未解析碎片离子的检索实验

实验分类：

蛋白质实验

最新修订时间：2022-02-10

简介

来源：《蛋白质组学：从序列到功能》

来源：丁香实验

操作方法

基本方案

数据库同样可以检索一个单个肽段及其碎片离子的质量。肽段质量同它的碎片离子质量一起提供了非常具有鉴别力的判断标准，可用于在序列数据库中检索，包括由表达序列标签翻译的序列数据库（图 5.3) 。这一手段已被广泛用于凝胶分离蛋白质酶水斛后产生的肽段鉴定。肽段通常用上文所述的一些方法，在质谱仪气相中被诱导产生碎片离子，例如 PSD-MALDI-MS, 或三级四极质谱及离子阱中的 CID。在这些仪器中，肽段

方案优化

除了人工解析碎片离子谱外，还有两种基本检索手段用于匹配数据库中序列产生的碎片离子谱。第一种方法依靠人工解析部分谱图来鉴别某一特定系列 (b 或v) 离子的连续离子元素（例如鉴别出相互之间相差一个氨基酸残基质量的碎片离子），解析出部分序列信息，再结合以下参数：①鉴定出的系列中第一个离子的质量数；②肽段质量与最后一个离子质量之差（这两个质量数限制了此序列两端未知残基的总质量），③此完整肽段的质量，④所