昂飞基因芯片服务（affymetrix，Agilent，Il

浙江省内第一台Affymetrix基因芯片系统。凭借浙江加州国际纳米研究院雄厚的科研实力，丰富的服务经验积累，严格的试验建立了全球标准化的操作规程，涵盖芯片实验所需要 的所有工作，实现开放性的芯片实验及生物信息学等系列技术服务平台，竭诚为国内外各高等院校、医院、生物科技公司的课题研究，提供全方位芯片技术服务。
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1.产品
表达谱芯片类型:人类表达谱芯片;动物类表达谱芯片;植物类表达谱芯片;
2.芯片服务—Affymetrix基因表达谱芯片(Gene Expression)
客户只需要提供组织、细胞、即可，从提RNA到纯化、质检、芯片杂交扫描及分析，我们都会为您完成。
a样品寄送，组织块建议用干冰或液氮运输；细胞建议放在trizol中4度或干冰运输都可。RNA最好溶解在RNase free的水中干冰运输（如果路程小于30分钟，可以直接放普通冰上运输）
（送样要求：RNA实验只需要200ng的总RNA即可，浓度不低于70ng/ul， 考虑到QC以及重复需要，希望提供10ul以上的总RNA。260/280希望在1.8-2.2之间。260/230最好在2.0以上，尽量不低于1.0）
b RNA提取与质检，我们采用最先进的Agilent bioanalyzer跑电泳。（下图为DNA电泳模拟图，RNA原理同DNA）

电泳结果如下图：18S，28S的比值，5S的区域，浓度以及模拟电泳图

c 芯片杂交与洗涤

判断芯片是否成功的一些知识：

1. - 四条边明暗交替模式、拐角棋盘模式
- 左上角芯片名称清晰

2.背景平均值(Average Background)和噪音值(Noise Values)
典型的背景平均值范围在 20 到 100 之间。
来源于相同扫描仪应该有可比较的噪音值。
结果显示在.rpt 文件中。
3) Poly-A Controls: lys,phe,thr,dap
Poly-A RNA Controls 用来监控全程的标记过程. lys,phe,thr,dap 的 3’端都应该表达
(Detection 为 P)。结果显示在.rpt 文件中。
4) 杂交对照：bioB,bioC,bioD,and cre
bioB,bioC,bioD 代表 E.coli.生物素合成通路中的基因。bioC,bioD,and cre 应该总是检测到
并以递增的信号强度表达，来反映它们相对的浓度。结果显示在.rpt 文件中。
5) 内参照基因 Sig(3’/5’)比值检测
对于大多数的表达芯片，ß-Actin 和 GAPDH 两个基因被用来评估样品制备的质量。二者
探针组的 3’/5’比值至少一个小于 3。ß-Actin 和 GAPDH 的 3’/5’比值显示在.rpt 文件中。
6) 总体基因的表达率不能低于 20%。
7) RNA, cRNA QC 电泳图 符合质控要求


d 数据分析
信号通路分析

信号通路网络分析


聚类分析