DNA 实验

虽然理论上 M13 重组噬菌体所能携带的外源 DNA 片段没有限制，但实际上是有限的：长片段的外源 DNA 比短片段的更易发生缺失和重排。因此如果可能，最好克隆至 M13 噬菌体的 DNA 片段不要大于 1000 碱基。而且，当用“正向”或“反向”通用测序引物进行 DNA 测序时，大片段的中心区域可能位于所能测到的区域外。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

在本方案中，当外源 DNA 大于 200~300 个核苷酸时，用重组 M13 噬菌体克隆感染细菌后释放至周围培养基中的单链 DNA 进行凝胶电泳分析即可鉴定。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

在 λ 噬菌体中构建基因组 DNA 文库的步骤与在黏粒载体中的步骤基本一致。在这两种系统中，真核 DNA 在体外与载体 DNA 连接，形成能包装到 λ 噬菌体颗粒中的多联体。构建在 λ 噬菌体中的文库以具有感染性的重组噬菌体形式贮存和增殖。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

噬菌粒巧妙地组合了质粒和丝状噬菌体的特征。除了基本特征外，这些质粒通常是高拷贝数的，并带有一个修饰后的丝状噬菌体的主要基因间区。这个区域 ( 野生型为 508 bp)不表达蛋白，但含有全部的顺式作用序列，该作用是病毒 DNA 合成起始和结束及噬菌体颗粒的形态发生必不可少的。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

与插入型载体不同，置换型载体的基因组含有中部的填充片段，为了容纳外源 DNA 片段，填充片段必须被去除。该过程一般被称为“λ臂的制备”，包括用限制酶消化 λDNA 使两臂与填充片段分开以及随后的臂的纯化。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

不管高分子质量 DNA 的碱基组成与序列如何，通过水压机械剪切（hydrodynamic shearing) 均可将其以半随机形式片段化。但是，用这种方法制备的 DNA 需进行一系列酶反应操作（末端修复、甲基化、接头连接、接头消化）以保护内部限制位点，以及产生一些黏性末端。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

可利用合成双链寡核苷酸筛选构建于λ噬菌体的 cDNA 表达文库，以鉴定与特异 DNA 结合蛋白质相对应的克隆（Singhetal.1988,Vinsonetal.1988)。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。

可用甲酰胺代替 SDS/蛋白酶 K 将纯化的噬菌体颗粒去除外壳。这种方法虽然不是很有效，但在某种意义上它比以前的操作方法更快。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

在某些情况下，制备好的 λ 噬菌体 DNA 经限制酶的简单消化即可用于克隆。但只有当所用载体能用遗传学方法筛选含有外源 DNA 序列的重组噬菌体时（如 EMBL 系列、λ2001、λDASH、λZAP、λgt10），这种方案才是可行的。因为在这种情况下，不必采取步骤来减少非重组噬菌体的形成。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

置换型载体（如 λ2001、λDASH、EMBL 系列、Charon 34、Charon 35 和 Charon 40 ) 含有一系列的限制位点，它们在中央填充片段的两端以相反方向排列（Frischaufet al. 1983）。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

λ 噬菌体两臂内部末端 5'-磷酸基团的去除，能有效防止自连和减少非重组噬菌体的背景。当使用含单一克隆位点的插入型载体（如 λgt10、λgt11 和 λORF8）或使用虽含多克隆位点但用单一酶切割的插入型载体（如 λgt18-23 和 λZAP) 时，本方法可被用于抑制非重组子背景。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

CsCl 等密度梯度离心用于制备最高纯度的感染性 λ 噬菌体颗粒，它没有任何细菌核酸的污染。从这种噬菌体颗粒中提取的 DNA 可用作 DNA 测序的模板、亚克隆至质粒载体和产生用于原位杂交的探针。这种方法第二个优点是，由它所获得的噬菌体原种是高度浓缩的（大于 1011 cfu/ml)，在 4℃ 保存时，许多年后仍能保持它们的感染力。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

本方案阐述了一种快速估计 λ 噬菌体原种中 DNA 含量的方法。该方法首先可用于发现原种和裂解物中的噬菌体颗粒的得率是否能满足大量纯化的需要，其次可用于检测纯化过程，以找到出问题步骤。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

本方案介绍如何从携带重组质粒的克隆中释放出 DNA 并将其固定于硝酸纤维滤膜或尼龙膜的方法，这一方法最初由 Grunstein 和 Hogness 使用。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

λ 噬菌体的大量制备可通过低倍数感染细菌培养物或高倍数感染这两种方法获得。低倍数感染后，培养物立即被转接至大体积培养物中。因为在最初细菌培养物中只有小量的细胞被感染，所以转接后的细菌培养物中的未感染细胞在随后的数小时内将进一步分裂生长。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

可通过小量液体培养物制备高滴度 λ 噬菌体原种。这一方法最早由 Leder 等（1977）采用。一般来说，它所得到的 λ 噬菌体的产量比平板裂解低且不稳定，另外噬菌体最初的接种量也大。但是，在液体培养物中制备的 λ 噬菌体原种将更清亮，并且也不含污染平板裂解物的硫酸盐多糖。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

来源于单个噬菌斑的 λ 噬菌体原种的制备，通常有两种方法：① 平板裂解，这是一种噬菌体在生长于顶层琼脂或琼脂糖的细菌中增殖的方法；② 小量液体培养，这是用生长于液体培养基中的细菌进行噬菌体增殖的方法。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

本方案介绍如何用放射性标记探针与固定在滤膜上的转化菌 DNA 进行杂交，以及从琼脂板中将与探针特异性杂交的克隆回收培养的方法，这些方法适用于平均长度大于 100 核苷酸的探针。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

遗传上同源的 λ 噬菌体原种是通过 "挑取” 一个完全独立的噬菌斑并将含有裂解物的琼脂/琼脂糖保存于贮存液中而获得的。获得的原种可用于制备噬菌体的平板裂解物或液体培养物，也可用于以后的分析。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

噬菌斑起源于单个噬菌体颗粒对单个细菌的感染。第一次感染后合成的子代病毒颗粒吸附和感染邻近细菌，后者依次释放另一代子代病毒颗粒。如果细菌生长在半固体培养基（如含琼脂糖或琼脂）上，这种子代病毒颗粒的扩散是有限的。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。