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- 2025年07月16日
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高通量测序—紫外交联免疫共沉淀测序
CLIP-紫外交联免疫沉淀技术
简介
紫外交联免疫共沉淀测序（CLIP-seq）即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序（crosslinking-immunprecipitation and high-throughputsequencing），是一项在全基因组水平揭示 RNA 分子与 RNA 结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于 RNA 分子与 RNA 结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以 RNA 结合蛋白的特异性抗体将 RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的 RNA 片段，经过添加接头、RT-PCR 等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示 RNA 结合蛋白与 RNA 分子的调控作用及其对生命的意义。
CLIP-seq 技术由于可以高通量的研究蛋白在体内与 RNA 的结合情况，极大的促进了蛋白质-RNA 相互作用的研究。最近，这项技术也被应用到 microRNA 靶标鉴定等工作中。
在动物体内，成熟的单链miRNA 与一系列蛋白形成miRNA 诱导的沉默复合物(RISC)，结合于靶 mRNA 的3"-UTR区，阻止所结合的 mRNA 的翻译或直接降解靶miRNA。基于这一原理，我们可以通过 CLIP-Seq 技术来进行 miRNA 靶基因的筛选。
CLIP-seq 方法的应用能够非常明显地降低 miRNA 结合位点的假阳性预测频率并且减小 miRNA 结合位点搜寻空间的范围。可以在全基因组范围内鉴定 AGO2 蛋白在不同 RNA 上的结合位点。
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文献和实验高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deep sequencing)。 自从2005年454 Life Sciences公司（2007年该公司被Roche正式收购）推出了454 FLX焦磷酸测序平台（454 FLX pyrosequencing platform）以来，曾推出过3730xl DNA测序仪（3730xl
生物学霸要开实验讲堂啦，每周给大家讲解一种实验技术，还会邀请技术大牛来答疑哦，看大家的喜欢程度啦。今天的主题是——高通量测序。 小师妹：霸霸，什么是高通量测序呀？ 霸霸：高通量测序也叫下一代测序哦，你是不是想问那上一代测序是啥呢？嘿嘿，还真有，传统的叫桑格测序-Sanger Sequencing。 小师妹：这个我知道，以前基因都要送去测序的。那高通量测序是神马鬼呢？ 霸霸：哈哈，小师妹就是聪明。高通量测序就是一次运行能产生很多的基因
Roche 454（GS FLX Titanium System）超高通量测序技术原理
2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》杂志以里程碑事件报道，开创了边合成边测序的先河。2007年又推出了性能更优的第二代基因组测序系统——Genome Sequencer FLX System。2008年10月，454推出了全新的GS FLX Titanium系列试剂和软件，让GS FLX的通量一下子提高了5倍，准确性和读长
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