材料与仪器
步骤
##一、材料
###1.封闭:偶发的损伤修复(repair of adventitious damage, RAD)
(1) 高分子质量基因组 D N A : 330 ug/mL 溶 于 T E 缓 冲 液(10 m m 〇l/L Tris, I
![m m o l /L E D T A , p H 8.0)。储存于 4°C (见注释 1 和 2)。 2. D N A 聚合酶 I ( 4 U/fxL) (TOYOBO, Osaka)。 储存于一20°C 。 3 . 局 浓 度 缓 冲 液 (1 0 X H B ): 0. 5 mol/L Tris-H C l , p H 7. 4, 100 m m o l / L M g C l2, l m o I/L N a C l , 1 0 m m o l /L D T T 。储存于一20。。。 4. d C T P [a] S , d G T P [ 〇: ] S (A m e r s h a m ),储存于一20°C 。 5_ d d A T P , d d T T P (A m e r s h a m), 储存于一20°C 。 6. R A D 储 液 :混合 130 ML I O X H B , 13JUL I mol/L D T T , 30 fxL I m m o l / L d d A T P , 30 I m m o l / L d d T T P , 24 ;xL 10 m m o l / L d C T P [a] S 和 24 /xL 10 ( n m o l / L d G T P [a] S 。分装储存于一20° C 。 7•大口径吸头:切除0.2 m L 吸头约5 m m 长度。 2. 2 限制性酶切和同位素标记 1. (20 U / p L ) (T O Y O B O )。 储存于一2(TC (见注释 3)。 2. £ C0R V (20U /ML ) (T O Y O B O )。储存于一20°C (见注释 3)。 3. JVofI 添加物: 0.5 mol/L N a C U 20 m m o l / L M g C l 2, 0.065% 牛血清白蛋白 (BSA), 0• 065% Triton X-100, 4 m m o l / L D T T 。 混合 100 |uL 5 mol/L NaCl, 20 pL I mol/L MgCl2, 65 ML 1%BSA, 6.5 10% Triton X-100, 4 fxL I mol/L D T T 和 805 fxL H20 。储存于一20°C。 4. [〇r32P ] d C T P (3000 Ci/m m o l ; A m e r s h a m )。 5. [Qr32P ] d G T P (3000 Ci/m m o l ; A m e r s h a m )。 6 . 测序酶乂《 2.0(12 11//^ ; 1 1 3 8 , ( :1以打1紐(1)。储存于一20。 ( :。 7•终止液: 5 0 m m o l /L E D T A , p H 8 , 含 5 0 % 蔗糖和〇.5 % 溴 酚 蓝 ( B P B ) 及二 甲 苯 蓝 (xylene cyan〇l, X C )。储存于室温](http://img.dxycdn.com/trademd/upload/userfiles/image/2016/07/B14683989415372muqj7r62spng_small.jpg)
###2 限制性酶切和同位素标记
###3 二维电泳
3.1 一 向 电 泳(1st D)
制备凝胶和原位消化所需要的装置如图2所示。


3.2 原 位 限 制 性 内 切 酶 消 化

3.3 二 向 电 泳(2n d D )

###4 放射自显影

##二、方法
###1.偶发性损伤修复(「封闭」,「blocking」)

###2.限 制 性 酶 切 消 化 和 同 位 素 标 记
![3 . 2 限 制 性 酶 切 消 化 和 同 位 素 标 记 1•加2.1 M L JVw I ,各 I / V0Z I 和 E c o R V 。用带粗吸头的移液器轻轻吹打 (10次) ,充分混合达到完全消化。 37°C 孵 育 3h 。 2. D N A 聚合酶放射性标记补平iVof I 5'黏 末 端 (Sequenase Ver. 2.0)。制备标记 储液 :每个反应混合 1. 6 斗 [Cr32P ] d C T P 和 L 6 M L [a-32P ] d G T P , 0 •2 1 mol/L D T T , 0. 3 p L Sequenase。加 3. 7 ( u L 标记储液至消化的D N A 中,移液 器混合充分。 37°C 孵 育 30 m i n 。 3 . 加 5 p L 终止液后,置 于 冰 上 ( 见注释6 ) 。 3-3 双向电泳 在建立当前的一向电泳操作程序过程中经历了大量的试验摸索。过去放射效应研究 基 金 会 (Radiation Effects Research Foundation) 的生化遗传学计划(The Biochemical H GeneticsProgram) 曾广泛地使用了圆盘凝胶 电泳系统进行蛋白质突变体的研究,现在这 种技术被用于D N A 上。经过多次试验,我 已经在内径2. 4 m m 的 Telflon管中进行琼脂 糖圆盘凝胶电泳并得到了最好的结果。我发 现由于管内壁不平整,可使得在长时间的电 泳过程中,琼脂糖凝胶的位置不会移动。凝 胶 由 I.5 c m 0. 6 % 的浓缩胶和59 c m 0 •9 % 的 分离胶组成。图 3 就是垂直圆盘凝胶装置。 这种装置可以同时分析10个 D N A 样本。垂 直圆盘凝胶装置可高精度地分离大分子D N A 片段。此系统大大地减小了电泳的空间,并 降低了原位消化需使用的昂贵的限制内切酶 的 量 ( 原来的系统每个反应需要使用Hinf I 图3 用于一向琼脂糖圆盘凝胶电泳的装 置 。 10 〇〇〇 U ,现 在 只 需 用 500 U ),因此使 R L G S 方法变得更为实用和经济 。 一 向的琼 脂糖圆盘凝胶系统和最新的大胶二向垂直电泳装置系统(10或 8 块胶)分别展示于图3 和图4。以上所有的装置都可以从Ohtsuka-Rikagaku (Hiroshima, Japan) 购置。 3.3.1 — 向电泳 3 . 3 . 1 . 1 琼脂糖圆盘凝胶的制备 —向电泳凝胶的制备过程如图5 所示。在同位素标记之前进行凝胶的制备。如果需 要研究两种类型的D N A (1〜5 k b 和 5〜12 kb),就需要同时制备两种凝胶。对 于 5〜 12 kb D N A 片段,也可制备更软的凝胶。 1 . 在微波炉中溶解分离胶和浓缩胶,并置于70°C 加热板上保温。 2 . 将接有三通管的6 m L 塑料注射器通过3 c m 长 硅 胶 管 ( 内径5 m m ) 与制备凝胶 的持胶器连接。 . 1 2 6](http://img.dxycdn.com/trademd/upload/userfiles/image/2016/07/B146839917331939zbj8vwfkpng_small.jpg)
###3.双向电泳
在建立当前的一向电泳操作程序过程中经历了大量的试验摸索。过去放射效应研究基 金 会(Radiation Effects Research Foundation) 的生化遗传学计划(The BiochemicalGeneticsProgram) 曾广泛地使用了圆盘凝胶电泳系统进行蛋白质突变体的研究,现在这种技术被用于 D N A 上。经过多次试验,我已经在内径 2. 4 m m 的 Telflon 管中进行琼脂糖圆盘凝胶电泳并得到了最好的结果。我发现由于管内壁不平整,可使得在长时间的电泳过程中,琼脂糖凝胶的位置不会移动。凝胶 由 I.5 c m 0. 6 % 的浓缩胶和 59 c m 0 •9 % 的分离胶组成。图 3 就是垂直圆盘凝胶装置。这种装置可以同时分析 10 个 D N A 样本。垂直圆盘凝胶装置可高精度地分离大分子 D N A片段。此系统大大地减小了电泳的空间,并降低了原位消化需使用的昂贵的限制内切酶的 量(原来的系统每个反应需要使用 Hinf I
3.1 一向电泳

3.1.1 琼脂糖圆盘凝胶的制备

3.1.2 电泳
3.1.3 原位限制性内切酶消化
3.2 第二向电泳

3.2.1 制胶
3.2.2 电 泳

3.3 放射自显影
###4 图像分析

###5 RLGS 用到的其他内切酶

###1.封闭:偶发的损伤修复(repair of adventitious damage, RAD)
(1) 高分子质量基因组 D N A : 330 ug/mL 溶 于 T E 缓 冲 液(10 m m 〇l/L Tris, I
![m m o l /L E D T A , p H 8.0)。储存于 4°C (见注释 1 和 2)。 2. D N A 聚合酶 I ( 4 U/fxL) (TOYOBO, Osaka)。 储存于一20°C 。 3 . 局 浓 度 缓 冲 液 (1 0 X H B ): 0. 5 mol/L Tris-H C l , p H 7. 4, 100 m m o l / L M g C l2, l m o I/L N a C l , 1 0 m m o l /L D T T 。储存于一20。。。 4. d C T P [a] S , d G T P [ 〇: ] S (A m e r s h a m ),储存于一20°C 。 5_ d d A T P , d d T T P (A m e r s h a m), 储存于一20°C 。 6. R A D 储 液 :混合 130 ML I O X H B , 13JUL I mol/L D T T , 30 fxL I m m o l / L d d A T P , 30 I m m o l / L d d T T P , 24 ;xL 10 m m o l / L d C T P [a] S 和 24 /xL 10 ( n m o l / L d G T P [a] S 。分装储存于一20° C 。 7•大口径吸头:切除0.2 m L 吸头约5 m m 长度。 2. 2 限制性酶切和同位素标记 1. (20 U / p L ) (T O Y O B O )。 储存于一2(TC (见注释 3)。 2. £ C0R V (20U /ML ) (T O Y O B O )。储存于一20°C (见注释 3)。 3. JVofI 添加物: 0.5 mol/L N a C U 20 m m o l / L M g C l 2, 0.065% 牛血清白蛋白 (BSA), 0• 065% Triton X-100, 4 m m o l / L D T T 。 混合 100 |uL 5 mol/L NaCl, 20 pL I mol/L MgCl2, 65 ML 1%BSA, 6.5 10% Triton X-100, 4 fxL I mol/L D T T 和 805 fxL H20 。储存于一20°C。 4. [〇r32P ] d C T P (3000 Ci/m m o l ; A m e r s h a m )。 5. [Qr32P ] d G T P (3000 Ci/m m o l ; A m e r s h a m )。 6 . 测序酶乂《 2.0(12 11//^ ; 1 1 3 8 , ( :1以打1紐(1)。储存于一20。 ( :。 7•终止液: 5 0 m m o l /L E D T A , p H 8 , 含 5 0 % 蔗糖和〇.5 % 溴 酚 蓝 ( B P B ) 及二 甲 苯 蓝 (xylene cyan〇l, X C )。储存于室温](http://img.dxycdn.com/trademd/upload/userfiles/image/2016/07/B14683989415372muqj7r62spng_small.jpg)
###2 限制性酶切和同位素标记
###3 二维电泳
3.1 一 向 电 泳(1st D)
制备凝胶和原位消化所需要的装置如图2所示。


3.2 原 位 限 制 性 内 切 酶 消 化

3.3 二 向 电 泳(2n d D )

###4 放射自显影

##二、方法
###1.偶发性损伤修复(「封闭」,「blocking」)

###2.限 制 性 酶 切 消 化 和 同 位 素 标 记
![3 . 2 限 制 性 酶 切 消 化 和 同 位 素 标 记 1•加2.1 M L JVw I ,各 I / V0Z I 和 E c o R V 。用带粗吸头的移液器轻轻吹打 (10次) ,充分混合达到完全消化。 37°C 孵 育 3h 。 2. D N A 聚合酶放射性标记补平iVof I 5'黏 末 端 (Sequenase Ver. 2.0)。制备标记 储液 :每个反应混合 1. 6 斗 [Cr32P ] d C T P 和 L 6 M L [a-32P ] d G T P , 0 •2 1 mol/L D T T , 0. 3 p L Sequenase。加 3. 7 ( u L 标记储液至消化的D N A 中,移液 器混合充分。 37°C 孵 育 30 m i n 。 3 . 加 5 p L 终止液后,置 于 冰 上 ( 见注释6 ) 。 3-3 双向电泳 在建立当前的一向电泳操作程序过程中经历了大量的试验摸索。过去放射效应研究 基 金 会 (Radiation Effects Research Foundation) 的生化遗传学计划(The Biochemical H GeneticsProgram) 曾广泛地使用了圆盘凝胶 电泳系统进行蛋白质突变体的研究,现在这 种技术被用于D N A 上。经过多次试验,我 已经在内径2. 4 m m 的 Telflon管中进行琼脂 糖圆盘凝胶电泳并得到了最好的结果。我发 现由于管内壁不平整,可使得在长时间的电 泳过程中,琼脂糖凝胶的位置不会移动。凝 胶 由 I.5 c m 0. 6 % 的浓缩胶和59 c m 0 •9 % 的 分离胶组成。图 3 就是垂直圆盘凝胶装置。 这种装置可以同时分析10个 D N A 样本。垂 直圆盘凝胶装置可高精度地分离大分子D N A 片段。此系统大大地减小了电泳的空间,并 降低了原位消化需使用的昂贵的限制内切酶 的 量 ( 原来的系统每个反应需要使用Hinf I 图3 用于一向琼脂糖圆盘凝胶电泳的装 置 。 10 〇〇〇 U ,现 在 只 需 用 500 U ),因此使 R L G S 方法变得更为实用和经济 。 一 向的琼 脂糖圆盘凝胶系统和最新的大胶二向垂直电泳装置系统(10或 8 块胶)分别展示于图3 和图4。以上所有的装置都可以从Ohtsuka-Rikagaku (Hiroshima, Japan) 购置。 3.3.1 — 向电泳 3 . 3 . 1 . 1 琼脂糖圆盘凝胶的制备 —向电泳凝胶的制备过程如图5 所示。在同位素标记之前进行凝胶的制备。如果需 要研究两种类型的D N A (1〜5 k b 和 5〜12 kb),就需要同时制备两种凝胶。对 于 5〜 12 kb D N A 片段,也可制备更软的凝胶。 1 . 在微波炉中溶解分离胶和浓缩胶,并置于70°C 加热板上保温。 2 . 将接有三通管的6 m L 塑料注射器通过3 c m 长 硅 胶 管 ( 内径5 m m ) 与制备凝胶 的持胶器连接。 . 1 2 6](http://img.dxycdn.com/trademd/upload/userfiles/image/2016/07/B146839917331939zbj8vwfkpng_small.jpg)
###3.双向电泳
在建立当前的一向电泳操作程序过程中经历了大量的试验摸索。过去放射效应研究基 金 会(Radiation Effects Research Foundation) 的生化遗传学计划(The BiochemicalGeneticsProgram) 曾广泛地使用了圆盘凝胶电泳系统进行蛋白质突变体的研究,现在这种技术被用于 D N A 上。经过多次试验,我已经在内径 2. 4 m m 的 Telflon 管中进行琼脂糖圆盘凝胶电泳并得到了最好的结果。我发现由于管内壁不平整,可使得在长时间的电泳过程中,琼脂糖凝胶的位置不会移动。凝胶 由 I.5 c m 0. 6 % 的浓缩胶和 59 c m 0 •9 % 的分离胶组成。图 3 就是垂直圆盘凝胶装置。这种装置可以同时分析 10 个 D N A 样本。垂直圆盘凝胶装置可高精度地分离大分子 D N A片段。此系统大大地减小了电泳的空间,并降低了原位消化需使用的昂贵的限制内切酶的 量(原来的系统每个反应需要使用 Hinf I
3.1 一向电泳

3.1.1 琼脂糖圆盘凝胶的制备

3.1.2 电泳
3.1.3 原位限制性内切酶消化
3.2 第二向电泳

3.2.1 制胶
3.2.2 电 泳

3.3 放射自显影
###4 图像分析

###5 RLGS 用到的其他内切酶

注意事项

来源:丁香实验