1、差异甲基化位点特征 本研究的数据来源于客户的甲基化测序数据 , 包括 Top2000 HyperMethylated 和 Top2000 HypoMethylated 位点和相应注释。Top2000 Hyper满足 meth diff > 0.67 且 p value < 0.05,Top2000 Hypo 满足 meth diff < -0.67 且 p value < 0.05。(meth diff = Metformin meth ratio - Control meth ratio)根据客户提供的差异甲基化位点注释信息、meth diff 和 p value 值,对差异甲基化位点的进行过滤和基本特征统计。
2、功能和通路分析 对获得的差异甲基化基因集进行功能富集分析,包括 GO 功能[1]富集分析和 KEGG 通路富集分析。使用 Multifaceted Analysis Tool for Human Transcriptome (MATHT)工具(www.biocloudservice.com),选择 MATHT 工具的Gene Set Function ——Functional Enrichment——mRNA Enrichment 模块,该模块基于 fisher 检验的方法对基因进行富集分析,选择显著性阈值为 P<0.05。
3、蛋白互作网络构建与亚细胞定位 对差异甲基化基因进行蛋白互作网络构建。为了保证 PPI 网络的可靠性,我们基于 mentha(http://mentha.uniroma2.it/about.php)、BioGRID(Version:3.4,https://wiki.thebiogrid.org/)、HPRD(Release 9,http://www.hprd.org/)三数据库中的人类蛋白-蛋白相互作用关系,取三者交集作为背景,在其中匹配一步得到的差异甲基化基因,获得其蛋白相互作用关系(PPI)。 得到的 PPI 关系对之后,使用 Cytoscape 软件对其进行网络图构建。运用CytoNCA插件(Version 2.1.6, http://apps.cytoscape.org/apps/cytonca)进行节点网络拓扑性质分析,参数设置为 without weight。通过各个节点的连接度(Degree)得分排名,得到 PPI 网络中参与蛋白互作关系的重要节点,即 hub 蛋白。