LUX™引物)或者其它类型基于细胞的分析检测细胞中转录本的水平。 ...

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通过RNAi使基因特异性沉默

RNA interference (RNAi) is a phenomenon in which the introduction of double-stranded RNA (dsRNA) into a diverse range of organisms and cell types causes degradation of the complementary mRNA (Figure 1 ...

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真核细胞总RNA的提取与鉴定

【原理】 RNA的制备与分析对于了解基因表达在转录水平上的调节是必不可少的,也是最常使用的通过cDNA途径分析细胞基因表达的前提。通常一个典型的哺乳动物细胞约含10-5μg RNA,但其中大部分为rRNA及由tRNA,而mRNA仅占1%~5%。虽然mRNA大小和序列各不相同,但在多数真核细胞mRNA的3’末端都带有一段较长的多腺苷酸链。这个群体编码了所有由该细胞合成的多肽。RN ...

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Run-On Transcription

Run-on transcription monitors the regulation of transcription in isolated nuclei. A. Preparation of Nuclei - (do everything at 0℃ to 4℃ in 50 ml tubes) 1. Pellet between 30 and 300 million cells at 15 ...

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用RNase III制备siRNA库来诱发RNAi

小分子干扰RNA (Small interfering RNA ,siRNA ) 是一种非常有效的工具,能够在包括哺乳动物细胞在内的多个体系中抑制特定基因的表达,从而研究某个基因的功能或者是相关信息。但是这种强有力的方法的难题之一是需要设计,合成siRNA s 和验证其效果,从而找到最有效的siRNA s 。这个过程需要花费相当的时间和经费。以化学法合成基因特异的siRNA s 为例,由于设计好的 ...

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Phenol Extraction of rRNA

READ THROUGH ALL CAUTIONS BEFORE TRYING THIS EXPERIMENT Materials •Rat liver (fasted rat) •Liquid nitrogen •p-Amino-salicic acid •Phenol mixture •Homogenizer or blender6 &bull ...

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RNase Protection Assay

RNase Protection Assay (RPA) BD Biosciences公司, PDF文件 http://www.bdbiosciences.ca/canada/downloads/protocols/RPA.pdf ...

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cDNA合成技术

Promega公司的RibocloneR M-MLV(H- ) cDNA合成系统采用M-MLV反转录酶的RNase H缺失突变株取代AMV反转录酶,使合成的cDNA更长。该系统的第一链合成使用M-MLV反转录酶,cDNA第二链合成采用置换合成法,采用RNaseH和DNA聚合酶Ⅰ进行置换合成,最后用T4 DNA聚合酶切去单链末端,方法简便易行。该系统试剂包括: 20μg 特异性引物 200& ...

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如何确定RNA质量的经验谈

1)检测RNA 溶液的吸光度 280、320、230、260nm下的吸光度分别代表了核酸、背景(溶液浑浊度)、盐浓度和蛋白等有机物的值。一般的,我们只看OD260/OD280(Ratio,R)。1.82.0时,我们认为RNA 中蛋白或者时其他有机物的污染是可以容忍的,不过要注意,当你用Tris作为缓冲液检测吸光度时,R值可能会大于2(一般应该是<2.2的)。当R<1.8时,溶液中蛋白或 ...

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Ribonuclease A (RNase A), DNase-free

Feature The RNase A is free of DNase activity. It is not necessary to heat it before use. Description The Ribonuclease A (RNase A) is an endoribonuclease that specifically degrades single-stranded RNA ...

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