NEBNext DirectTM Cancer HotSpot Panel                              收藏

NEBNext DirectTM Cancer HotSpo

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  • ￥200 - 400
  • NEB
  • 美国
  • #E7000L
  • 2025年12月05日
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    • 库存：

      999

    • 供应商：

      上海淳麦

    • 规格：

      1000U/10000U

    靶向富集，配合 NGS 技术，使对基因组中目标区域高通量、高深度的测序成为可能。

    NEBNext Direct 是一种全新的，基于杂交的捕获方法，与传统的液相杂交及多重 PCR 方法相比有明显的优势。

    在 NEBNext Direct 靶向富集方法中（图1），片段化的 DNA 迅速杂交到生物素化的寡聚核苷酸饵上，该寡聚核苷酸定义了目标序列 3’ 端序列。核苷酸饵-目标序列杂交体结合到链霉亲和素磁珠上，而任何 3’ 脱靶序列则通过酶学法去除。短杂交时间搭配酶学法去除 3’ 脱靶序列的方法与传统的基于杂交的富集方法相比，有着更高的测序效率。这些经过修饰的目标序列随后被转化为含有唯一分子标签（UMI）及样本 barcode 的文库，与 Illumina 平台兼容。可用于上机测序的文库可以在一天之内制备完成。整个制备流程与大多数自动化仪器设备兼容。

    NEBNext Direct HotSpot Cancer Panel 中的寡聚核苷酸饵能够捕获 50 个基因中 190 个常见癌症目标序列的双链 DNA，能够涵盖 40 kb 的序列，包括18,000 个COSMIC 数据库中所述情况

    （表 1）。本 panel 适用于构建约 150 bp 的文库，适用于Illumina 平台 PE75 测序。

     

    优势：

      可比对到目标区域的reads 比例更高；
      避免过度测序，减少每个样本的花费；
      所有区域均可得到均一的测序结果，无论 GC 含量多少；
      将富集和文库制备流程相结合，1 天即可完成；
      能够从有限及降解的 DNA 样品中得到高质量的文库，包括 FFPE 及 ctDNA；

      区分分子重复，降低假阳性突变并提高敏感度；

     

    图 1：NEBNext Direct 采用了快速杂交实验流程，将捕获与文库构建相结合

     

    表 1. 目标区域包括以下癌症相关基因

     

    图 2. NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel 能够获得很高的可比对到目标区域序列百分比，即使是对难以建库的样本类型

              图中显示能够比对到目标序列 Reads 的比例。
              每个文库用 100 ng DNA 构建。
              Reads 通过 Illumina® MiSeq® 平台测得，使用 2x75 bp 的测序策略，8 bp 的样本 ID 和 12 bp 的
              唯一分子ID（UMI）。
              序列比对通过 BWA-MEM 方法，PCR 重复序列通过唯一分子 ID （UMI）去除。
     

    图 3. NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel 在所有目标区域有高度均一的覆盖度

       

               图中显示能够达到平均测序深度50%，33% 及 25% 的目标序列比例。
              每个文库用 100 ng DNA 构建。
              Reads 通过 Illumina® MiSeq® 平台测得，使用 2x75 bp 的测序策略，8 bp 的样本 ID 和 12 bp 的
              唯一分子ID（UMI）。
              序列比对通过 BWA-MEM 方法，PCR 重复序列通过唯一分子 ID （UMI）去除。

     

    图 4. NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel 偏嗜性最小

       

             图中显示不同 GC 含量的目标序列归一化后的覆盖度。
            每个文库用 100 ng DNA 构建。        
            Reads 通过 Illumina® MiSeq®  平台测得，使用 2x75 bp 的测序策略，8 bp 的样本 ID 和 12 bp 的
            唯一分子ID（UMI）。
            序列比对通过 BWA-MEM 方法，PCR 重复序列通过唯一分子 ID （UMI）去除。

     

    概述

    靶向富集，配合 NGS 技术，使对基因组中目标区域高通量、高深度的测序成为可能。

    NEBNext Direct 是一种全新的，基于杂交的捕获方法，与传统的液相杂交及多重 PCR 方法相比有明显的优势。

    在 NEBNext Direct 靶向富集方法中（图1），片段化的 DNA 迅速杂交到生物素化的寡聚核苷酸饵上，该寡聚核苷酸定义了目标序列 3’ 端序列。核苷酸饵-目标序列杂交体结合到链霉亲和素磁珠上，而任何 3’ 脱靶序列则通过酶学法去除。短杂交时间搭配酶学法去除 3’ 脱靶序列的方法与传统的基于杂交的富集方法相比，有着更高的测序效率。这些经过修饰的目标序列随后被转化为含有唯一分子标签（UMI）及样本 barcode 的文库，与 Illumina 平台兼容。可用于上机测序的文库可以在一天之内制备完成。整个制备流程与大多数自动化仪器设备兼容。

    NEBNext Direct HotSpot Cancer Panel 中的寡聚核苷酸饵能够捕获 50 个基因中 190 个常见癌症目标序列的双链 DNA，能够涵盖 40 kb 的序列，包括18,000 个COSMIC 数据库中所述情况

    （表 1）。本 panel 适用于构建约 150 bp 的文库，适用于Illumina 平台 PE75 测序。

     

    优势：

      可比对到目标区域的reads 比例更高；
      避免过度测序，减少每个样本的花费；
      所有区域均可得到均一的测序结果，无论 GC 含量多少；
      将富集和文库制备流程相结合，1 天即可完成；
      能够从有限及降解的 DNA 样品中得到高质量的文库，包括 FFPE 及 ctDNA；

      区分分子重复，降低假阳性突变并提高敏感度；

     

    图 1：NEBNext Direct 采用了快速杂交实验流程，将捕获与文库构建相结合

     

    表 1. 目标区域包括以下癌症相关基因

     

    图 2. NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel 能够获得很高的可比对到目标区域序列百分比，即使是对难以建库的样本类型

              图中显示能够比对到目标序列 Reads 的比例。
              每个文库用 100 ng DNA 构建。
              Reads 通过 Illumina® MiSeq® 平台测得，使用 2x75 bp 的测序策略，8 bp 的样本 ID 和 12 bp 的
              唯一分子ID（UMI）。
              序列比对通过 BWA-MEM 方法，PCR 重复序列通过唯一分子 ID （UMI）去除。
     

    图 3. NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel 在所有目标区域有高度均一的覆盖度

       

               图中显示能够达到平均测序深度50%，33% 及 25% 的目标序列比例。
              每个文库用 100 ng DNA 构建。
              Reads 通过 Illumina® MiSeq® 平台测得，使用 2x75 bp 的测序策略，8 bp 的样本 ID 和 12 bp 的
              唯一分子ID（UMI）。
              序列比对通过 BWA-MEM 方法，PCR 重复序列通过唯一分子 ID （UMI）去除。

     

    图 4. NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel 偏嗜性最小

       

             图中显示不同 GC 含量的目标序列归一化后的覆盖度。
            每个文库用 100 ng DNA 构建。        
            Reads 通过 Illumina® MiSeq®  平台测得，使用 2x75 bp 的测序策略，8 bp 的样本 ID 和 12 bp 的
            唯一分子ID（UMI）。
            序列比对通过 BWA-MEM 方法，PCR 重复序列通过唯一分子 ID （UMI）去除。

     

    批间质控

    该试剂盒的质控是独立管理的并通过功能验证。每个组分均通过标准的酶活性检测及质控，并通过严格的额外质量控制，质控情况可在每个组分的单独页面查询。

    试剂盒组分

    本试剂盒提供以下组分：

    试剂盒中不提供的试剂及材料

    所需设备

    NEBNext DirectTM Cancer HotSpo

      上海淳麦生物科技有限公司专注于感受态细胞、质粒、载体、农杆菌、酵母等生命科学领域的产品研发和技术服务支持。 
    上海淳麦生物科技有限公司在感受态细胞的研发方面，实力雄厚，拥有了克隆、表达、酵母和农杆菌4大类，共计百余种感受态细胞。在电击感受态方面，拥有了大肠杆菌和农杆菌电击感受态种类，极大提高了客户在转基因以及文库构建方面的成功率。 


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