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1个试剂盒
产品包括 | 容量(计数) | 保存温度 | |||
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Concanavalin A Magnetic Beads | 1 x 240 µl | 4°C | |||
Concanavalin A Bead Activation Buffer | 1 x 5 ml | 4°C | |||
Antibody Binding Buffer (-Digitonin, -Spermidine, -PIC) | 1 x 2.5 ml | 4°C | |||
10X Wash Buffer (-Spermidine, -PIC) | 1 x 15 ml | 4°C | |||
DNA Extraction Buffer (-Proteinase K, -RNAse A) | 1 x 7 ml | 4°C | |||
Calcium Chloride | 1 x 100 µl | 4°C | |||
pAG-MNase Enzyme | 1 x 40 µl | -20°C | |||
Digitonin Solution | 2 x 1.2 ml | -20°C | |||
4X Stop Buffer (-Digitonin, -RNAse A, -Spike-In DNA) | 1 x 1 ml | -20°C | |||
100X Spermidine | 1 x 1.3 ml | -20°C | |||
Protease Inhibitor Cocktail (200X) | 1 x 750 µl | -20°C | |||
Proteinase K (20mg/ml) | 1 x 100 µl | -20°C | |||
RNAse A (10 mg/ml) | 1 x 50 µl | -20°C | |||
Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb 9751 | 1 x 20 µl | -20°C | |||
Rabbit (DA1E) mAb IgG XP® Isotype Control (CUT&RUN) | 1 x 100 µl | -20°C | |||
Sample Normalization Spike-In DNA (1 ng/μl) | 1 x 120 µl | -20°C | |||
Sample Normalization Primer Set | 1 x 150 µl | -20°C | |||
SimpleChIP® Human RPL30 Exon 3 Primers 7014 | 1 x 150 µl | -20°C | |||
SimpleChIP® Mouse RPL30 Intron 2 Primers 7015 | 1 x 150 µl | -20°C |
CST CUT&RUN的技术优点
CST 提供的 CUT&RUN 测定法可克服其他全基因组比对技术面临的许多挑战。CST 提供的 CUT&RUN Assay Kit 的优点包括:
需要的样品少 |
仅需 100,000 个细胞 |
快速得到结果 |
从细胞到 DNA 需 1 到 2 天 |
节省测序成本 |
仅需 300-500 万次高质量短测序片段 |
靶标通用 |
针对组蛋白、组蛋白修饰、转录因子和辅因子生成测序和/或 qPCR 数据 |
抗体通用 |
兔和小鼠抗体均适用 |
可重复的结果 |
加入Spike-in 对照 DNA 可标准化样品间的信号 |
避免出现“交联”假象 |
一种使用天然染色质进行分析的体内方法 |
需要的样本少:仅需培养 100,000 个细胞即可观察蛋白-DNA 相互作用和/或得到有关低丰度细胞类型的表观遗传信息,节省了时间。
图2. 使用更少数量的 HCT 116 细胞来进行使用 CUT&RUN Assay Kit #86652 的 CUT&RUN 时,获得了相似的结果。使用 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751(左小图)或 Phospho-Rpb1 CTD (Ser2) (E1Z3G) Rabbit mAb #13499(右小图)进行检测。使用 SimpleChIP® Universal qPCR Master Mix #88989 和 SimpleChIP® Human GAPDH Exon 1 Primers #5516、SimpleChIP® Human β-Actin Promoter Primers #13653、SimpleChIP® Human β-Actin 3' UTR Primers #13669 和 SimpleChIP® Human MyoD1 Exon 1 Primers #4490 进行实时 PCR 来对富集的 DNA 进行定量。每份样品中的免疫沉淀 DNA 数量表示为与输入染色质总量(100,000 个细胞的输入百分比)相对应的信号。使用加入到每次反应中的添加 DNA 来标准化数据。
快速得到结果:节省富集靶标染色质所花费的时间。从细胞到 DNA 仅需 1 到 2 天。
节省测序成本:背景相对较低是指您可在测序深度较低的情况下,区分您的信号与基因组背景噪音。仅需 300 - 500 万次高质量读取便可获得测序数据,显著降低了您的测序成本。这种方法的低背景还可能用于分析低信号基因组特征。
靶标通用:纯化、富集的 DNA 可用于测序和/或 qPCR 实验,以研究组蛋白、组蛋白修饰、转录因子和辅因子。
组蛋白修饰:在研究转录因子 DNA-蛋白相互作用时,CUT&RUN Assay Kit #86652 的工作原理与 ChIP-qPCR 和 ChIP-seq 相同,但仅需 100,000 个细胞。
转录因子:在研究转录因子 DNA-蛋白相互作用时,CUT&RUN Assay Kit #86652 的工作原理与 ChIP-qPCR 和 ChIP-seq 相同,但仅需 100,000 个细胞。
辅因子:在研究辅因子 DNA-蛋白相互作用时,CUT&RUN Assay Kit #86652 的工作原理与 ChIP-qPCR 和 ChIP-seq 相同,但仅需 100,000 个细胞。
抗体通用:pAG-MNase 结合小鼠和兔抗体,从而增加了适用于 CUT&RUN 检测的抗体的目录。
兔抗体
小鼠抗体
可重复的结果:用添加异源 DNA 标准化您的数据,即可提升您的实验可重复性。对某个指定实验内或不同实验之间的样品进行标准化。
避免出现“交联假象”
CUT&RUN 适用于天然染色质,并且无需进行可能会出现“交联假象”的交联或免疫沉淀。
保存:
保存在建议的温度下时,该试剂盒中的所有组分可保持稳定至少 6 个月。
产品说明:
CUT&RUN Assay Kit 旨在方便地提供进行多达 24 次细胞消化反应所需的试剂,且经优化每次反应可用于 100,000 个细胞。该试剂盒经优化适用于所有类型的 DNA 结合蛋白,包括组蛋白、转录因子和辅因子。可在短短一天内进行一次完整的检测。CUT&RUN Assay Kit 还提供确保 CUT&RUN 实验成功的重要对照。
该试剂盒包含阳性对照 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 和阴性对照 Rabbit (DA1E) mAb IgG XP® Isotype Control (CUT&RUN) #66362,两者均可用于 qPCR 或下一代测序 (NG-seq) 分析。为人 (#7014) 和小鼠 (#7015) RPL30 基因位点提供 PCR 引物,可与对照抗体搭配使用。该试剂盒可用于 qPCR 和 NG-seq。
特异性/敏感性:
CUT&RUN Assay Kit 可与所有经 CUT&RUN 验证的抗体搭配使用,以检测哺乳动物细胞中蛋白-DNA 相互作用和组蛋白修饰的内源水平(见图 1-6)。该试剂盒适用于多种物种的抗体,包括兔和小鼠。阳性对照 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 可检测包括人、小鼠、大鼠和猴等多种物种中的三甲基组蛋白 H3 Lys4。用于人 (#7014) 和小鼠 (#7015) 阳性对照 RPL30 基因位点的引物组也包括在内,但该试剂盒用于检测其他物种时需要设计额外的对照引物组。
背景:
与染色质免疫沉淀 (ChIP) 检测一样,核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN) 是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA 相互作用的强大通用技术 (1-4)。这种测定法可用于检测与基因组某个特定区域有关的多种蛋白,或相反,用于检测与某种特殊蛋白有关的基因组的多个区域。此外,CUT&RUN 测定法可用于明确某种特殊蛋白-DNA 相互作用的空间和时间关系。例如,CUT&RUN 检测可用于确定各种蛋白因子被募集到某个基因启动子上的特定顺序,或用于“测定”基因激活期间整个基因位点上某种特殊组蛋白修饰的相对量。除了组蛋白,CUT&RUN 测定法还可用于分析转录因子和辅因子结合、DNA 复制因子和 DNA 修复蛋白的结合(图 1 - 6)。
CUT&RUN 提供了一种检测细胞中蛋白-DNA 相互作用的快速、可靠且真正的低细胞数测定法。与 ChIP 实验不同,CUT&RUN 不存在甲醛交联、染色质碎裂和免疫沉淀,使之成为一种使蛋白-DNA 相互作用富集和检测靶基因的更快且更有效的方法。CUT&RUN 可在一天之内完成从活细胞到纯化 DNA 的过程,且经证明每次检测只需使用少至 500-1000 个细胞 (1,2)。和 ChIP 中碎裂所有细胞染色质不同,CUT&RUN 利用一种染色质抗体靶向消化方法,从而使背景信号比 ChIP 实验低得多。因此,CUT&RUN 仅需 ChIP-seq 检测所需测序深度的 1/10 (1,2)。最后,加入简单的Spike-in DNA 即可准确定量和标准化靶标蛋白结合,而这是 ChIP 方法无法实现的。这种方法可有效标准化样品间和实验间的信号。
1. Skene, P.J. and Henikoff, S. (2017) Elife 6, pii: e21856. doi: 10.7554/eLife.21856.
2. Skene, P.J. et al. (2018) Nat Protoc 13, 1006-19.
3. Meers, M.P. et al. (2019) Elife 8, pii: e46314. doi: 10.7554/eLife.46314.
4. Meers, M.P. et al. (2019) Mol Cell 75, 562-575.e5.
CUT&RUN检测试剂盒可以用于24次样本检测。试剂盒包含实验所需的19种试剂盒组分。试剂盒中除了提供功能强大的Protein AG-MNase 酶,还超值提供非常重要的阳性对照Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751和阴性对照Rabbit (DA1E) mAb IgG XP® Isotype Control (CUT&RUN) ,这两个对照都可以用于qPCR或二代测序(NG-seq)分析。PCR引物组可与对照抗体一起用于人类(#7014)、小鼠(#7015)RPL30基因座。整个试剂盒与qPCR和NG-seq兼容。跟ChIP实验一样,CUT&RUN需要在qPCR或NGS之前进行DNA纯化,这一步骤可以使用Phenol/Chloroform实现,但是CST内部验证发现,在ChIP实验中使用的旋转柱也可以达到DNA纯化效果。如果您想使用旋转柱进行DNA纯化,可以选择该货号产品。点击查看详情
仅供研究使用。不得用于诊断流程。
Cell Signaling Technology 是 Cell Signaling Technology, Inc. 的商标。
SimpleChIP 是 Cell Signaling Technology, Inc. 的注册商标。
Tapestation 是 Agilent Technologies, Inc. 的注册商标。
XP 是 Cell Signaling Technology, Inc. 的注册商标。
AMPure 是 Beckman Coulter, Inc. 的注册商标
Bioanalyzer 是 Agilent Technologies, Inc 的注册商标
Illumina 是 Illumina, Inc 的注册商标。
SPRIselect 是 Beckman Coulter, Inc. 的注册商标
美国专利号 5675063。
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