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真核无参转录组测序
产品介绍真核生物转录组(无参)测序,是获得真核生物特定组织或细胞在某一状态下转录出来的RNA的原始测序数据,质控后进行组装获得unigene,并以此为参考序列进行后续的功能注释、SNP、SSR标记开发等分析,以及多个样本的差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等,发现新的功能基因,为进一步研究提供技术支撑。针对真核生物,我们采用Illumina TruseqTM RNA sample prep Kit方法构建文库,其流程如下图所示:针对无参考基因组的转录组研究,获得RNA-seq高质量测序数据后,需要将所有测序读段通过从头组装生成重叠群(contig)和单一序列(singleton), 此项分析是后续处理及生物学功能分析的基础。 Trinity(http://trinityrnaseq.sourceforge.net/ , 版本号:trinityrnaseq-r2013-02-25) 是目前适用于Illumina 短片段序列组装的一款比较权威的软件,使用该软件对所有clean data进行从头组装。技术流程技术优势
送样要求RNA总量:≥2ugRNA浓度:≥100 ng/ulRIN值:≥7.0分析示例GO多级分类注释分布饼图KEGG注释统计差异基因可视化散点图及火山图上下调差异基因GO注释柱形图SSR的分布情况差异基因共表达网络图
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