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文库构建 /crispr敲除
企业认证
云舟生物科技(广州)股份有限公司
CRISPR/shRNA文库构建
云舟生物在设计和构建高复杂性的大规模功能筛选文库方面具有丰富的经验。无论您是正在研究基因功能、CRISPR或RNAi功能筛选、调控元件还是细胞谱系分析,我们的专家团队都致力于根据您的特定研究目标提供高质量的定制文库。我们的文库产品使用了下一代测序(NGS)进行全面验证,因此您可以确切地了解您购买的文库信息。1. 定制文库构建服务:(1)CRISPR文库亮点
云舟生物CRISPR文库的复杂度、覆盖率和序列比对的一致性。来自于云舟生物构建的CRISPR文库的数据以无偏好方式进行收集和分析。(A)文库复杂度范围从102到>105。(B)gRNA的覆盖率和读取的比对率均很高,表明我们的文库具有出色的覆盖率和低错误率。(2)shRNA文库亮点
shRNA均一性在人和小鼠精华基因小库(针对PubMed Central上约2,000个最常被引用的基因)中的分布。shRNA读长分布按NGS文库大小(1,000万reads)标准化,并以log2比例绘制。NGS测序深度为300x。(3)Barcode文库亮点
一个N(21)barcode的核苷酸分布,使用简并核苷酸策略显示每个位置的A、C、G、T的百分比。该图表明在所有位置的核苷酸比例分布相近。(4)增强子/启动子文库亮点
构建针对视锥细胞的启动子文库并进行验证。(A)构建、筛选和验证的工作流程。利用四个成熟的感光器特异性启动子作为DNA洗牌的亲本序列。其中一些已被证明能够驱动视锥细胞的基因表达。进行DNA洗牌后,将这些新变体序列克隆到AAV骨架中,驱动一个绿色荧光蛋白(GFP)报告基因的表达。这些重组AAV携带不同的启动子变体被注射到小鼠的视网膜下区域。随后,使用荧光成像、细胞分选和下一代测序(NGS)筛选具有视锥细胞特异性的启动子变体。(B)定制的视锥细胞特异性启动子文库的验证。为了验证启动子文库的特异性,检测了GFP的表达情况(左)。观察到的表达情况与已知的合成的视锥细胞特异性启动子ProA1相似,后者驱动Td Tomato的表达(中)。这表明定制文库具有针对视锥细胞的特异性。(5)突变文库亮点
图1 质粒文库(NNK)11的核苷酸构成
该文库采用NNK简并密码子策略构建。每根柱子代表DNA序列中不同的核苷酸位置,颜色表示观察到的核苷酸类型。所有位置都显示出预期的核苷酸,且观察到的频率接近理论值(N = 25% A + 25% T +25% G + 25% C,K = 50% T + 50% G)。
图2 质粒文库7-mer可变区的氨基酸分布
该文库利用NNK简并密码子策略构建而成。每根柱子分别代表理论(绿)/实际(红)上的特异氨基酸/终止密码子的百分比。观察到的20种氨基酸和终止密码子的实际频率与理论频率非常接近。
图3 云舟生物芯片合成的寡核苷酸文库。图示为复杂度、覆盖率和序列比对的一致性。
数据以无偏向的方式收集于云舟生物使用芯片合成寡核苷酸文库。(A)这些定制文库的大小分布高度多样化,复杂度从102到超过105不等。(B)覆盖率和读取的比对率均很高接近100%,突出表明了我们文库的极高准确性和低错误率。
(6)AAV衣壳文库亮点
2. 预制文库:(1)CRSIPR文库
我们提供的CRISPR文库产品类型:
全基因组CRISPR基因敲除文库:全基因组CRISPRa文库:全基因组CRISPRi文库
特定通路CRISPR基因敲除文库
(2)shRNA文库:
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