表位预测法获取抗原多肽（细胞毒性T细胞表位的鉴定）

表位预测法获取抗原多肽方法的基本原理是指对已鉴定 CTL 表位的氨基酸组成分析发现，某一特定 MHC I 类分子或 MHC I 类分子家族所结合的 CTL 表位多肽的氨基酸组成有其特定的规律，即在某个氨基酸残基位置上，一般只能是某一个或某些氨基酸残基，这被称为基序（motif）或超基序（supermotif）。例如，HLA-A＊0201 所能结合的多肽基序的特点是，多肽的第 2 位氨基酸残基为亮氨酸（L）或蛋氨酸（M），第 9 位氨基酸残基是缬氨酸（V）、异亮氨酸（I）或 L；HLA-A2 超基序的特点是，多肽的第 2 位和第 9 位氨基酸残基应是丙氨酸（A）、异亮氨酸（I）、亮氨酸（L）、蛋氨酸（M）、缬氨酸（V）或苏氨酸（T）。应用基序或超基序预测方法及其他 CTL 表位预测方法（如量化基序法），从抗原的氨基酸序列中筛选出符条件的多肽片段作为候选表位，经多肽合成、RP-HPLC 纯化、质谱分子量鉴定后即可获得候选多肽。

CTL 表位还可通过互联网上的表位预测程序来进行预测，常用的有「BIMAS」（网址：http：//www-bimas.cit.nih.gov/molbio/hla＿bind/）和「SYFPEITHI」（网址：http：//www.syfpeithi.de/Scripts/MHCServer.dll/ EpitopePrediction.htm）。「BIMAS」方法根据所预测 的多肽-MHC 复合物的半解离时间来对多肽片段进行评分和排位；「SYFPEITHI」方法则同时考虑了主要锚定残基和次要锚定残基，并对预测的多肽片段进行评分和排位。在这两种方法的预测结果中，评分越高的多肽片段排位越靠前，其与 MHCI 类分子的亲和力就可能会越高，是 CTL 表位的可能性也就越大。

表位预测法获取抗原多肽方法的基本过程可分为如下几步：

（1）打开网页；

（2）选择 MHC 分子、所需预测的表位多肽的氨基酸残基个数；

（3）输入抗原的氨基酸序列；

（4）点击「submit」或「run」获得预测结果；

（5）从预测结果中选择排位靠前的一些多肽，经合成、纯化、鉴定后，用于后续鉴定研究。