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- 2026年01月19日
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本研究的数据来源于客户的甲基化测序数据 ， 包括 Top2000 HyperMethylated 和 Top2000 HypoMethylated 位点和相应注释。Top2000 Hyper满足 meth diff > 0.67 且 p value < 0.05，Top2000 Hypo 满足 meth diff < -0.67 且 p value < 0.05。（meth diff = Metformin meth ratio - Control meth ratio）根据客户提供的差异甲基化位点注释信息、meth diff 和 p value 值，对差异甲基化位点的进行过滤和基本特征统计。
2、功能和通路分析
对获得的差异甲基化基因集进行功能富集分析，包括 GO 功能[1]富集分析和 KEGG 通路富集分析。使用 Multifaceted Analysis Tool for Human Transcriptome (MATHT)工具（www.biocloudservice.com），选择 MATHT 工具的Gene Set Function ——Functional Enrichment——mRNA Enrichment 模块，该模块基于 fisher 检验的方法对基因进行富集分析，选择显著性阈值为 P<0.05。
3、蛋白互作网络构建与亚细胞定位
对差异甲基化基因进行蛋白互作网络构建。为了保证 PPI 网络的可靠性，我们基于 mentha（http://mentha.uniroma2.it/about.php）、BioGRID（Version：3.4，https://wiki.thebiogrid.org/）、HPRD（Release 9，http://www.hprd.org/）三数据库中的人类蛋白-蛋白相互作用关系，取三者交集作为背景，在其中匹配一步得到的差异甲基化基因，获得其蛋白相互作用关系（PPI）。
得到的 PPI 关系对之后，使用 Cytoscape 软件对其进行网络图构建。运用CytoNCA插件（Version 2.1.6, http://apps.cytoscape.org/apps/cytonca）进行节点网络拓扑性质分析，参数设置为 without weight。通过各个节点的连接度（Degree）得分排名，得到 PPI 网络中参与蛋白互作关系的重要节点，即 hub 蛋白。
4、药物相关基因分析
STICH（Version 5.0， http://stitch.embl.de/）是用于化学品相互作用的搜索工具，集合了基于文本挖掘和预测的代谢途径，晶体结构，结合实验和药物-靶标关系的相互作用的信息；SuperTarget（http://insilico.charite.de/supertarget/）数据库是常用的药物-靶点数据库，包含大约 7300 种药物-靶标关系的核心数据集，其中 4900 种相互作用为手动注释；CTD（http://ctdbase.org/)数据库是一个关于化学物质与基因的相互作用，化学物质在体内的运输和积累的数据库。CTD 收集了化合物、基因、序列、有脊椎动物、无脊椎动物的相关信息，便于寻找化合物毒性在多种生物中的信息。
我们利用 STICH、SuperTarget 和 CTD 数据库的药物-基因关系，对***的靶点基因或相关基因进行筛选，并与差异甲基化基因匹配，得到最可能由药导致的甲基化水平改变位点（基因）。
5、转录调控和转录因子结合位点（TFBS）分析
我们将 Hyper 甲基化位点位于 promoter 区的基因作为靶基因，基于 ITF（ http://itfp.biosino.org/itfp ） 数 据 库和TRANSFAC（http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html）数据库中转录因子调控网络数据，我们对靶基因进行转录因子预测；获取靶基因转录起始点上游的 2k bp 区域的碱基序列和转录因子的 binding motif，通过 PWM 算法预测 motif 与 promoter区域的结合值预测TFBS，筛选位于靶基因TFBS区域附近的Hyper 甲基化位点。
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文献和实验profilingby array，表示选基因芯片表达数据，当然根据自己的实验设计可以选其他检测分子芯片。例如甲基化，测序，SNP 等。 5. 记录信息 进入到项目中具体查看实验设计的内容，记录基本信息，例如样本数，设计等和一些特殊的信息。例如下表。 6. 不断选择关键词反复验证 为了搜全，也可不断放松关键词例如以 cholangiocarcinoma 搜索。总之，不断查漏补缺，记录好信息。 这期就先到这里，下期将继续生物医学大数据解读和分析
清楚，因此其需要后续进一步分析确定，此外，RLGS图谱不能完全确认所缺失的片段是由于甲基化所致还是由于DNA本身缺失所致[5]且结果分析复杂，不易解释。 2.3.2 MBD（Methyl-CpG binding domain column chromatography，甲基化结合区）柱层析法 根据MBD蛋白家族和MeCP2的特性，Masahiko Shiraishi等2004年[50]提出了一种新的方法MBD柱层析法，用于筛选和发现基因组中甲基化的情况。并且比较了MBD和重亚硫酸盐基因组测序法，得出：用MBD
浅析染色质免疫沉淀（ChIP）技术在 DNA 与蛋白质相互作用研究中的重要性
-19]； xChIP：用来研究DNA及低结合力蛋白，采用甲醛或紫外线进行 DNA 和蛋白交联，超声波片段化染色质，然后进行片段富集及后续分析，适用于多数非组蛋白的蛋白，例如 [9, 15, 20]。 X-ChIP 试验的一般过程 以上两种方法在分离 DNA-蛋白质复合物之后，对 DNA 进行 PCR 扩增，验证目标序列的存在。除验证实验外，ChIP DNA也可以进行测序分析，这种方法被称为 ChIP-seq [22] ；也可做芯片分析，这种方法被称为 ChIP on CHIP 或 ChIP
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