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紫外交联免疫共沉淀测序
CLIP-Seq即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput

生物信息学分析内容
标准信息分析
1. 去除接头序列及低质量reads的处理
2. 测序质量评估
3. 序列比对
4. 测序reads全转录组分布图
5. 结合峰鉴定
6. 结合峰基因元件分布
7. 差异结合峰检测
8. 差异结合峰相关基因GO功能富集分析
9. 差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析
定制化信息分析
1. 结合峰的motif检测
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文献和实验类型:lncRNA、mRNA 较多研究方法:这种互作模式是 RNA-Protein,那么 ncRNA 可以和调控 DNA 的蛋白结合,也可以和细胞质内的蛋白质结合,发挥不同效应。1. CLIP-seq:鉴定与特定 RNA 结合蛋白相互作用的 RNA 分子CLIP-seq 也被称为 HITS-CLIP,是将紫外交联免疫共沉淀技术 (CLIP) 与高通量测序技术相结合的技术。大概流程为:首先通过紫外照射将细胞内的 RNA 分子与 RNA 结合蛋白进行耦联;细胞裂解,免疫共沉淀,核酸酶 (RNase
,适合于样本量大,中高通量的甲基化研究。芯片以矩阵微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM))的格式,每个panel可以检测96个样本,根据客户的定制要求,每个样品可同时检测384-1536个甲基化位点。 而安捷伦采用的是免疫共沉淀的方法(MeDIP-ChIP )的方法。基因组DNA分成两份,一份用来做MeDIP,加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗体,使用免疫磁珠法分离样品中甲基化DNA片段的抗体复合物,样品中其余的非甲基化DNA片段被洗脱;另一份作为对照。两个样品都标记
盛司潼博士和他的团队研制的「HYK-PSTAR-IIA 型基因测序仪」 每年两会期间,医疗健康话题总是受到格外关注,而时下「精准医疗」则成为这一行的热词。精准医疗包含诊断和治疗,而精准诊断是精准治疗的前提。高通量基因测序技术作为精准诊断领域中最为先进的检测技术,使基因测序速度大大提升,临床基因测序时间可缩短到 10 小时,精确度达到 99.9% 以上,极大地推动了精准医疗的发展。液体活检、无创产前诊断等为代表的无创体外诊断技术随着高通量基因测序技术的发展应运而生。这些也均
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