洗脱

严格来说洗脱不能达到制备的目的，它只能得到微克到毫克级的样品。通常是用其他方法分离的粗样品通过某种电泳方法进一步分离纯化后，再用扩散洗脱或电泳洗脱收集纯样品，继而用作其他分析的需要。

1. 扩散洗脱

扩散洗脱是用解剖刀或匀浆器将凝胶切片捣碎，以增加凝胶的表面积，然后用大约 3 倍体积的合适的缓冲液浸泡。如果蛋白对温度不敏感，则可在 37℃ 或更高温度下保温，以改善洗脱的效果。对大体积的缓冲液虽然能得到良好的产率，但洗脱后样品稀释倍数太大，难以回收。洗脱后的凝胶碎片可简单地用离心方法除去。

2. 电泳洗脱

电泳洗脱通常是用一定的装置从某种电泳分离后的凝胶中电泳洗脱蛋白质，并分别移入小室中再收集。

不管是扩散洗脱还是电泳洗脱，电极缓冲液和洗脱缓冲液的 pH，离子强度，凝胶的浓度和厚度，电压梯度，收集物质的量，洗脱缓冲液的体积和操作温度都影响洗脱效果。