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前段时间，大家的朋友圈想必被 2017 和 2019 的对比刷屏了。作为一枚 2017 入学，已经被科研摧残了 2 年的老博士，接下来请允许我总结下我这些年的变化~！！！以下纯属个人经历，如有雷同，纯属巧合～学业上关于学术梦想：想当年初入校园，笔者还是雄姿英发，手握移液器指点江山；谈笑间，仿佛 CNS 级的 idea 层出不穷！回想起那种感觉，真是妙啊～才 2 年过去，只想默默问一句，2 年前那个是我吗？2017：学术理想远大，想攀登科研顶峰2019：只想能毕业对导师的看法：还记得 ...

扩张型心肌病（Dilated Cardiomyopathy or DCM），是一种常见的心肌病。主要表现为心腔扩大，心肌肥厚、心脏功能减弱。目前，DCM 的病因及发病机制不明。整合素以及整合素相互作用蛋白在维持心肌细胞骨架的结构方面具有重要的作用。心肌特异性去除 β- 整合素（β-Integrin）会诱发扩张型心肌病。小鼠心肌低表达整合素相关激酶 ILK（Integrin Link Kinase）也会导致早发扩张型心肌病甚至自发心衰。但是，对于整合素 ...

基因突变是癌症发生与发展的重要驱动力，肿瘤内部遗传异质性的产生使得癌细胞能够更好地适应环境中的选择压力。通过对遗传位点进行分析，我们已经找到了对细胞癌化以及癌症进展来讲十分重要的突变类型以及相应蛋白产物的活性瞬时变化特征 1。然而，目前我们并不清楚导致基因组稳定性下降的分子机制。今天发表在 Science 杂志上的一项研究揭示了靶向表皮生长因子受体（EGFR）或 BRAF 信号的药物会导致结直肠癌（CRC）细胞的基因组稳定性下 ...

细胞系是生物学家武器库中最有价值的工具之一。但最近的研究表明，多达六分之一的研究人员正在研究被腐蚀或污染的细胞，因此需要进行彻底的改变以保持生物研究的完整性。山姆·弗雷泽解释了更多。 什么是细胞系？细胞系是通过提取一个特定来源的细胞并引入使其无限期分裂的突变而获得的。这些“永生化”细胞可以在实验室中保存，为研究基本的生物过程提供了一个方便的框架。它们也为新药的临床前检测提供了一个平台。在解释实验结果时，必须知道细胞 ...

为了对抗植物病害，确定致病因子是必要的，也是困难的。筛选携带不寻常结构域的植物免疫受体可以提供一条捷径。我们所有的食物，不管是从我们的盘子里还是从我们的牛身上，都是从农作物中获取的，而五岁以下的死亡人数中，有将近一半是由于营养不良造成的，保护作物免受疾病的危害具有很高的人道主义优先权——因此，很好的消息是，Panagiotis Sarris及其同事最近在BMC Biology上发表的一篇论文为发现新的抗病源提供了很有 ...

在全世界范围内，每年会做超过 2 亿次大型手术，其中至少会有一次手术缝合。常规采用缝线的缝合方案，该技术已有 3000 多年的使用历史。在大约 100 年前，德国发明了更现代的外科钉技术。虽然这些都是临床的标准方法，但其也都有很大的弊端，比如会损伤组织，并且是非连续性封闭，最终可能会让患者产生疤痕或出现伤口渗漏，从而对患者以及整个医疗保健系统造成不良后果。严重的情况下，甚至会危及生命。仅在美国，每年因为缝合问题，就会额外产生高达数十亿美 ...

对于溃疡性肠炎（ulcerative colitis，UC）患者而言，慢性炎症反应往往伴随着周期性的组织损伤与修复过程，并最终导致肠癌的发生。然而，在「损伤 - 修复」的循环过程中，组织内部的细胞构成发生了怎样的变化，这些变化又是如何导致癌症的发生，目前并没有明确的答案。今天在线发表于 Nature 杂志上的两篇文章从不同角度出发，分析了溃疡性结肠炎患者在从慢性炎症向癌症发展的不同阶段肠道组织内部细胞突变以及组织重塑的特征，进而揭 ...

自从两例基因编辑婴儿诞生以后，贺建奎这个名字，迅速在全世界范围「声名远扬」。可是，声名远扬并没有给这位科学家带来荣誉，相反，带来的却是全球学术圈以及广大非学术圈的口诛笔伐。但是，这个世界从来不缺少疯子和狂人。今年 6 月 10 日《自然》官网报道称，俄罗斯科学家丹尼斯・瑞布里科夫 (Denis Rebrikov)，将计划制造更多的基因编辑婴儿，如果一切顺利，2019 年年底会完成。Nature 报道截图与贺建奎这位疑似科学家不同，Denis 可是正统的 ...

读取映射是将短序列（也称为“读取”）与参考基因组或从头组装对齐的过程。它几乎是下一代测序（NGS）相关实验（单核苷酸多态性（SNP）调用、RNA序列、芯片序列等）中的一个重要分析步骤，每天都有成千上万的研究人员在进行。确定正确的区域作图的主要问题是确定基因组上最有可能产生某一特定阅读的区域。在我攻读博士学位之初，我认为这是一个看似直截了当的问题。然而，考虑到所有可能的基因组变异，以及PCR或测序人工制品，解决重复区域 ...

在发表了利用基因组生物学中的全基因组测序研究现代牛的起源和进化之后，作者David MacHugh在这个博客中解释了他们的更多发现。达尔文关于牛遗传起源和驯化的思想查尔斯达尔文对驯化过程很感兴趣，他提出了一个极好的例子：征服和对动植物的人工选择与自然世界中通过自然选择的进化相呼应，尽管速度更快。在整理生物进化证据的过程中，达尔文还考虑了家畜的起源，正确地认识到无驼峰的牛磺酸和有驼峰的斑马牛是由人类从生物学上不 ...

随着生活水平的提高，肥胖已经成为一种常见的疾病。能量摄入过多，会出现脂肪组织过度及积累，严重威胁人类健康。减肥主要是将脂肪组织燃烧，增加白色脂肪细胞的棕色化，产生能量。2019 年 10 月 9 日华中科技大学同济医学院药学院黄昆教授与武汉大学细胞内稳态国家重点实验室郑凌教授合作报导发现：脂肪特异性敲除甲基化 CpG 岛结合蛋白 2（Mecp2）会上调分泌型白细胞蛋白酶抑制因子（Slpi），通过增加脂肪棕色化减少肥胖，结果发表在 Diabetes 上， ...

急性髓细胞性白血病（AML）是一种骨髓恶性肿瘤，其特征是异常和未成熟的髓母细胞在骨髓中增殖。他是成人中最常见的急性白血病，发病率随着年龄的增长而增加。虽然目前已有一些表观遗传学治疗方法进入了临床试验，但仍然无法有效地根除白血病干细胞（LSC）。因此找到白血病干细胞维持的机制对于急性髓细胞性白血病的治疗具有重要意义。2019 年 12 月 11 日来自澳大利亚墨尔本大学的 Mark A. Dawson 教授研究团队在 Nature 上在线发表了一篇题为《 ...

我们如何从体积测量中推断出单细胞现象呢？这是分子生物学多年来一直面临的一个问题，虽然已经给出了一些实际的答案，但最简单的一个就是我们没有这样做，观察大量细胞的数量一定会给我们一个群体的平均反应。虽然这些信息仍然有用，但有些问题根本无法在人口一级解决。这正是导致单细胞测序领域在大约5年前爆发的原因，并给我们提供了一些极好的典型例子，说明单细胞测序如何告知我们癌症的起源、进化和对治疗的反应。虽然单细胞测序最常被 ...

长期低水平的疟疾感染已经被证明通过缩短大芦苇莺和其后代的寿命来影响它们的达尔文适应度，这是由于染色体端粒的缩短。一项对瑞典野生大苇莺种群轻度慢性疟疾感染的长期研究表明，这种感染最终会影响鸟类的健康成本。长期生活史数据显示，受感染的父母生育的后代较少，因为他们的寿命缩短，而这一寿命缩短与缩短覆盖染色体并保护他们免受压力的端粒有关。疟疾在鸟类中广泛传播，现已发现200多种禽疟原虫。在大苇莺中发现的三种最常见的物 ...

人体依靠细胞免疫和体液免疫抵抗多种潜在致病因子的能力时，往往取决于一种称为重组的过程如 V (D) J 重组和抗体类别转换重组（class-switch recombination, CSR）。重组操纵 DNA 序列，使我们的身体能够产生多种多样的免疫系统识别成分如：抗体和 T 细胞受体（TCR）。相距甚远的 DNA 区域并列连接在一起，形成了多种编码抗体的免疫系统基因，而这种类型的基因似乎都依赖于通过一种称为黏着蛋白（cohesin）的蛋白质环（ring）DNA ...

今天给大家介绍 GraphPad Prism 如何绘制柱状图。柱状图通常表示均值 ± 标准差的数据，数据要求符合正态分布，描述数据的特点或者比较各组数据间的差异，多数情况下采用方差分析和 T 检验。举个例子：现有三组实验对象，分别命名为对照组、A 组和 B 组。分别给予生理盐水、A 药和 B 药口服，一段时间后，观察三组实验对象血液中钠离子的浓度。浓度差异用柱形图来表示。现在我们开始作图：1. 打开 graphpad 软件，选择 column 模块，按下图进行选择。2. 键入数据，完善表格。每 ...

如果大量的寄生虫基因组是为了对抗疾病和生产疫苗和药物而产生的，但是没有人能比较这些基因组会发生什么？Sascha Steinbiss&Thomas Otto在这个博客中回答了这个问题，最初发布在Wellcome Trust Sanger Institute网站上。在过去的十年里，基因组测序和组装技术有了巨大的进步，到目前为止，研究人员能够在较短的时间内以相对较低的成本获得细菌和小型真核生物近乎完美的基因组序列。即使对小型研究 ...

最近，我读到了关于基因镶嵌现象及其对人类疾病发展的影响。从单个合子中产生具有遗传差异的细胞是由新突变事件引起的，包括大的染色体改变（全染色体非整倍体，节段非整倍体）。此外，基于测序的方法的进展表明，在单核苷酸水平上进行更微妙的重排和替换后，镶嵌现象也会出现（Lupski 2013）。通过改变细胞的转录程序，这些基因变异可以诱发癌症的发展，但也存在于许多非癌症疾病中，尤其是皮肤病，其中镶嵌现象直接反映在患者的表型变异中（ ...

自体免疫疾病（autoimmune disease）是一类由免疫系统的异常激活引起的疾病。在这种情况下，过度激活的免疫细胞丧失了辨别「自己」与「非己」的能力，从而对自身组织器官展开攻击，并引起发烧和炎症反应。严重情况下，自身免疫反应会对身体重要器官造成不可逆的影响。针对介导自体免疫疾病发生的分子机制，科学家们长期以来在不断努力探索。近日，Nature 杂志在线刊登了两篇重磅级文章，同时揭示了关键蛋白激酶 RIPK1 的突变以及酶 ...

我们很容易忘记，我们的个性背后有比遗传学更多的东西。Vlatka Zoldos教授的一篇客座博客关注了聚糖蛋白修饰的表观遗传学，以及这是如何在进化上具有优势的。随着年龄的增长，我们中的许多人开始害怕自己有多像父母。基因似乎是无情的。我们在怀孕的时候得到了他们，他们在我们的余生里都和我们在一起。我们能不能做点什么来改变我们不想听的说法：“如果你想知道一个女孩长大后会是什么样子，那就看看她的母亲吧？”？也许不是从外表上看 ...