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10.16 中科院清华合作揭示 RNA 甲基化调控 R-loop 形成及转录终止机制

① 中科院清华合作揭示 RNA 甲基化调控 R-loop 形成及转录终止机制m6A 修饰作为信使 RNA 上丰度最高的修饰类型，广泛参与哺乳动物的发育、免疫、干细胞更新、脂肪分化以及肿瘤生成和转移等生命过程。然而，目前尚不清楚 m6A 是否能作为 R-loop 中 RNA 组分的本源特征来调控 R-loop 水平，进而发挥各种生物学功能。中国科学院北京基因组研究所杨运桂、任捷与清华大学生科院孙前文团队合作，通过斑点分子杂交和免疫荧光技术，发现敲低 m6A 甲基转移酶 METTL3 显著降低 R

如何用 R 语言绘制火山图？

基因标为蓝色。（代码 9、10）图片来源：自己做的（6）添加阈值线。（代码 11、12、13）最终效果如下：图片来源：自己做的最后，点击「export」，选择图片格式导出图片即可。图片来源：软件截图2. GraphPad prism 绘制如有小伙伴觉得 R 代码麻烦，则可选用常见软件「GraphPad prism」制图。软件可在官网下载：https://www.graphpad.com/scientific-software/prism/首先， 在 excel 中进行 P 值的处理。数据

【GEO 应用】GEO2R 分析工具更新大解析！不会 R 也能做生信

个），但我们可以通过设置显示所有分析基因的 P 值分布来查看整图。 图片来源：网站截图 9. 样本分位数图 使用 limma（qqt）算法生成，根据 t 分布的理论分位数绘制数据样本的分位数。该图有助于评估 limma 测试结果的质量。 理想情况下，这些点应沿一条直线上，这会表明在测试过程中计算出的调节 t 统计量的值遵循其理论预测的分布。 图片来源：网站截图 10. 平均方差趋势图 使用 R limma（plotSA， vooma）算法生成，拟合线性模型后，平均方差趋势图可以检查表达数据的均值-方差关系