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- 2026年01月07日
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CRISPR基因编辑筛选工具已被广泛使用于生物学发现以及创新药物研发的筛选领域。全新的技术CROP-seq创造性地将CRISPR筛选技术与单细胞RNA-seq技术相结合，高通量地分析gRNA对靶基因进行编辑后的单细胞转录图谱，利用高通量测序输出更多复杂的调控信息，给基因调控机制研究和药靶筛选等领域带来全新的变革。
技术优势
技术应用
1. 高通量的基因调控功能筛选分析
2. 研究复杂的信号通路等其他生理病理过程
3. 研究复杂的细胞过程中遗传或表观遗传的调控作用
4. 高通量的药物靶点筛选
送样要求
活细胞：细胞数量请详询
冻存细胞：细胞数量请详询
分析内容
基础分析：
1. 原始数据质控
2. 细胞数目鉴定
3. 基因组比对
4. Counts计算
5. 双细胞过滤
6. 单细胞表达过滤
7. gRNA单细胞分配
8. PCA主成分降维
高级分析：
b) 多组间差异基因筛选
2. 组间gRNA细胞表达WGCNA分析
a) 加权基因共表达网络模块功能富集分析
b) 加权基因共表达网络模块核心基因筛选
c) 预测基因功能
3. 组间gRNA细胞表达IPA分析
a) IPA核心分析总览：对经典通路，上游调节分子，疾病和生物学功能等内容的概括
b) IPA网络基因互作：找到通路中激活和抑制基因
c) IPA富集通路生物学功能比较分析
d) IPA上游调节基因预测和下游靶点预测
多种CRISPR/Cas9 CROP-seq文库选择
分析内容示例
图1. gRNA表达分析[1]
图2. 通路标志基因富集分析[1]
图3. 组间gRNA细胞表达差异基因分析[1]
图4. IPA网络基因互作
图5. IPA核心分析（疾病和生物学功能）
参考文献
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文献和实验Cell Rep：梁洪青 / 刘琬璐 / 张丹等团队揭秘 ERV 不同亚家族在人类早期胚胎中的特异性调控机制和功能
7 分别被激活。该研究通过筛选，鉴定了 KLFs 家族的 KLF4/KLF5 可以特异性激活基因组中的 LTR7Y 拷贝，但并不能激活 LTR7 相关拷贝。该研究进一步对 naïve hESCs 进行了单细胞测序，从单细胞水平分析了 KLFs 家族与多能性相关的 TEs 之间的相关性。结果表明，与其他 KLFs-TEs 相比，KLF4/KLF5 与 LTR7Y 的相关性最高，而与 LTR7 的相关性较弱。 随后，该研究利用 KLF4/KLF5 敲除细胞系的 RNA-seq 技术发现，naïve hESCs
单细胞测序悬液老是制备失败？别担心，单细胞核测序来拯救你的样本了
样本制备能力，如下图所示的一些冻存样本的核悬液制备结果： 单细胞核测序初步质控结果 单细胞核测序UAMP降维结果 吉凯基因凭借多年在靶标筛选及验证服务领域的技术积累，建立的标准化 、工程化 、系统化的GRP平台，为中国研究型医生提供科研服务，加快科研成果转化，其中，单细胞测序拥有10x和BD两个平台，提供单细胞RNA-seq、单细胞核测序、单细胞混样RNA-seq、单细胞ATAC-seq、单细胞（RNA+ATAC）、空间转录组测序等服务。
样本RNA提取、去除残留DNA及RNA质检后，我们需要决定是否以及如何去富集感兴趣的RNA。总RNA中含有大量的核糖体 RNA (rRNA)，约占总RNA 80 – 98%的比例。对绝大多数 RNA-Seq 应用来说，需要去除 rRNA 或富集mRNA，以将测序资源集中在转录组所需的部分并节省成本。 除核糖体 RNA 外，样本还可能含有其他丰富的转录本，例如，血液样本中的珠蛋白 mRNA 可占所有 mRNA 分子的 30 – 80%。如果不除去这些占比很大的globin mRNA，我们测序
技术资料暂无技术资料 索取技术资料
