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        构建硫氧还蛋白肽适配体组合库

        最新修订时间:

        原理


        材料与仪器

        步骤

        实验所需「材料」、「试剂」、「耗材」具体见「其他」


        1. 用自动 DNA 合成仪合成如下的 91-碱基的随机寡核苷酸和 17-碱基的引物。分别用水溶解使其终浓度为 1 ug/ul。

        寡核苷酸 : 5'-GACTGACTGGTCCG (NNK)20 GGTCCTCAGTCAGTCA-3'。此处 N 代表 A,G,C 或 T; K 代表 G 或 C。

        引物:5'-CTGACTGACTGAGGACC-3'。


        2. 按顺序加入下列试剂到一 1.5 ml 离心管中(终体积 890 ul):

        200 ug 引物(过量 10 倍)

        100 ug 随机寡核苷酸

        490 ul 水

        100 ul 10×Klenow 聚合酶反应缓冲液。


        3. 水浴中加热样品到 95℃,孵育 5 min,然后让温度缓慢降到室温(约 30 min) 以使引物与随机寡核苷酸复性。


        4. 加入 90 ul 5 mmol/L 4dNTP 混合物和 20 ul(100 U)Klenow 聚合酶,于 37℃ 孵 育 3 h。


        5. 用苯酚/氯仿抽提反应混合物,乙醇沉淀 DNA。


        6. 用 0.8 ml 水溶解 DNA 沉淀。


        7. 加入 100 ul 10×Ava II 反应缓冲液和 100 ul (1000 U)Ava II。37℃ 孵育 4 h。


        8. 重复步骤 5 操作。


        9. 用 150 ul 10 mmol/L Tris·Cl, pH 8 溶解 DNA 沉淀,加入 50 ul 体积的非变性上样缓冲液。


        10. 用预制的 10% 非变性聚丙烯酰胺胶电泳分离 DNA。


        11. 用紫外照射定位 DNA 条带并切下该条带。


        12. 将胶条浸泡于 DNA 洗脱缓冲液中振荡过夜以从胶中洗脱出 DNA。


        13. 乙醇沉淀 DNA 并溶解于 200 ul 10 mmol/L Tris·Cl, pH 8 中。用紫外分光光度计测定 DNA 浓度,或用 EB 斑点定量估计 DNA 浓度。


        14. 选择一种硫氧还蛋白表达载体(pJM),于 420 ul 无菌水中加入 12 ug 所选载体。


        15. 加入 50 ul 10×Rsr II 反应缓冲液和 30 ul(60 U)Rsr II 酶 37℃ 孵育过夜。


        16. 加入 10 ul (100U) CIP 并于 37℃ 孵育 1 h 以使 II 酶切过的 PJM 载体去磷酸化。 17. 用 PCR 纯化柱或苯酚/氯仿抽提纯化去磷酸化的、Rsr II 酶切过的 pJM 载体。


        18. 将 8 ug DNA 片段(步骤 13 与 12 ug 载体(步骤 17)合并加入到水中至终体积为 860 ul。


        19. 加入 100 ul 10×T4 DNA 连接酶反应缓冲液和 40 ul (80 000 U) T4 DNA 连接酶。 16℃ 孵育 16 h。


        20. 用 QIAquick 胶回收试剂盒并按照厂家的操作说明纯化连接好的 DNA。用 30 ul 超纯水将 DNA 从柱上洗脱下来。


        21. 冰上融化 350 ul 电转化感受态的 E.coli MC1061, 加入 300 纯化的连接质粒,混合后转入 0.2 cm 间隙电转杯中。


        22. 用如下条件进行电转:2.5 kV,200 Ω, 25 uF 。


        23. 加入 25 ml 预热的 SOC 培养基并于 37℃ 轻轻摇荡 1.5 h 使细胞复原。


        24. 进行一系列稀释然后涂布含 50 ug/ml 氨苄青霉素的 LB 平板以确定转化效率。


        25. 将剩余细胞转到 1 L LB 液体培养基中(含 50 ug/ml 氨苄青霉素)并于 37℃ 孵育过夜。


        26. 用大规模质粒制备试剂盒或连续的溴化乙锭/CsCl 密度梯度离心纯化质粒 DNA。测定浓度并调整为 40 ug/ml 以用于筛选。

        注意事项

        酶的活性单位是针对购自 New England Biolabs 的酶。也可以使用来源于其他厂家的酶,但活性单位需要另行确认。

        常见问题

        1. 材料

        E.coli MC 1061 (Bio-Rad), 电转化感受态

        硫氧还蛋白表达载体质粒:pJM-1、pJM-2 或 pJM-3

        DNA 洗脱液


        2. 试剂

        5 U/ul Klenow DNA 聚合酶和 10×反应缓冲液(New England Biolabs)

        2000 U/ul T4 DNA 连接酶和 10×反应缓冲液(New England Biolabs)

        10 U/ul 小牛肠碱性磷酸酶(CIP) 和 10×反应缓冲液 (New England Biolabs)

        5 mmol/L 4dNTP 混合物:各 5 mmol/L 的 dTTP、dATP、dGTP 和 dCTP

        10 U/ul Ava II 和 2 U/ul Rsr II 限制性内切核酸酶和 10×反应缓冲液(New England Biolabs)

        10 mmol/L Tris·Cl, pH 8

        非变性上样缓冲液

        超纯水(可选冲洗用的灭菌水;Fisher Scientific)

        SOC 培养基,预热到 37℃

        LB 平板和液体培养基, 含 50 Mg/ml 氨苄青霉素


        3. 耗材

        QIAquick 胶回收试剂盒(Qiagen)

        大规模质粒制备试剂盒(许多商家有售,如 Qiagen; 可任选)

        DNA 合成仪

        16℃ 和 95℃ 水浴

        PCR 纯化柱(如 Qiagen; 可任选)电转仪(如 Bio-Rad Gene Pulser,带 0.2 cm 间隙电转杯



        来源:丁香实验

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