10x Genomics Visium空间基因表达解决方案

受到新冠肺炎的影响，很多人不能返回工作岗位，每天呆在家里，刷着疫情的数字和满天飞的各种言论，时而感动时而气愤时而焦虑。。。小编想说的是，疫情终将是会过去的，并且不会让我们等太久！生活依然还得继续，那么在这段在家养精蓄锐的日子里，我们不妨认真的规划一下未来的生活和工作。比如，对于科研工作者来说，有什么新颖的技术可以助力自己的科研成果再上一个台阶呢？
今天，小编要再次隆重的为您介绍一下这个新鲜出炉，热气腾腾的新技术——10x Genomics Visium空间基因表达解决方案。

 为什么要进行空间转录组的研究？ 

空间转录组，顾名思义，是指可以捕获组织切片中，带有空间位置信息的全转录组表达，简单点，就是我们可以知道组织上的某个点究竟有哪些基因在表达。这有什么重要的意义呢？举个例子：如下图所示，是两个乳腺癌患者的肿瘤组织切片，根据每个点的基因表达情况，确认红色的点是免疫细胞。在A图中，我们可以看到，免疫细胞浸润在整个组织切片中，这样的患者预后效果就比较好；而B图中，免疫细胞只存在于肿瘤组织边缘，这样的患者预后效果就比较差。但是，如果我们不进行空间转录的研究，即使是做了单细胞转录组，由于没有细胞的空间位置信息，我们依然不能反映出样本最真实的状态！所以空间转录组可以补充单细胞基因表达在空间信息上的空白。

图片来源：Saltz et al. CellReports, May 2018

 目前空间转录组应用的领域 


 10x Genomics Visium空间基因表达解决方案的特征 

 10x Genomics Visium空间基因表达解决方案的技术原理 

10x Genomics Visium空间基因表达解决方案的技术核心就在这张小小的载玻片上，每张载玻片上有四个捕获区域（6.5x6.5 mm），每个捕获区域里有5000个被条形码标记的点（barcoded spots），点的直径为55μm，（相邻两点之间中心到中心的距离为100μm），每个点都有一个独特的条形码序列。当RNA从组织切片的细胞中释放出来后，迁移到每个点的RNA会被标记上相应的条形码序列，然后进行文库构建并进行测序。接下来，根据数据的条形码信息对数据进行分配，以确定哪些数据来自哪个位置。最终实现空间基因表达的可视化。

 10x Genomics Visium空间基因表达解决方案工作流程 

 10x Genomics Visium空间基因表达解决方案结果展示 

图 小鼠大脑中空间分辨率的表达及聚类

A.对小鼠大脑切片进行H＆E染色，成像，然后通过10x Genomics公司Visium空间基因表达解决方案工作流程进行处理；B.展示了含有UMI计数的数据与组织空间位置的图像叠加；C.总基因计数；D.基于总差异表达基因的空间naÏve聚类（spatially naÏve clustering）。最右边显示了相比于其他细胞簇，在细胞簇4（绿色）中高表达的基因。

图 小鼠大脑中空间分辨率的基因表达

A.H＆E染色小鼠冠状脑组织切片；基因 （B）和基因 （C）的空间mRNA表达为大脑中已知的表达模式，主要在海马体中表达。图中结果显示了这两个基因在海马体中有显著表达，并且与已知的表达模式一致（注意：点大小不是按比例缩放）。

 10x Genomics Visium空间基因表达解决方案还可以怎么玩？

如上图所示，将单细胞转录组数据和空间转录组数据进行锚定和整合，可获得目标组织的三维空间转录组图谱。
讲到这里，是不是心动了呢？趁现在研究的人还不算多，订购信息赶紧了解一下：

 Visium空间基因表达解决方案产品订购详细说明： 

1.在进行正式的空间转录组实验前，您需要购买货号为1000193的组织优化载玻片及试剂盒，可以优化四种组织类型的最佳通透时间，使得mRNA 充分的释放。

2.随后，当您正式开始空间转录组实验时，您可以根据样本量的多少，选择购买做4个样本的Kit(货号1000187)或者做16个样本的Kit(货号1000184)。

3.此外您需要购买空间转录组配套的Visium Accessory Kit(货号1000194)。

4.如果客户是第一次订购，建议您直接购买货号1000200的Visium Spatial Gene Expression Starter Kit,该试剂盒包括了货号1000193，1000184和1000194各一套，可以做16个样本。

5.上述试剂耗材可以帮我们进行空间转录组的捕获，当我们进行建库的时候，还需要订购货号为1000215的建库接头试剂盒。