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circRNA表达检测服务
环状RNA的调控表达机制多种多样,有些circRNA富含miRNA结合位点,可以作为miRNA海绵(miRNA sponge)竞争性结合miRNA发挥转录后调控作用,这一作用机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)机制。环状RNA与疾病的发生和发展密切相关,在药物开发和疾病诊治中具有良好的应用前景,是开发临床biomarker研究的明星分子。
芯片样本要求:
1.样本纯度:OD260/OD280:1.9-2.2.RNA28S:18S≥1.5或RIN ≥7;
2.样本浓度和总量:浓度不低于100ng/ul,总量不少于2ug;
3.样品保存:总RNA溶解在DDH2O或者TE中;
4.样品运输:样本保存于1.5ml EP管中,标记清晰并密封,用液氮或者干冰运输。
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文献和实验相关专题circRNAs 环状 RNA(circular RNAs,circRNA)是一类具有闭合环状结构的 RNA 分子,早在 20 世纪八十年代即有研究报道,但由于其表达丰度低,文献报道较少,一直被认为是 RNA 转录剪切的罕见错误而被忽视。直到 2012 年开始有研究者开始大批量鉴定 circRNAs,从古生菌、线虫、小鼠和人类细胞鉴定出大量 circRNAs,揭示 circRNA 大量存在于真核转录组中,是细胞基因表达的一个普遍现象,并可能发挥重要的生物学作用。进一步研究表明
导读 今年4月,《molecular Cell》杂志上刊登了一篇基于高通量测序方法研究肌细胞分化过程中circRNA功能性文章。通过RNA-Seq筛选人和老鼠(C2C12)肌母细胞(myoblasts )分化成肌管细胞(myotubes )过程以及肌营养不良症(DMD)状态下差异表达的circRNA,然后利用RNA干扰(RNAi)技术找到在肌肉分化过程中起作用的circRNA。更有趣的是,作者发现其中一个circRNA序列中含有开放阅读框(ORF),从而又进一步证明其具有编码蛋白的能力。由于文
Nat Methods:陈玲玲/杨力/李劲松等开发新技术,实现环状 RNA 功能性筛选和研究
Methods 官网)前述实验结果表明 RfxCas13d 是一种高效、特异的 circRNA 敲除工具。研究团队构建了靶向 9 个人类细胞系中 2908 个高表达 circRNA 的 BSJ-gRNAs 文库,尝试使用该工具鉴定潜在的参与细胞增殖的候选 circRNA。 BSJ-gRNA 文库构建(图源:Nature Methods 官网) 研究团队将 BSJ-gRNA-RfxCas13d-HT29 细胞转移到裸鼠体内进行体内功能缺失(loss-of-function,LOF)表型筛筛选,注射 22 天后
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