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研究思路
1.甲基化检测
2.筛选异常甲基化酶
3.确定甲基化酶的细胞功能及临床意义
4.下游基因的筛选
5.甲基化酶与下游基因及前提表达、甲基化的关系
6.甲基化酶与下游基因加工或表达调控因子的关系
7.下游基因或调控因子对细胞表型和功能的影响
研究方法
1.疾病样本 和 正常样本
2.MeRIP-sep以及RNA-sep
3.m6A修饰图谱分析
4.m6A修饰差异基因分析
5.差异表达基因m6A修饰特征分析
6.差异表达基因关联分析
7.MeRIP-PCR qPCR验证
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文献和实验Nature Aging:刘光慧团队合作揭示 RNA m6A 修饰调控器官老化的分子机制
科学院动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组联合中国科学院北京基因组研究所慈维敏研究组以及张维绮研究组在 Nature Aging 杂志在线发表了题为 m6A epitranscriptomic regulation of tissue homeostasis during primate aging 的研究论文。该研究利用非人灵长类动物(食蟹猴)生理性衰老的多器官研究模型,同时结合基于基因编辑和人类干细胞定向分化的研究体系,通过系统绘制器官和细胞衰老过程中 RNA m6A 修饰的动态图谱,解析了 RNA 甲基化修饰
基因,是谁?RNA 表观遗传目前研究的最多的就是 m6A 的修饰了。M6A 修饰前期已经被报道广泛参与各种生物学过程,如热休克反映、紫外诱导的 DNA 损伤、神经元功能与性别决定等等,在乳腺癌、肝癌等肿瘤的发生发展中的作用也有报道。因此作者选择对 EMT 过程中的 m6A 修饰的功能和作用机制进行研究。有三大类蛋白参与 m6A 的修饰:第一类是负责修饰的甲基化转移酶,如 METTL3 / 4、RBM15 等;第二类是去甲基化酶,如 FTO、ALKBH5;第三类是效应蛋白,包括 YTHDFs、IGF
RNA 甲基化 m6A 是如今的研究热点之一,目前主要的研究思路包括差异表达的 write,reader 和 eraser 基因分析;m6A 抗体检测全转录组甲基化水平;分析 m6A甲基化水平变化的靶基因和下游机制研究。而在 7 月 25 日的 Cell 上新发表了一篇介绍不使用 m6A 抗体的检测 mRNA m6A 水平的 Resource 文章,小编第一时间和大家分享一下。作者开发这一方法的前提是有研究报道了 MazF 能特异性的识别无修饰的 ACA 序列并发挥 RNA 酶活性在 ACA
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